Table 2.
HCV CTL epitope sequences. Dashes indicate identity with the model peptide sequence (HCV-1 isolate–PubMed P26664)
| HLA Restriction | B7 | A11 | A2 | B8 | A2 | A2 | A2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| (Location) | (core 41–49) | (E2621–628) | (NS31073–1081) | (NS31395–1403) | (NS31406–1415) | (NS41807–1816) | (NS5B 2594–2602) |
| Sequence | GPRLGVRAT | TINYTIFK | CINGVCWTV | HSKKKCDEL | KLVALGINAV | LLFNILGGWV | ALYDVVTKL |
| P26664 (1a) | ––––––––– | –––––––– | ––––––––– | ––––––––– | –––––––––– | –––––––––– | ––––––––– |
| AAB67038 (1a) | ––––––––– | –––––––– | ––––––––– | ––––––––– | –––––––––– | –––––––––– | ––––––S–– |
| P27958 (1a) | ––––––––– | –––––––– | ––––––––– | ––––––––– | –––––––––– | –––––––––– | ––––––S–– |
| P26663 (1b) | ––––––––P | –V–F–––– | –V––––––– | ––––––––– | –––SG––––– | –––––––––– | ––––––ST– |
| P26662 (1b) | ––––––––– | –V–F–V–– | –V––––––– | ––––––––– | –––TG–L––– | –––––––––– | ––––––ST– |
| Q00269 (1b) | ––T–––––– | –V–F–––– | –V––––––– | ––––––––– | –––SG––––– | –––––––––– | ––––––ST– |
| P29846 (1b) | ––––––––– | –V–F–––– | ––––––––– | ––––––––– | –––S–––H–– | –––––––––– | ––––––ST– |
| BAA14035 (1b) | ––––––––– | –––F–––– | –V––––––– | ––––––––– | ––TG––L––– | –––––––––– | ––––––ST– |
| BAA09075 (1b) | ––––––––– | –V–F–––T | –V––––––– | ––––––––– | ––S–––V––– | –––––––––– | ––––––ST– |
| CAA03854 (1b) | ––––––––L | –V–F–––– | –V––––––– | ––––––––– | –––SG–L––– | –––––––––– | ––––––ST– |
| CAB41951 (1b) | ––––––––– | –V–F–––– | –V––––––– | ––––––––– | Q–SS––V–– | –––––––––– | ––––––ST– |
| AAD50312 (1b) | ––––––––– | AV–F–––– | –V––––––– | ––––––––– | –––SG–L–– | –––––––––– | ––––––ST– |
| BAB18814 (1b) | ––––––––– | –V–F–––– | –V––––––– | ––––––––– | ––SS––L–– | –––––––––– | ––––––ST– |
| AAL00900 (1b) | ––––––––– | –V–F–––– | –V––––––– | ––––––––– | ––SG––L–– | –––––––––– | ––––––ST– |
| CAB53095 (1b) | ––––––––– | –V–F–––– | –V––––––– | ––––––––– | ––SG––L–– | –––––––––– | ––––––ST– |
| P26660 (2) | ––––––––– | –V–––––– | T–S––L––– | ––––––––– | A–RGM–L–– | I–L––––––L | ––––ITQ–– |
| BAA88057 (2) | ––––––––– | –––F––H– | T–S–IL––– | ––––––––– | A–RGM–L–– | I–L––M–––L | ––––ITQ–– |
| JQ1303 (2a) | ––––––––– | –V–––––– | T–S––L––– | ––––––––– | A–RGM–L–– | I–L––––––L | ––––ITQ–– |
| BAB32876 (2a) | ––––––––– | –V–F–––– | S–S––L––– | ––––––––– | A–RGM–L–– | I–L––––––L | –––––TQ–– |
| AAF25613 (2a) | ––––––––– | –––––––– | S-S––L––– | ––––––––– | A–RGM–L–– | I–L––––––L | –––––TQ–– |
| P26661 (2b) | ––––––––– | –V–F–––– | S-S––L––– | ––––––––– | A–RGM–L–– | I–L––M–––L | ––––IAQ–– |
| AAF59945 (2b) | ––––––––– | NV–F–––– | S-S––L––– | ––R–––––– | A–RGM–L–– | I–L––M–––L | ––––IAQ–– |
| BAB08107 (2b) | ––––––––– | –V–F–––– | S-S––L––– | ––––––––– | A–RGM–L–– | I–L––M–––L | ––––IAQ–– |
| BAA08911 (2c) | ––––––––A | –V––––F– | S-S––L––– | ––––––––– | A–RGM–L–– | I–L––M–––L | ––––ITQ–– |
| BAA04609 (3a) | ––––––––– | –VDFRL–– | TVG––I–––– | ––––––––I | ––RGM–L–– | TM–––––––– | –––––IQ–– |
| BAA06044 (3a) | ––––––––– | –V–F–L–– | TVG––M––– | –––––––KM | ––RGM–L–– | TM–––––––– | –––––IQR– |
| AAC03058 (3a) | ––––––C–– | –V–F–L–– | TVG––T–––– | ––––––––I | ––RGM–L–– | TM–––––––– | –––––IQ–– |
| BAA08372 (3b) | ––Q––––EV | –V–FS––– | TVG––M––– | –––E––––– | ––RGM–V–– | TM–––––––– | –––––IQ–– |
| CAA72338 (4a) | ––––––––– | –A–FSV–N | AV–––M––– | ––––––––– | Q–TS––L––– | –––––––––– | ––H––IK–T |
| CAA73640 (5a) | ––K–––––– | –V–––––– | –––––M––L | ––––––––– | Q–TS––V––– | –––––––––– | –––––AQ–– |
| AAC61696 (5a) | ––––––––– | –L–––––– | –––––M––– | ––––––––– | Q–TS––V––– | –––––––––– | ––––IAQ–– |
| CAA72801 (6a) | ––––––––– | –V–F–LH– | S––––M-––– | ––––––––– | ––KS––L––– | I–L––––––I | –––––TQ–– |
| BAA09890 (10a) | ––K–––––V | –V–––––– | SVG––M––– | ––––––––– | Q–TS––V––– | –––––M–––– | –––––IQ–– |