Skip to main content
. 2007 Mar 15;26(7):1972–1983. doi: 10.1038/sj.emboj.7601605

Table 2.

Comparison of TCR-pMHC interactions in the BM3.3-pBM1-H-2Kb, BM3.3-VSV8-H-2Kb, and BM3.3-pBM8-H-2Kbm8 complexes

BM3.3-pBM1-H-2Kb BM3.3-pBM8-H-2Kbm8 BM3.3-VSV8-H-2Kb
BM3.3   pBM1 BM3.3   pBM8 BM3.3   VSV8
Hydrogen bonds (6) Hydrogen bonds (6) Hydrogen bonds (1)
D97β OD1   T7 N D97β OD2   N6 ND2      
D97β OD1   T7 OG1            
      R98β N   S7 OG      
R98β NH2   F5 O R98β NE   Y5 O      
R98β N   N6 OD1 R98β N   N6 OD1      
R98β NH2 Wat D4 OD1 R98β NH1   Y4 OH      
                 
V99β N   N6 OD1 V99β N   N6 OD1      
V99β O   N6 ND2       V99β O   Q6 NE2
W31β NE1 Wat T7 OG            
            Y97α OH Wat Y5 O
              Wat Y5 N
                 
van der Waals contacts (14) van der Waals contacts (20) van der Waals contacts (18)
W31β 1 T7       Y97α 14 V4
D97β 6,2 N6,T7 D97β 2,1 N6,S7 D97β 2,1 Q6,G7
      R98β 11 Y4      
V99β 2,3 D4,N6 V99β 2,4 Y4,N6 V99β 1 V4
                 
                 
BM3.3   H-2Kb BM3.3   H-2Kbm8 BM3.3   H-2Kb
Hydrogen bonds (14) Hydrogen bonds (7) Hydrogen bonds (7)
Q27α NE2   E58 OE2       Q27α NE2   E58 OE2
Q27α OE1   R62 NH2       Q27α OE1   R62 NH2
Q27α OE1   R62 NE            
S29α OG   T163 OG1       S29α OG   T163 OG1
      Y52α OH   R155 N      
K53α NZ   E154 OE1 K53α NZ   E154 OE1 K53α NZ   E154 OE1
            Y97α O   Q65 NE2
G98α N   Q65 OE1            
S51β OG   R79 NH2 S51β OG   R79 NH2      
S51β OG   R79 NH1 S51β OG   R79 NE      
D97β OD2   K146 NZ       D97β OD2   K146 NZ
R98β NH2   G69 O R98β NH1   G69 O R98β NH2   G69 O
R98β NE   G69 O R98β NH2   G69 O      
R98β NE   S73 OG            
R98β NH2   S73 OG            
R98β NH2   N70 OD1 R98β NH2   N70 OD1      
                 
van der Waals contacts (37) van der Waals contacts (26) van der Waals contacts (60)
Q27α 2 R62       Q27α 3 R62
F31α 2 R155 F31α 3 R155 F31α 1 R155
Y52α 6,6, E154, R155, Y52α 2,5 E154, R155, Y52α 5,9, E154,R155,
  4 A158   6 A158   2 A158
K53α 3 E154 K53α 1 E154 K53α 1 E154
            Y97α 1,5, Q65,K68,
              5,1 G69,N70
            G98α 3,1 Q65,G69
            G99α 1,1 K68,G69
W31β 2 V76 W31β 1 V76 W31β 5 V76
R50β 3 V76 R50β 3 V76 R50β 6 V76
S51β 1 R79 S51β 1 R79      
            P52β 1 R79
D97β 2 K146       D97β 1 K146
R98β 2 G69 R98β 1,2 G69,S73 R98β 2,2, G69,S73
              1 R72
V99β 3 R155 V99β 1 R155 V99β 3 R155
N103β 1 A150            
Interactions conserved in the three complexes are depicted in red. Shared interactions between BM3.3-pBM8-H-2Kbm8 and BM3.3-pBM1-H-2Kb, and between BM3.3-pBM1-H-2Kb and BM3.3-VSV8-H-2Kb are shown in green and blue, respectively.