Skip to main content
. 2007 Apr 16;35(9):2986–3001. doi: 10.1093/nar/gkm192

Dataset of experimental verified p53 response elements

Trarget gene and binding site DNA sequence Quarter-site coupling probability Reference
Cell cycle Q1234 T13 T24 H14 H23
14-3-3 σ-site 2 GTAGCA tt AGCCCAGACATGTCC 0.13 0.13 0.21 0.45 0.08 (10,11,13) SFN in (12)
14-3-3 σ -site 1 AGGCATGTGCCACCATGCCC 0.16 0.17 0.24 0.31 0.13 (11,13)
B99 GAGCAAGTTGGGGCTTGCCT 0.15 0.21 0.15 0.39 0.10 (11)
Cyclin G AGACCTGCCCGGGCAAGCCT 0.15 0.15 0.21 0.37 0.12 (10,13)
Cyclin G,C AGGCT TGCCC GGGCA GGTCT 0.15 0.19 0.17 0.37 0.12 (10)
BTG2 AGTCCGGGCA g AGCCCGAGCA 0.21 0.22 0.17 0.19 0.22 (12)
gml ATGCTTGCCCAGGCATGTCC 0.16 0.17 0.24 0.30 0.13 (12)
p21-5′ site GAACATGTCCCAACATGTTG 0.18 0.21 0.25 0.20 0.17 (11,13)
p21-3′ GAAGAAGACTGGGCATGTCT 0.16 0.24 0.16 0.31 0.13 (13)
CDKN1a GAACATGTCCCAACATGTTG 0.18 0.21 0.25 0.20 0.17 (12)
GDF CATCTTGCCCAGACTTGTCT 0.16 0.13 0.27 0.28 0.16 (12); PTGF-β, FBS01 in (11)
GDF AGCCATGCCCGGGCAAGAAC 0.16 0.21 0.23 0.24 0.16 (12); PTGF-β, SBS01 in (11)
RB GGGCGTGCCC cgc GTGCGCGCGC 0.25 0.17 0.22 0.17 0.18 (11)
CCNG1 GCACAAGCCCAGGCTAGTCC 0.16 0.20 0.25 0.24 0.15 (12) (cyclin, human)
PCBB4 GGTCTTGGCC ca GACTTAGCAC 0.18 0.19 0.21 0.19 0.22 (12)
Average 0.17 0.19 0.21 0.28 0.15
Standard deviation 0.03 0.03 0.04 0.08 0.04
Growth
TGFA AGCCAAGTCTTGGCAAGCGG 0.16 0.18 0.16 0.34 0.15 (12)
TGFA GGGCAGGCCCTGCCTAGTCT 0.14 0.17 0.18 0.43 0.09 (12) TGF α in (11)
Average 0.15 0.18 0.17 0.39 0.12
Death receptor
m-FAS GGGCATGTACAAACATGTCA 0.14 0.20 0.17 0.38 0.11 (10); Fas(APO-1/CD95), in (11)
TNFRSF GGGCATGTCCGGGCAAGACG 0.14 0.24 0.15 0.34 0.13 (12); Killer/DRS in (11)
PIDD AGGCCTGCCT gcgtgctg GGACA AGTCT 0.19 0.17 0.24 0.20 0.20 (13) PIDD in (11) LRDD in (12)
H-FAS,A TGGCTTGTCAGGGCTTGTCC 0.14 0.19 0.18 0.36 0.12 (10)
Average 0.15 0.20 0.18 0.32 0.14
Standard deviation 0.02 0.03 0.04 0.08 0.04
DNA repair
GADD45A GAACATGTCTAAGCATGCTG 0.18 0.22 0.20 0.25 0.15 (10–13)
rrm2b (p53R2) TGACATGCCCAGGCATGTCT 0.16 0.16 0.22 0.33 0.14 (10–13)
PCNA ACATATGCCCGGACTTGTTC 0.17 0.26 0.20 0.22 0.15 (12)
Pcna GAACAAGTCCGGGCATATGT 0.17 0.18 0.30 0.21 0.15 (10–13)
Average 0.17 0.20 0.23 0.25 0.15
Standard deviation 0.01 0.06 0.05 0.06 0.01
Apoptosis
Bax-A TCACAAGTTA g AGACAAGCCT 0.19 0.18 0.22 0.19 0.22 (10–12)
BAX-B,A AGACAAGCCTGGGCGTGGGC 0.17 0.21 0.21 0.29 0.13 (10)
BAX-mouse AGGCAAGCTT t GAACTTGCGG 0.19 0.21 0.20 0.19 0.22 (24)
BAX-human GGGCAGGCCCGGGCTTGTCG 0.15 0.23 0.17 0.37 0.10 (24)
IRDD AAGCTGGGCCGGGCTGACCC 0.14 0.21 0.17 0.39 0.09 (12) Cathepsin D site 1, (11)
IRDD AACCTTGGTT tg CAAGAGGCTT 0.19 0.19 0.22 0.19 0.22 (11)
ei24/PIG8 TGGCAGGCCGGAGCTAGTTC 0.16 0.23 0.18 0.32 0.11 (11)
IGFBP3 A,A AAACAAGCCA c CAACATGCTT 0.19 0.19 0.22 0.23 0.18 (10–13)
IGFBP3 B,A GGGCAAGACCTGCCAAGCCT 0.13 0.16 0.17 0.46 0.08 (12) IGF-BP3, Box B in (11)
MCG10, RE-1 GGTCTTGGCC ca GACTTAGCAC 0.18 0.19 0.21 0.19 0.22 (11)
MCG10, RE-1 (PCBB4) GAACTTAAGA ccgaggctct GGACAAGTTG 0.18 0.24 0.17 0.21 0.20 (12)
NOXA AGGCTTGCCCCGGCAAGTTG 0.16 0.19 0.20 0.31 0.14 (10,11,13)
p53aip1 TCTCTTGCCCGGGCTTGTCG 0.17 0.18 0.27 0.22 0.17 (12,13)
PERP, 218 GCTCAAGTGT agcctt AGCCATGCTC 0.18 0.19 0.23 0.17 0.23 (11)
PERP, 2097 GCGCTAGTCC acac AGACTAGATT 0.18 0.17 0.25 0.20 0.19 (11)
TP5313 CAGCTTGCCCACCCATGCTC 0.16 0.13 0.30 0.30 0.11 (12) PIG3 in (11)
bbc3 (puma-bs2) CTGCAAGTCCTGACTTGTCC 0.14 0.15 0.25 0.33 0.13 (12,13)
PUMA-BS1 CTCCTTGCCT t GGGCTAGGCC 0.18 0.16 0.26 0.13 0.27 (13)
pDINP1 GAACTTGGGGGAACATGTTT 0.17 0.26 0.18 0.26 0.13 (13)
p2rx (P2XM) GAACAAGGGC at GAGCTTGTCT 0.19 0.21 0.19 0.24 0.17 (11–13)
Ctsd AACCTTGGTT tg CAAGAGGCTT 0.19 0.19 0.22 0.19 0.22 (12)
cFOS,O AGGCTTGCCCCGGCAAGTTG 0.16 0.19 0.20 0.31 0.34 (10)
fas GGACAAGCCCTGACAAGCCA 0.14 0.16 0.20 0.37 0.12 (12)
Average 0.17 0.19 0.21 0.26 0.16
Standard deviation 0.02 0.03 0.03 0.08 0.05
Positive regulation
SCARA GGGCAAGCCCAGACAAGTTG 0.16 0.21 0.19 0.30 0.14 (12). CSR in(11)
mdm2 AGTTAAGTCCTGACTTGTCT 0.14 0.22 0.17 0.34 0.14 (12)
MDM2-RE2 GAGCT a AGTCCTGACATGTCT 0.14 0.13 0.20 0.41 0.12 (10)
mdm2 GGTCAAGTTGGGACACGTTC 0.15 0.19 0.19 0.35 0.13 (13)
mdr1b GAACATGTAGAGACATGTCT 0.16 0.21 0.17 0.33 0.14 (11)
PA26 GGACAAGTCTCCACAAGTTC 0.16 0.19 0.22 0.29 0.14 (11)
PA26,C GGACATGTCTCAACAAGTTC 0.16 0.19 0.22 0.27 0.16 (10)
RGC,O GGACTTGCCTGGCCTTGCCT 0.14 0.16 0.21 0.39 0.11 (10)
RGC TGCCTTGCCT ggact TGCCTGGCCT TGCCT 0.18 0.15 0.28 0.19 0.20 (11)
S100A2 GGGCATGTGTGGGCACGTTC 0.16 0.26 0.16 0.30 0.13 (12)
mmP2 AGACAAGCCTGAACTTGTCT 0.15 0.16 0.18 0.39 0.12 (12); Type IV Collagenase (11)
Average 0.01 0.04 0.03 0.06 0.02
Standard deviation 0.17 0.21 0.23 0.22 0.17
Negative regulation
Bdk GGAAGTGCCCAGGAGGCTGA 0.17 0.21 0.23 0.22 0.17 (12), BK2 in (11)
GPX GGGCCAGACCAGACATGCCT 0.13 0.16 0.18 0.43 0.10 (11)
cFOS,O GGACTTGTCTGAGCGCGTGC 0.16 0.25 0.20 0.24 0.15 (10)
Met GGACGGACAG cacgcgaggcagac AGACACGTGC 0.19 0.26 0.10 0.29 0.16 (12)
Cytokeratin 8 CCGCCTGCCT cc ACTCCTGCCT 0.18 0.07 0.35 0.20 0.20 (11)
Dickkopf-1 AGCCAAGCCT ttaatg AACCAAGTTC 0.19 0.17 0.24 0.20 0.21 (11)
EEf1A1 GGGCAGACCC ga GAGCATGCCC 0.19 0.21 0.19 0.22 0.19 (12) EF-1 α E4 in (11)
EEf1A1 GGACACGTAG attc GGGCAAGTCC 0.19 0.22 0.19 0.19 0.21 (12); EF-1 α, E2 in (11)
EEf1A1 AAACATGATT ac AGGGACATCT 0.18 0.25 0.16 0.25 0.16 EF-1 α E3 in (11)
EGFR GAGCTAGACG tcc GGGCAGCCCC 0.31 0.22 0.14 0.19 0.15 (12)
CX3 (Fractalkine) GGGCATGTTC c CAGCTTGTGG 0.18 0.20 0.21 0.20 0.21 (11,12)
HGF ACACATGTAT ttt CCTGTTTAAA 0.29 0.18 0.23 0.18 0.13 (11,12)
HIC-1 GGTCTTGTGC ag AGGCATGTGC 0.19 0.20 0.20 0.18 0.24 (11)
M-PGAM TGCCACTGGTTGCCTGCCTCTGCCT 0.14 0.10 0.24 0.43 0.08 (11)
MCK GGGCCTGCCTCTCTCTGCCT 0.14 0.10 0.22 0.47 0.08 (11)
SERPine1 ACACATGCCTCAGCAAGTCC 0.17 0.17 0.24 0.27 0.16 (12) PAI-1 in (11)
Sgk AACTC AGGCT gcctcctg CGACTTGCCT 0.21 0.16 0.29 0.20 0.14 (11)
sm α actin AACCATGCCTGCATCTGCCT 0.16 0.12 0.24 0.39 0.10 (11)
TAP1 GGGCTTGGCC ctgccg GGACTTGCCT 0.18 0.20 0.23 0.21 0.18 (11,12)
THBs2 AGCCA g AGGCC agaaagtg AGGCTTGCTC 0.20 0.22 0.21 0.19 0.18 (12); THBS2, 4156 in (11)
THBs2 AGACTTGCCT gattct GGGCT gcc AGATT 0.18 0.20 0.23 0.19 0.21 (12); THBS2, 3530 in (11)
TIMP-3 GGGCTTGCTT gacgtcca GAACAGGGTC 0.19 0.22 0.18 0.17 0.25 (11)
SERPI (Maspin) GAACATGTTG g AGGCCTTTTT 0.189 0.184 0.222 0.224 0.181 (11–13)
cds2 AGGCAAGCTG gggca GCTCAAGCCT 0.189 0.19 0.22 0.247 0.154 (12) KAI1 in (11,13)
Average 0.19 0.19 0.21 0.25 0.17
Standard deviation 0.04 0.05 0.05 0.09 0.05
Mitosis
PLK2 GGTCATGATT cct TAACTTGCCT 0.31 0.23 0.14 0.19 0.13 (12)
PLK2 AAACATGCCTGGACTTGCCC 0.18 0.18 0.27 0.38 0.14 (12)
PLK2 AGACATGGTG tgt AAACTAGCTT 0.30 0.17 0.19 0.21 0.13 (12)
Average 0.26 0.19 0.20 0.26 0.13
Human Repressor
TRPM GGCCTTGCCT tgctc AGGCCTGCTT 0.19 0.16 0.27 0.19 0.19 (12)
TRPM TGCCTTGCTCAGGCCTGCTT 0.16 0.13 0.27 0.32 0.12 (12)
TRPM GAGCAGGTCT gacctgcttccca GGGCCTGCTT 0.19 0.19 0.23 0.24 0.16 (12)
TRPM TGACCTGCTT ccca GGGCCTGCTT 0.18 0.14 0.29 0.20 0.19 (12)
ODC1 GGGCTCGCCT tggtacagac GAGCGGGCCC 0.18 0.22 0.20 0.21 0.19 (12)
ODC1 GGACCAGTTC caggc GGGCGAGACC 0.19 0.19 0.23 0.18 0.22 (12)
CRYZ CTGCAAGTCC att AAACCTGTTT 0.27 0.15 0.26 0.17 0.14 (12)
slc38 AACCATGCTG ttacacgcac CAGCTTGTCC 0.18 0.18 0.24 0.20 0.19 (12)
p22/PRG1 CCACATGCCTCGACATGTGC 0.19 0.16 0.30 0.16 0.19 (11), IER3 in(12)
ANLN GAACTGGCTT ttctga GGGCCAGGCC 0.17 0.21 0.21 0.22 0.19 (12)
scd GGGCCGGTCC t GGGCTAGGCT 0.19 0.21 0.21 0.18 0.22 (12)
Hspa8 GCACTAGTTC tggacctc GCGCGTGCTT 0.18 0.14 0.28 0.22 0.18 (12)
NOS3 GAGCCTCCCA gcc GGGCTTGTTC 0.28 0.16 0.25 0.17 0.15 (12)
CDC25C GGGCAAGTCT taccatttcca GAGCAAGCAC 0.18 0.23 0.19 0.18 0.22 (12)
Average 0.19 0.18 0.25 0.20 0.18
Standard deviation 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03