TABLE 2.
Progressive substitutions of dominant nucleotides in the consensus O Tw97 genome sequence during pig passage
| Pig designationc | Infectious roundd | Nucleotide in indicated position and region
|
Nucleotide in indicated position and region
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5′ UTRa
|
3′ UTR
|
Lpro
|
P1
|
P2
|
P3
|
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| 82b | 155 | 403 | 474 | 480 | 524 | 541 | 818 | 844 | 955 | 8096 | 1087 | 1411 | 1444 | 1522 | 1573 | 1611 | 2290 | 2793 | 2860 | 2881 | 2890 | 3040 | 3724 | 3763 | 4015 | 4252 | 4426 | 4438 | 4469 | 4779 | 5002 | 2032 | 5107 | 5257 | 5276 | 5291 | 5656 | 5986 | 6283 | 6311 | 6364 | 6641 | 7076 | 7183 | 7375 | 7561 | 7792 | ||
| Parental | O Tw97e | T | T | G | A | G | A | C | T | A | A | T | A | G | A | T | T | A | A | A | C | T | C | A | T | A | C | T | G | A | G | C | C | C | A | C | A | C | T | G | T | C | T | G | A | C | C | C | C |
| 48 | T00v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 48 | T00v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 48 | T00v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 50 | T00v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 50 | T00v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 50 | T00v3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 483 | T0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 484 | T1 | T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 485 | T1 | C | G | T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 486 | T2 | G | T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 487 | T2 | G | A | C | C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 488 | T3 | G | A | C | T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 489 | T3 | A | A | C | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 490 | T4 | G | A | A | C | C | T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 491 | T4 | G | A | A | C | T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 492 | T5 | G | A | A | C | C | C | T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 493 | T5 | G | A | A | C | C | T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 494 | T6 | G | A | A | C | C | T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 495 | T6 | G | G | A | C | C | T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 496 | T7 | A | C | C | T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 497 | T7 | C | T | G | A | C | T | A | T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 498 | T8 | C | G | G | A | C | A | T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 499 | T8 | C | G | A | C | T | A | T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 725 | T9 | C | G | G | G | A | C | A | T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 726 | T9 | C | T | G | A | C | T | A | T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 4500 | T10 | C | G | A | C | A | T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5008 | T10 | C | A | C | T | G | A | T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5009 | T11 | C | A | C | T | G | A | T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5010 | T11 | C | G | A | T | C | T | G | A | G | T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5011 | T12 | C | G | A | T | C | T | G | A | G | T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5012 | T12 | C | G | G | A | T | C | T | G | A | G | T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5013 | T13 | C | G | G | A | T | C | C | A | T | T | G | A | G | T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5014 | T13 | C | G | G | A | T | C | T | G | A | G | T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5015 | T14 | C | A | G | G | A | G | G | T | C | T | G | A | T | G | T | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5016 | T14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 4823 | T15 (14-I) | C | A | T | G | T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 4824 | T16 | C | G | A | G | G | A | C | T | C | G | T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 4825 | T17 | C | G | G | A | G | C | G | T | C | A | G | T | G | A | T | C | G | T | T | T | ||||||||||||||||||||||||||||
| 4826 | T17 | C | G | A | G | G | A | G | C | C | T | G | A | G | T | T | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5184 | T18 | C | G | A | C | G | T | G | A | T | C | G | T | T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5185 | T18 | C | A | G | G | A | C | G | T | G | A | T | C | G | T | T | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| 5005 | T19 (18-I) | C | C | G | G | G | A | G | G | T | T | T | G | T | A | T | C | G | T | T | T | ||||||||||||||||||||||||||||
| 5006 | T20 | C | C | G | G | G | G | A | G | C | C | G | G | T | C | G | T | G | A | T | C | G | T | T | |||||||||||||||||||||||||
| 5007 | T20 | C | G | G | A | G | T | C | T | G | A | T | C | G | T | T | |||||||||||||||||||||||||||||||||
a
Genomic regions include UTRs and precursor protein-coding regions.
b
Specific position number in the full-length O Tw97 genome (GenBank accession no. AY593835).
c
Pig identification number.
d
The infectious round represented by each pig number is shown, followed by the nucleotide substitutions detected in the corresponding consensus sequence. Empty spaces indicate no change of nucleotides with respect to the parental O Tw97 sequence.
e
The O Tw97 row indicates the nucleotides assigned for the parental consensus O Tw97 sequence.