TABLE 1.
Oligonucleotides used in this study
| Name | Sequence (5′-3′) | Experiment(s) |
|---|---|---|
| rpoSR422 | TTGGGCGATTTTTCTTCTTC | Transcript initiation |
| rpoSR232 | ATCCCAAGTTGCCTTCTTCA | Transcript initiation, qRT-PCR |
| rpoSR125 | TTTGCTTTTGCATTGCCTCT | Transcript initiation |
| EMSA_rpoS1a | ACTTAATTTCCATGCAAAAACTGTGCCAATTTAATTTAAA | EMSA |
| EMSA_rpoS2a | TTTAAATTAAATTGGCACAGTTTTTGCATGGAAATTAAGT | EMSA |
| rpoS promoterFa | CCTATTTAGTTTAAAACCATTTTTAAATTAAATTGGCACAGTTTTTGCATGGAAATTAAGTAG | EMSA |
| rpoS promoterRa | CTACTTAATTTCCATGCAAAAACTGTGCCAATTTAATTTAAAAATGGTTTTAAACTAAATAGG | EMSA |
| rpoS_C-12Aa | CCTATTTAGTTTAAAACCATTTTTAAATTAAATTGGCACAGTTTTTGAATGGAAATTAAGTAG | Promoter mutants, EMSA |
| rpos_G-12Ta | CTACTTAATTTCCATTCAAAAACTGTGCCAATTTAATTTAAAAATGGTTTTAAACTAAATAGG | Promoter mutants, EMSA |
| rpoS_T-18Ga | CCTATTTAGTTTAAAACCATTTTTAAATTAAATTGGCACAGGTTTTGCATGGAAATTAAGTAG | EMSA |
| rpoS_A-18Ca | CTACTTAATTTCCATGCAAAACCTGTGCCAATTTAATTTAAAAATGGTTTTAAACTAAATAGG | EMSA |
| rpoS_G-24Ta | CCTATTTAGTTTAAAACCATTTTTAAATTAAATTGTCACAGTTTTTGCATGGAAATTAAGTAG | Promoter mutants, EMSA |
| rpoS_C-24Aa | CTACTTAATTTCCATGCAAAAACTGTGACAATTTAATTTAAAAATGGTTTTAAACTAAATAGG | Promoter mutants, EMSA |
| rpoS_d-20Fa | CTACTTAATTTCCATGCAAAAAC-GTGCCAATTTAATTTAAAAATGGTTTTAAACTAAATAGG | Promoter mutants, EMSA |
| rpoS_d-20Ra | CCTATTTAGTTTAAAACCATTTTTAAATTAAATTGGCAC-GTTTTTGCATGGAAATTAAGTAG | Promoter mutants, EMSA |
| rpoS_d-17/18Fa | CTACTTAATTTCCATGCAAA-CTGTGCCAATTTAATTTAAAAATGGTTTTAAACTAAATAGG | Promoter mutants, EMSA |
| rpoS_d-17/18Ra | CCTATTTAGTTTAAAACCATTTTTAAATTAAATTGGCACAG-TTTGCATGGAAATTAAGTAG | Promoter mutants, EMSA |
| rpoS_d-10Fa | CTACTTAATTTCC-TGCAAAAACTGTGCCAATTTAATTTAAAAATGGTTTTAAACTAAATAGG | EMSA |
| rpoS_d-10Ra | CCTATTTAGTTTAAAACCATTTTTAAATTAAATTGGCACAGTTTTTGCA-GGAAATTAAGTAG | EMSA |
| flgB promoterFb | AAAATACAAATTAACGAACAAAAAGATTTGAATTATTATATAATTTAGTTAAAAGCATTTTAA | EMSA |
| flgB promoterRb | TTAAAATGCTTTTAACTAAATTATATAATAATTCAAATCTTTTTGTTCGTTAATTTGTATTTT | EMSA |
| rpoSF30 | CATATATTTAAAATCAGTAAGAGAACACAAGCTAATTACTCACGAAGAAG | qRT-PCR |
| flaBF9 | CAATCATAATACATCAGCTATTAATGCTTCAAG | qRT-PCR |
| flaBR82 | CTTGAGTTTTACTAAGATTAGCAGCGTTAATG | qRT-PCR |
a
The putative −24/−12 region of the rpoS promoter is underlined, and nucleotides deleted are shown with dashes.
b
The −35 and −10 promoter sequences are underlined.