Table I.
Recognition of Natural Melan-A–related Sequences by A2/Melan-A Multimer+ CD8+ T Cell Clones from HD 421 (Continued)a
| Group 1 | Group 2 | Group 3 | ||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Peptide code | Species | Protein | Sequence | 2/4A12 | 2/7B12 | 2/4G7 | 2/5F1 | 2/3A4 | 2/7E8 | 2/3B3 | 2/7A11 | 2/4G9 | 2/6F7 | 2/2G11 | 2/5B9 | 2/6C9 | 10D4 | 2/2C12 | 2/5B8 | 2/5D12 | 2/2H11 | nb positiveb |
| Human | ||||||||||||||||||||||
| MSI 44 -1 |
Homo sapiens | KIAA0935 | RVTDEAGHPV | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | 1 |
| -2 | Homo sapiens | MRP3 | NVADIGLHDV | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | 1 |
| -5 | Homo sapiens | SLC1A1 or EAAT3 or EAAC1 | VLTGLAIHSI | +b | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | 2 |
| -9 | Homo sapiens | P47 | RISDIRLFIV | + | − | ++ | − | ++ | − | − | − | − | − | − | + | − | − | ++ | ++++ | − | − | 6 |
| -10 | Homo sapiens | Prostaglandin transporter | LLAGIGTVPI | ++++ | + | +++ | + | ++++ | − | +++ | +++ | − | − | − | − | − | − | +++ | ++++ | +++ | − | 10 |
| -11 | Homo sapiens | ABC transporter MOAT-C | RISDIGLADL | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | +++ | − | − | 3 |
| -12 | Homo sapiens | KIAA0735 | LISGIGIGGA | − | − | − | − | − | ++++ | − | − | − | − | − | − | − | + | +++ | ++++ | − | + | 5 |
| -13 | Homo sapiens | Hypothetical 20 kD protein |
RISAIILHPN | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | 1 |
| -14 | Homo sapiens | Endothelin-1 receptor |
RVQGIGIPLV | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | 1 |
| -15 | Homo sapiens | G-protein coupled receptor RE2 | RITDLGLSPH | ++ | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 1 |
| -17 | Homo sapiens | IGHG1 | RLSELAIFGV | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | 1 |
| -18 | Homo sapiens | Monocarboxylate transporter 8 | AVAFIGLHTS | ++ | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | ++ | 3 |
| -21 | Homo sapiens | MRP3 | NVADIGFHDV | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | 1 |
| -22 | Homo sapiens | Melan-A/Mart-1 | EAAGIGILTV | ++++ | ++++ | +++ | + | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 5 |
| Viral | ||||||||||||||||||||||
| -23 | Herpes simplex virus | Capsid protein P40 | RQAGIAGHTY | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 1 |
| -24 | Little cherry closterovirus | MT and HEL domains |
RVSNIAIATG | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | 2 |
| -25 | Pseudorabies virus | Glycoprotein GIII | VIAGIGILAI | ++++ | ++ | +++ | + | ++ | ++ | + | ++ | − | − | − | − | − | − | − | − | − | +++ | 9 |
| -26 | Pseudorabies virus | Glycoprotein C | VIAGIAILAI | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | 2 |
| -27 | Human rotavirus | Outer capsid protein VP4 |
RLSGIYGLPA | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | 1 |
| -28 | Human rotavirus | Outer capsid protein VP4 |
RMSGIYGLPA | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | 2 |
| -29 | Canine calicivirus | Capsid protein | NTTDIGIHVV | − | − | ++ | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | + | 3 |
| -30 | Variola virus | (XHOI-F, O, H, P, Q) Genes |
MIAGIGISLI | ++++ | ++ | +++ | + | +++ | − | + | ++ | − | − | − | − | − | − | +++ | ++ | + | ++++ | 11 |
| -31 | Bovine herpesvirus type 1 | Capsid protein P40 | REAGIAGHTY | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | + | 2 |
| -32 | Bovine herpesvirus type 2 | DNA-dependent DNA polymerase | RLAGIGLTRA | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | + | + | − | + | 5 |
| -33 | Vaccinia virus | Protein A49 | RIADIDIKQV | ++ | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | + | 3 |
| -35 | Tobacco necrosis virus | RNA-directed RNA polymerase | RYSGIGGHLL | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | 2 |
| -37 | Puma lentivirus 14 | GAG polyprotein | RITGICFHFG | ++ | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 1 |
| -38 | Murine cytomegalovirus | Helicase/primase complex protein | RLAGILDHTL | + | − | ++ | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 2 |
| -39 | Human cytomegalovirus | Hypothetical protein HVLF2 |
RIAGLLLFQI | ++ | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 1 |
| -40 | Mumps virus | Fusion glycoprotein | RFAGIAIGIA | ++ | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 1 |
| -41 | Human parainfluenza virus 1 | L protein | RVRGIGIPEV | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 1 |
| -42 | SINP virus | Hypothetical 36.5 kD protein |
CTSIIGIFPV | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | +++ | − | − | 1 |
| -45 | TT virus | Hypothetical 15.9 kD protein |
RAPSIGILPA | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 1 |
| -46 | Human adenovirus type 12 | DNA terminal protein |
RQADIPLPPL | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 1 |
| -47 | Nilaparvata lugens reovirus | 23.6 kD putative nonstructural protein |
NFAGIAILFI | ++ | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | 2 |
| Bacterial | ||||||||||||||||||||||
| -48 | Chlorobium tepidum | Hypothetical 22.8 kD protein |
RLSGHGIHPV | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 1 |
| -49 | Bacillus subtilis | YKOR | RVASIGLHPS | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 1 |
| -52 | Bacillus subtilis | Hypothetical 48.9 kD protein |
LLAGLAIFPA | − | − | ++ | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | +++ | − | − | − | 2 |
| -53 | Rickettsia prowazekii | Cell division protein FTSK homolog | RLSLIGLFPI | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | ++ | − | − | 1 |
| -54 | Propionigenium modestum | ATP synthase beta chain |
RIASLGIYPA | ++ | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 1 |
| -55 | Aeromonas salmonicida | EPSP synthase | RVTGIGKHSI | + | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 2 |
| -56 | Chlamydia trachomatis | Arginine/ornithine antiporter | MLSGIGIFFI | ++++ | − | +++ | ++ | − | ++++ | ++++ | ++++ | + | + | − | − | − | − | ++++ | ++++ | ++ | − | 11 |
| -57 | Nostoc punctiforme | Carboxyl terminal protease | TRANIAIHPV | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 1 |
| -58 | Streptomyces coelicolor | Putative secreted protein | VLSSIGIFPI | + | ++ | + | − | − | − | ++ | +++ | − | − | +++ | − | − | − | − | ++++ | + | − | 8 |
| -60 | Synechococcus sp. | REPA | RVTGIGLLTG | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 1 |
| -62 | Bacillus pumilus | Anthranilate synthase component I | LVAGIAIGPF | ++ | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 1 |
| -63 | Salmonella typhimurium | LTKB homolog | RIADIPIFII | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 1 |
| -64 | Burkholderia cepacia | Hypothetical 23.3 kD protein |
SIADIAIYPW | +++ | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | 3 |
| -65 | Aquifex geolicus | ATP synthase beta chain |
RLAELGIYPA | − | − | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 1 |
| -68 | E. coli | ATP-dependent protease LA | VIADLDIHPV | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | 1 |
| -69 | Azospirillum brasiliense | Glutamate synthase (NADPH) large chain | RISGIGLNGI | + | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | − | − | − | 2 |
| -70 | Rhizobium meliloti | RHSC protein | LIAGHGIHPC | ++ | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | + | 2 |
| -71 | Rhizobium sp. | Y4FN probable ABC transporter permease | RSAFIGIDPA | +++ | − | ++ | ++ | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | +++ | 4 |
| -72 | E. coli | K(+)/H(+) antiporter |
LLAGIAIGPW | +++ | − | + | ++ | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | +++ | 4 |
a
Number of clones recognizing the indicated peptide.
b
Peptide recognition was assessed in a CTL assay in the presence of 1 mM of the indicated peptide. + > 10% specific lysis, ++ > 20% specific lysis, +++ > 40% specific lysis, ++++ > 60% specific lysis.