TABLE 1.
Primers for S. iniae 9117 capsule genes
Primer | Sequence (5′-3′) |
---|---|
deoD 5′ | CCT GGT GAG ATT GCT GAT AAA ATT CTT CTT CC |
deoD 3′ | GGT TTC AAG GCC AAC TTG CAT CAT GTC AGT GAA GG |
hk 5′ | CCT AAA TGA GAG GAT TGA AGA AGA GC |
hk 3′ | GCT TGT GAC GAG AAA TGT GTG GTA CG |
cpsY 5′ | TCC CCC CGG GTT ACG CTA GAC AAA TCA TTG AAC AAA CC |
cpsY 3′ | AAC TGC AGT TAA AAA GTG ACG CAC GGT CAC TAA CG |
cpsA 5′ | GAG TTA AAA CTT GAA GAA GTT TGC TTC TTA TCC |
cpsA 3′ | CCT AGC ATA TCA ATT AAG TTC AAA AAG G |
cpsB 5′ | CGA ACC ATT GTT TCA ACA TCT CAC AGA CG |
cpsB 3′ | CGT CAC ATG TTG ATA AGC TTC TTG C |
cpsC 5′ | GCT ACT AGC TGG TTT TTT AGC CTT GGT GG |
cpsC 3′ | GGA TAA CTG CAA ATA TAC TTA AAA CAG C |
cpsD 5′ | CCT GGT GAA GGA AAG TCA ACC ACA TCG |
cpsD 3′ | GCA CAA AAC GAC GTT TAA TAG AAC CTG C |
cpsE 5′ | CCA TCT TTC AGC CTA TGC TTT TTT AAT GG |
cpsE 3′ | GCT TAC TCC TGT TTA GCG TCA TTT ATT AAG G |
cpsF 5′ | GCA TGT ATC CTT ATA TTA AAC GAC TAT TAG C |
cpsF 3′ | CCT TAT TTT GCT CTG GTC CAC CCT CTA AGA CG |
cpsG 5′ | GGT GCA AAT TCT TAT ATA GGA ACT TCC |
cpsG 3′ | CCG ATA TTC GTA TTG ACT CTT CAA ATC C |
cpsH 5′ | GGA GCA GAC GTT ATT TCT TTG ATG AAC G |
cpsH 3′ | CCT GTT TAA TCC CTA AAG TAT CGT ATA ACC |
cpsI 5′ | GCT TAC AAA AAT TTT TTT CAA AAA AGC TCG |
cpsI 3′ | GCT GGT GAT CCT ATT GCA ATT GAA TTT GCT GG |
cpsJ 5′ | GGT GCA AAT GGA TAC TTA GGA AAA GGT GTC G |
cpsJ 3′ | GCT TTT CAA CTT TTC TGA ATT CCC CCA TAC TGC |
cpsK 5′ | GAT AAC TGT TTG TAT GGC AAC TTT TAA TGG |
cpsK 3′ | CCT CTT GTT GTT TTT TAC AGT TAG TCC |
orf276 5′ | CGT GCA GTT TAT ATT AGG CAT ATG ATT CC |
orf276 3′ | GGA ACA CAT TCT TCA ACT CTA GC |
orf193 5′ | GGT CAA TAG TAT TAA GTT GTA TAT TAC TAC |
orf193 3′ | CCT AAA AAA ACA ATC ATC ATC ATA ATG CC |
orf151 5′ | GGA ATT TTC TCT AAC AAA TTT TCA ATT C |
orf151 3′ | GGA TTA ATT GAA TCT AAA TAA AAC G |
cpsL 5′ | CGT TTT ATT TAG ATT CAA TTA ATC C |
cpsL 3′ | CGA ACA TAT TTG TAA AAT TGT ATT GGT GG |
orf-1 5′ | GCT ACT CAA AAG AAT TTA AAG AAA CC |
orf-1 3′ | GCT AAA GTT TGT ATG GTT TGA GCC ATA TCC |
orf-2 5′ | GGA TAT GGC TCA AAC CAT ACA AAC TTT AGC |
orf-2 3′ | CCT TTT CAA ATT GAT TAG GTG TAA GAT ACC |
cpsM 5′ | CGA CTC CAT ATC TAT CAA GGG TTT TAT CG |
cpsM 3′ | CAG CAA CTG CTA TTT TTT TCA TGG TAT CC |
cpsN 5′ | CCA TGA AAA AAA TAG CAG TTG CTG GTA CG |
cpsN 3′ | CCA AGA CAC TCG GAT TAA TCC CGG CCG AAA AGG |
orf183 5′ | GGT CGA AAG AAC TCC ACT ATC TTA GG |
orf183 3′ | GCA GTT GTT AAT GAC TGT ATT AGA CTT CC |