Table 1.

Primer Sequences and PCR Conditions for MSP Analysis

Primer name*		Primer sequence (5′-3′) Forward	Primer sequence (5′-3′) Reverse	Product size (bp)	Annealing temperature (°C)
APC	m	TATTGCGGAGTGCGGGTC	TCGACGAACTCCCGACGA	98	55
	u	GTGTTTTATTGTGGAGTGTGGGTT	CCAATCAACAAACTCCCAACAA	108	55
COX-2	m	TTAGATACGGCGGCGGCGGC	TCTTTACCCGAACGCTTCCG	161	61
	u	ATAGATTAGATATGGTGGTGGTGGT	CACAATCTTTACCCAAACACTTCCA	172	61
DAP-kinase	m	GGATAGTCGGATCGAGTTAACGTC	CCCTCCCAAACGCCGA	98	60
	u	GGAGGATAGTTGGATTGAGTTAATGTT	CAAATCCCTCCCAAACACCAA	106	60
E-cadherin	m	TTAGGTTAGAGGGTTATCGCGT	TAACTAAAAATTCACCTACCGAC	115	57
	u	TAATTTTAGGTTAGAGGGTTATTGT	CACAACCAATCAACAACACA	97	53
GSTP1	m	TTCGGGGTGTAGCGGTCGTC	GCCCCAATACTAAATCACGACG	91	59
	u	GATGTTTGGGGTGTAGTGGTTGTT	CCACCCCAATACTAAATCACAACA	97	59
MGMT	m	TTTCGACGTTCGTAGGTTTTCGC	GCACTCTTCCGAAAACGAAACG	81	59
	u	TTTGTGTTTTGATGTTTGTAGGTTTTTGT	AACTCCACACTCTTCCAAAAACAAAACA	93	59
MINT1	m	AAAAAAAAACACCTAAAACTCA	CTACTTCGCCTAACCTAACG	102	64
	u	GGGGTTGAGGTTTTTTGTTAGT	TTCACAACCTCAAATCTACTTCA	117	64
MINT2	m	AATCGAATTTGTCGTCGTTTC	AAATAAATAAATAAAAAAAAACGCG	88	60
	u	GGTGTTGTTAAATGTAAATAATTTG	AAAAAAAAACACCTAAAACTCA	88	58
MINT12	m	TTGGGAGTTTATTTAGGTCG	ACAACGATCTTCCGAATTTA	152	55
	u	TGGGAGTTTATTTAGGTTGG	AAACACAACAATCTTCCAAAT	155	55
MINT25	m	GTTCGTTAGAGTAATTTTGCG	TTATAACTAACGAAACACCGC	128	55
	u	AGTAATTTTGTGGTGGAAGG	ACTAACAAAACACCACACCC	114	55
MINT31	m	TTGAGACGATTTTAATTTTTTGC	AAAACCATCACCCCTAAACG	100	62
	u	GAATTGAGATGATTTTAATTTTTTGT	CTAAAACCATCACCCCTAAACA	105	64
MINT32	m	GATGTTAGAGGAATTTAGGC	AAAACGAACGAAACGTCCG	126	64
	u	GAGTGGTTAGAGGAATTTAGGT	CTAAAAAAACAAACAAAACATCCA	133	62
p14	m	GTGTTAAAGGGCGGCGTAGC	AAAACCCTCACTCGCGACGA	122	60
	u	TTTTTGGTGTTAAAGGGTGGTGTAGT	CACAAAAACCCTCACTCACAACAA	132	60
p16	m	TTATTAGAGGGTGGGGCGGATCGC	GACCCCGAACCGCGACCGTAA	150	65
	u	TTATTAGAGGGTGGGGTGGATTGT	CAACCCCAAACCACAACCATAA	151	60
PTEN	m	TTTTTTTTCGGTTTTTCGAGGC	CAATCGCGTCCCAACGCCG	134	59
	u	TTTTGAGGTGTTTGGGTTTTTGGT	ACACAATCACATCCCAACACCA	124	59
14-3-3 sigma	m	TGGTAGTTTTTATGAAAGGCGTC	CCTCTAACCGCCCACCACG	105	56
	u	ATGGTAGTTTTTATGAAAGGTGTT	CCCTCTAACCACCCACCACA	106	56
THBS1	m	TGCGAGCGTTTTTTTAAATGC	TAAACTCGCAAACCAACTCG	74	62
	u	GTTTGGTTGTTGTTTATTGGTTG	CCTAAACTCACAAACCAACTCA	115	62
TIMP3	m	CGTTTCGTTATTTTTTGTTTTCGGTTTTC	CCGAAAACCCCGCCTCG	116	59
	u	TTTTGTTTTGTTATTTTTTGTTTTTGGTTTT	CCCCCAAAAACCCCACCTCA	122	59

*m, Methylated sequence; u, unmethylated sequence.