TABLE 1.
Bacterial strains used for assessment of primer specificity and the CT values obtained in Q-PCR
| Species (strain)a |
CT value obtained in Q-PCR withb:
|
|||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ITS | recABa | gyrB | recASm | wzm | 16S rRNA genes | |
| Bacillus atrophaeus (ATCC 9372) | 16 ± 0.17 | 18 ± 0.23 | − | − | 37 ± 0.12 | − |
| Bacillus brevis (CBSC 15-4865) | − | − | − | − | − | − |
| Bacillus cereus (CBSC 15-4870) | 36 ± 0.25 | − | − | − | − | 33 ± 0.12 |
| Bacillus mycoides (CBSC 15-4871) | − | − | − | − | − | 34 ± 0.23 |
| Bacillus megaterium (CBSC 15-4900) | − | 34 ± 0.20 | − | − | − | − |
| Bacillus sphaericus (CBSC 15-4908) | − | − | − | − | 36 ± 0.17 | 36 ± 0.45 |
| Bacillus subtilis (CBSC 15-4921) | − | − | − | − | 37 ± 0.28 | 36 ± 0.61 |
| Bacillus thuringiensis (CBSC 15-4926) | − | − | − | − | − | 35 ± 0.12 |
| Bacillus badius (DSM 23) | − | − | − | − | 36 ± 0.53 | 35 ± 0.32 |
| Bacillus flexus (DSM 1320) | − | − | − | − | − | 34 ± 0.42 |
| Bacillus amyloliquifaciens (DSM 7) | − | − | − | − | − | 35 ± 0.29 |
| Bacillus mojavensis (DSM 9205) | − | − | − | − | − | − |
| Bacillus fusiformis (DSM 2898) | − | − | − | − | 37 ± 0.30 | − |
| Paenibacillus validus (DSM 3037) | − | 38 ± 0.40 | − | − | − | − |
| Paenibacillus chondroitinus (DSM 5051) | − | − | − | − | − | 34 ± 0.10 |
| Serratia marcescens (ATCC 13880) | − | − | 17 ± 0.15 | 18 ± 0.43 | 16 ± 0.22 | 14 ± 0.11 |
| Serratia ficaria (DSM 4569) | 36 ± 0.33 | − | − | 38 ± 0.33 | − | 38 ± 0.22 |
| Serratia fonticola (DSM 4576) | − | − | − | − | 37 ± 0.13 | 35 ± 0.58 |
| Serratia odorifora (DSM 4582) | − | − | − | − | − | − |
| Serratia plymuthica (DSM 4540) | − | − | − | − | 36 ± 0.45 | 35 ± 0.34 |
| Serratia quinivorans (DSM 4597) | − | − | − | − | − | 36 ± 0.22 |
| Serratia entomophila (DSM 12358) | − | − | − | − | − | − |
| Pseudomonas fluorescens (ATCC 13525) | − | − | − | − | 36 ± 0.19 | 33 ± 0.39 |
a
ATCC, American Type Culture Collection, Manassas, VA; CBSC, Carolina Biological Supply Company, Burlington, NC; DSM, German Collection of Microorganisms and Cell Cultures.
b
CT values are mean values ± standard deviations of duplicates. −, no detection above threshold before cycle 40.