. 2006 Dec 21;80(2):273–390. doi: 10.1086/511051

Table 6. .

Allele Frequencies and Allele-Based Association of Markers in IL12B-Related Genes

					Discovery Sample Set				Replication 1 Sample Set				Replication 2 Sample Set				Combined Analysis
					Frequency in				Frequency in				Frequency in
dbSNP Identification Number	Locus	Type	Chromosome	Position^a	Cases (n=467)	Controls (n=460)	OR	Allelic P^b	Cases (n=498)	Controls (n=498)	OR	Allelic P^b	Cases (n=481)	Controls (n=424)	OR	Allelic P^b	OR_common (95%CI)^c	P_comb^d
rs1884444	IL23R	H3Q	1	G67345833T	.451	.476	.90	.284	…	…	…	…	…	…	…	…	…	…
rs7530511	IL23R	L310P	1	T67397408C	.103	.146	.67	.006	.100	.114	.87	.347	.108	.130	.81	.166	.78(.66–.91)	.014
rs11209026	IL23R	Q381R	1	A67417979G	.044	.060	.73	.142	.051	.077	.65	.004	.035	.066	.52	.003	.63(.50–.79)	1.89×10⁻⁴
rs1109918	IL12RB2	3′ UTR	1	C67574503T	.026	.024	1.08	.882	…	…	…	…	…	…	…	…	…	…
rs583911	IL12A	Intron	3	G161193092A	.421	.449	.89	.241	…	…	…	…	…	…	…	…	…	…
rs2227314	IL12A	Intron	3	T161194756G	.422	.448	.89	.259	…	…	…	…	…	…	…	…	…	…
rs2243131	IL12A	Intron	3	C161194760A	.161	.139	1.18	.216	…	…	…	…	…	…	…	…	…	…
rs2243149	IL12A	Intergenic	3	T161198414C	.419	.413	1.02	.814	…	…	…	…	…	…	…	…	…	…
rs2243154	IL12A	Intergenic	3	A161198944G	.086	.080	1.07	.737	…	…	…	…	…	…	…	…	…	…
rs6771983	IL12A	Intergenic	3	T161221155C	.007	.004	1.73	.548	…	…	…	…	…	…	…	…	…	…
rs2914119	IL12A	Intergenic	3	T161227140C	.160	.196	.78	.045	.191	.190	1.01	.955	…	…	…	…	…	…
rs2371494	IL23A	Intergenic	12	A55014267G	.058	.074	.77	.161	…	…	…	…	…	…	…	…	…	…
rs11171806	IL23A	S106S	12	A55019798G	.054	.073	.72	.104	…	…	…	…	…	…	…	…	…	…
rs401502	IL12RB1	G378R	19	G18041413C	.300	.313	.94	.579	…	…	…	…	…	…	…	…	…	…
rs375947	IL12RB1	T365M	19	G18041451A	.301	.313	.95	.614	…	…	…	…	…	…	…	…	…	…
rs11575926	IL12RB1	H156R	19	A18049408G	.176	.174	1.01	.951	…	…	…	…	…	…	…	…	…	…
rs393548	IL12RB1	Intergenic	19	A18058744T	.206	.210	.97	.819	…	…	…	…	…	…	…	…	…	…

The minor allele is listed first, followed by the position in Genome Build 35.1 and then the major allele.

Calculated using Fisher’s exact test.

Calculated using a Mantel-Haenszel common OR.

Calculated using Fisher’s combined test.