Table 1.

Pair-wise LD between 20 SNPs of SNP packet 121 in sample replicate 1 from Aipotu population (D' measure above the diagonal and r² below the diagonal).

	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20
1	--	0.653	0.278	0.130	0.211	0.234	0.085	0.214	0.358	0.154	0.004	0.138	0.093	0.254	0.053	0.392	0.546	0.068	0.057	0.163
2	0.280	--	0.309	0.062	0.141	0.206	0.227	0.369	0.493	0.048	0.109	0.021	0.053	0.023	0.049	0.115	0.151	0.127	0.228	0.116
3	0.040	0.075	--	0.272	0.103	0.018	0.218	0.064	0.160	0.349	0.198	0.083	0.134	0.393	0.177	0.047	0.332	0.046	0.450	0.227
4	0.011	0.001	0.025	--	0.223	0.016	0.122	0.772	0.690	0.475	0.397	0.103	0.084	0.375	0.272	0.162	0.371	0.480	0.385	0.051
5	0.005	0.003	0.002	0.003	--	1.000	0.408	0.524	0.325	0.001	0.095	0.000	0.012	0.121	0.062	0.225	0.058	0.026	0.006	0.010
6	0.027	0.029	0.000	0.000	0.210	--	0.081	0.427	0.365	0.224	0.196	0.264	0.212	0.113	0.194	0.121	0.093	0.048	0.408	0.098
7	0.003	0.034	0.048	0.004	0.041	0.006	--	1.000	1.000	0.216	0.052	0.139	0.241	0.005	0.019	0.169	0.140	0.068	0.085	0.117
8	0.009	0.039	0.002	0.074	0.152	0.069	0.442 a	--	1.000	0.023	0.102	0.109	0.007	0.197	0.023	0.059	0.045	0.143	0.007	0.057
9	0.020	0.059	0.008	0.049	0.070	0.042	0.396	0.837	--	0.029	0.088	0.181	0.118	0.219	0.079	0.080	0.106	0.169	0.133	0.084
10	0.015	0.001	0.034	0.021	0.000	0.016	0.013	0.000	0.001	--	0.088	0.523	0.490	0.318	0.037	0.143	0.504	0.014	0.140	0.114
11	0.000	0.006	0.029	0.071	0.003	0.028	0.002	0.003	0.002	0.002	--	0.424	0.284	0.339	0.073	0.049	0.193	0.034	0.345	0.009
12	0.009	0.000	0.006	0.003	0.000	0.065	0.018	0.005	0.011	0.083	0.122	--	0.987	0.017	0.024	0.094	0.108	0.054	0.209	0.025
13	0.003	0.003	0.015	0.002	0.000	0.032	0.048	0.000	0.004	0.054	0.041	0.728	--	0.023	0.105	0.053	0.091	0.083	0.144	0.009
14	0.027	0.000	0.126	0.039	0.003	0.011	0.000	0.017	0.018	0.034	0.070	0.000	0.000	--	0.136	0.053	0.082	0.069	0.182	0.008
15	0.000	0.001	0.007	0.005	0.000	0.009	0.000	0.000	0.000	0.001	0.001	0.000	0.003	0.005	--	0.036	0.717	0.034	0.415	0.245
16	0.045	0.006	0.002	0.005	0.007	0.009	0.019	0.002	0.003	0.004	0.001	0.005	0.002	0.002	0.000	--	0.039	0.170	0.193	0.001
17	0.026	0.003	0.019	0.008	0.000	0.002	0.003	0.001	0.006	0.014	0.010	0.002	0.002	0.001	0.021	0.000	--	0.300	0.860	0.186
18	0.001	0.005	0.001	0.032	0.000	0.001	0.002	0.018	0.021	0.000	0.001	0.001	0.004	0.002	0.001	0.008	0.036	--	0.095	0.091
19	0.000	0.004	0.009	0.002	0.000	0.008	0.000	0.000	0.000	0.003	0.004	0.002	0.001	0.002	0.002	0.001	0.007	0.001	--	0.010
20	0.019	0.012	0.036	0.001	0.000	0.007	0.010	0.002	0.004	0.003	0.000	0.000	0.000	0.000	0.021	0.000	0.004	0.006	0.000	--

^aBold text indicates the three markers that are in strong linkage disequilibrium.