Table 1.

Analysis of strand bias in Somatic Hypermutation in various genes

Spectrum	G→N	C→N	PGC1	A→N	T→N	PAT2
In vivo mammalian SHM:
VkOx1	0.31	0.23	0.11	0.32	0.14	0.0001
neo	0.21	0.17	0.52	0.40	0.22	0.02
gpt	0.23	0.30	0.65	0.25	0.22	0.32
globin	0.21	0.29	0.61	0.27	0.23	0.18
lambda	0.26	0.22	0.26	0.37	0.18	0.000005
MMjh4 intron	0.18	0.21	0.55	0.38	0.23	0.003
HSjh4 intron	0.27	0.23	0.54	0.33	0.17	0.02
msh2-/-	0.50	0.33	0.41	0.11	0.06	0.47
iota-/-	0.25	0.20	0.35	0.36	0.19	0.001
ung-/-	0.26	0.25	0.86	0.33	0.16	0.00004
ung-/-msh2-/-	0.39	0.60	0.002	<0.01	<0.01	1.00
In vitro mammalian SHM:
Ramos	0.41	0.37	0.26	0.12	0.10	0.88
AID-tg-hP1-5	0.37	0.45	0.52	0.11	0.07	0.43
BL2	0.71	0.21	0.0005	0.08	0.00	0.10
GFP	0.55	0.44	0.05	0.01	<0.01	0.59
In vivo non-mammalian SHM:
Chicken	0.30	0.16	0.14	0.40	0.14	0.05
Xenopus	0.38	0.54	0.31	0.03	0.05	0.73
Shark NAR	0.23	0.25	0.71	0.29	0.23	0.43

¹P_GC represents the probability of absence of strand-bias at G,C bases.

²P_AT represents the probability of absence of strand-bias at A,T bases.

Underlined frequencies depict significant bias.