Table 3.
Summary of All Examples of R264K or L268M and Their Associated Amino Acid Changes in the Immediate Region of the gag HLA-B2705–restricted Epitope Seen in 529 gag Sequences from the Los Alamos Database (Reference 20)
| Virus | Clade | Origin | 260 | 264 | 268 | 272 | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Consensus | B | G | E | I | Y | K | R | W | I | I | L | G | L | N | K | I | V | R | |
| WEAU 160 | |||||||||||||||||||
| AF069140a | B | USA | − | − | − | − | − | − | − | − | − | M | − | − | − | − | − | − | − |
| GA18 | B | Spain | − | − | − | − | − | − | − | − | − | M | − | − | − | − | − | − | K |
| CI51 | A | Ivory Coast | − | − | − | − | − | K | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| LBV2-3 | A | Gabon | − | D | − | − | R | K | − | − | − | − | − | − | |||||
| AF110979b, | C | Botswana | − | D | − | − | − | − | − | − | S | M | − | − | − | − | − | − | − |
| G109 | D | Gabon | − | − | − | − | − | K | − | − | − | M | − | − | − | − | − | − | − |
| Consensus | O | − | D | − | − | R | − | − | − | V | − | − | − | − | − | M | − | K | |
| ANT70Cc | O | Cameroon | − | D | − | − | R | K | − | − | V | − | − | − | − | − | M | − | K |
| CA9 | O | Cameroon | − | D | − | − | R | K | − | − | V | F | − | − | − | − | L | − | K |
| BCF02B | O | Cameroon | − | − | − | − | W | K | − | − | V | − | − | − | − | − | L | − | K |
| AF009015d, | U | Cameroon | − | D | − | − | R | K | − | − | V | − | − | − | M | − | |||
| AF009019 | U | Cameroon | − | D | − | − | S | K | − | − | V | − | − | − | Q | M | − | N | |
| AF009016e, | U | Cameroon | − | D | − | − | R | K | − | − | V | − | − | − | − | L | − | K | |
| AF006857 | U | Uganda | − | ? | − | − | R | K | − | − | − | − | − | ? | − | − | − | − | − |
| AF006924 | U | Uganda | − | D | − | − | − | K | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| HIV90CF402 | AE | Thailand | − | − | − | − | − | K | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| VI354 | AG | Gabon | − | K | − | − | − | K | * | − | − | − | − | − | − | − | − | − | − |
| HIV224190 | B/E | Thailand | − | D | − | − | − | Q | − | − | − | M | − | − | − | − | − | − | − |
| HIV224194 | B/E | Thailand | − | − | − | − | − | − | − | − | M | − | − | − | − | − | − | − | |
| HIV224196 | B/E | Thailand | − | D | − | − | − | − | − | − | − | M | − | − | − | − | − | − | − |
*, stop codon; other sequences have stop codon at 793 (e.g., accession no. L11970/U43172) and other pseudogenes have been excluded from the analysis. U, untyped. Identical sequences, in this region, are seen in the following viruses: aPH136, from the Philippines and BZ190 from Brazil, bAF110980 and 110981 from Botswana, cMVP5180, BCF01B, BCF03B, BCF07B, BCF08B, BCF06B,BCF11B, AF001966, AF001967, and AF001969 from Cameroon, AF001970, AF001971, AF001972, and AF001973, from Equatorial Guinea, and VI686 from Gabon, dAF009018 from Cameroon, and eAF009024 from Cameroon.