Table 2.
Likelihood ratio tests for PAML site models
| Model | Parameters | lnL | 2ΔlnL (LRT) | |
| M0 | ω = 1.2934 | -1632.9385 | Na | |
| M1a | p0 = 0.38665 | -1614.8048 | M1a vs. M2a | |
| p1 = 0.61335 | 27.2618 | |||
| ω0 = 0.00000 | ||||
| ω1 = 1.00000 | (p = 1.2027E-06) | |||
| M2a | p0 = 0.40009 | -1601.1739 | ||
| p1 = 0.18886 | ||||
| p2 = 0.41105 | ||||
| ω0 = 0.00000 | ||||
| ω1 = 1.00000 | ||||
| ω2 = 3.09729 | ||||
| M7 | p = 0.00750 | -1614.8327 | M7vs M8 | M8a vs. M8 |
| q = 0.00500 | ||||
| M8 | p0 = 0.51176 | -1601.3690 | 26.9274 | 26.8716 |
| p1 = 0.48824 | (p = 1.4216E-06) | (p = 2.1743E-07) | ||
| p = 0.19739 | ||||
| q = 1.36510 | ||||
| ω = 2.88352 | ||||
| M8a | p0 = 0.38665 | -1614.8048 | ||
| p1 = 0.61335 | ||||
| p = 0.00500 | ||||
| q = 69.77288 | ||||
| ω = 1.00000 | ||||