Table 2.

Clustering by structural similarity of the 1,000 most compact conformations in the Park–Levitt sets

Protein	rmsd cutoff	Cluster size	rmsd center to native	Mean rmsd of ensemble
2cro	4 Å	68	3.0	8.2
	5 Å	123	2.3
	6 Å	210	4.1
1ctf	4 Å	33	8.6	9.6
	5 Å	43	11.4
	6 Å	84	7.2
1r69	4 Å	18	9.7	8.8
	5 Å	31	3.7
	6 Å	87	2.9
3icb	4 Å	16	6.1	10.0
	5 Å	28	6.1
	6 Å	53	4.6
1sn3	4 Å	18	9.0	9.4
	5 Å	61	9.0
	6 Å	149	8.1
4pti	4 Å	19	10.3	9.3
	5 Å	32	10.4
	6 Å	68	10.4
1ubq	4 Å	23	10.1	9.8
	5 Å	37	10.1
	6 Å	74	11.9
4rxn	4 Å	27	10.0	9.0
	5 Å	47	9.4
	6 Å	102	10.4