Table 2.
Nucleotide | 3ACPM2-23 | 4ACPM1-2 | 4ACPM1-3 | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
B2 | G6 | D9 | G3 | C6 | D5 | F1 | ||||||||
Vector | ||||||||||||||
1 | ||||||||||||||
3′ of Promoter | ||||||||||||||
113 | GTC→ GGC | |||||||||||||
116 | CTC→ CAC | |||||||||||||
Leader intron | ||||||||||||||
186 | TAA→ TCA | |||||||||||||
202 | GGT→ GCT | |||||||||||||
209 | ATT→ AAT | |||||||||||||
Dros. intron | ||||||||||||||
247 | TAG→ TTG | |||||||||||||
249 | CA→ CCA | |||||||||||||
263 | TGT→ TCT | |||||||||||||
276 | start Δ | TGT→ TAT | ||||||||||||
306 | Δ | CAT→ CGT | ||||||||||||
324 | Δ | TAC→ TCC | ||||||||||||
367 | Δ | |||||||||||||
369 | Δ | CAC→ CTC | ||||||||||||
375 | Δ | AAC→ AGC | AAC→ AGC | |||||||||||
391 | Δ | GTA→ GAA | ||||||||||||
400 | Δ | ATG→ AGG | ||||||||||||
414 | Δ | GAA→ GCA | ||||||||||||
417 | Δ | TAT→ TGT | ||||||||||||
427 | Δ | AAG→ AGG | ||||||||||||
428 | Δ | AGT→ AAT | ||||||||||||
431 | Δ | TAT→ TTT | ||||||||||||
436 | Δ | CTT→ CAT | ||||||||||||
441 | Δ | AGT→ ACT | ||||||||||||
466 | Δ | CA→ CCA | ||||||||||||
472 | Δ | AGC→ AAC | ||||||||||||
479 | Δ | GAT→ GGT | ||||||||||||
489 | Δ | AAA→ ACA | ||||||||||||
509 | Δ | AAT→ ATT | ||||||||||||
519 | Δ | start Δ | ||||||||||||
520 | Δ | TAA→ TGA | Δ | |||||||||||
531 | Δ | TAA→ TTA | Δ | |||||||||||
565 | Δ | GAT→ GGT | Δ | |||||||||||
576 | Δ | AGT→ AAT | Δ | |||||||||||
579 | Δ | AAT→ ACT | Δ | |||||||||||
583 | Δ | TAC→ TGC | Δ | |||||||||||
592 | Δ | TAT→ TTT | Δ | |||||||||||
595 | Δ | GTA→ GCA | Δ | |||||||||||
613 | Δ | TAT→ TCT | Δ | |||||||||||
634 | Δ | TAC→ TTC | Δ | |||||||||||
638 | Δ | TAA→ TGA | Δ | |||||||||||
646 | Δ | TAC→ TCC | Δ | |||||||||||
Nucleotide | 3ACPM2-23 | 4ACPM1-2 | 4ACPM1-3 | |||||||||||
B2 | G6 | D9 | G3 | C6 | D5 | F1 | ||||||||
701 | Δ | TAT→ TTT | Δ | |||||||||||
703 | Δ | TAG→ TGG | Δ | |||||||||||
705 | Δ | GCA→ GTA | Δ | |||||||||||
706 | end Δ | Δ | ||||||||||||
712 | AGC→ AAC | Δ | ||||||||||||
715 | AAT→ AGT | Δ | ||||||||||||
721 | AGC→ ATC | Δ | ||||||||||||
726 | TTC→ TGC | Δ | ||||||||||||
734 | TTA→ TAA | Δ | ||||||||||||
735 | TAT→ TTT | Δ | ||||||||||||
751 | TAA→ TGA | Δ | ||||||||||||
756 | AAG→ AGG | Δ | ||||||||||||
763 | TTA→ TAA | Δ | ||||||||||||
773 | GCC→ GTC | Δ | ||||||||||||
776 | AAG→ AGG | Δ | ||||||||||||
794 | TTT→ TCT | Δ | ||||||||||||
826 | CGT→ CTT | Δ | ||||||||||||
845 | CGT→ CAT | Δ | ||||||||||||
855 | AAT→ ATT | Δ | ||||||||||||
857 | TTT→ TCT | Δ | ||||||||||||
860 | TAT→ TTT | TAT→ TGT | Δ | |||||||||||
868 | AAG→ AGG | Δ | ||||||||||||
869 | end Δ | |||||||||||||
905 | TAT→ TGT | TAT→ TGT | ||||||||||||
926 | GGT→ GAT | |||||||||||||
951 and 952 | ACC→ ATT | |||||||||||||
954 | CCT→ CAT | |||||||||||||
956 | TAA→ TCA | |||||||||||||
968 | AAT→ ATT | |||||||||||||
Leader intron | ||||||||||||||
977 | AAG→ AGG | AAG→ AGG | ||||||||||||
983 | AAT→ ACT | |||||||||||||
1006 | TCC→ TAC | |||||||||||||
FW 1 | ||||||||||||||
1068 | AGC→ ACC | |||||||||||||
1079 | GGC→ GAC | |||||||||||||
1110 | GCT→ GTT | |||||||||||||
1114 | CTG→ CAG | |||||||||||||
1119 | TAT→ TTT | |||||||||||||
CDR 1 | ||||||||||||||
1132 | GCT→ GTT | |||||||||||||
1139 | TAT→ TTT | TAT→ TGT | ||||||||||||
1141 | TAA→ TCA | TAA→ TGA | ||||||||||||
FW2 | ||||||||||||||
1152 | AAA→ AGA | |||||||||||||
1183 | TTG→ TAG | |||||||||||||
Nucleotide | 3ACPM2-23 | 4ACPM1-2 | 4ACPM1-3 | |||||||||||
B2 | G6 | D9 | G3 | C6 | D5 | F1 | ||||||||
CDR2 | ||||||||||||||
1190 | TAT→ TTT | |||||||||||||
1203 | AAT→ AGT | |||||||||||||
1204 | ATG→ AAG | |||||||||||||
1210 | ATA→ ACA | |||||||||||||
1212 | ACT→ ATT | ACT→ ATT | ACT→ ATT | |||||||||||
1215 | AAG→ ACG | |||||||||||||
1216 | AGT→ ACT | |||||||||||||
FW3 | ||||||||||||||
1246 | CAC→ CTC | |||||||||||||
1255 | TAG→ TCG | |||||||||||||
CDR3 | ||||||||||||||
1357 | ACT→ ATT | |||||||||||||
1368 | TAC→ TCC | |||||||||||||
JH2-JH3 | ||||||||||||||
Intron | ||||||||||||||
1479 | TAT→ TTT | |||||||||||||
1595 | TTA→ TCA | |||||||||||||
1597 | ATA→ ACA | |||||||||||||
1694 |
The left hand column lists the nucleotide positions observed to be somatically mutated in the enlarged leader intron hybrid loci. Nucleotide 1 is 148 nucleotides 5′ of the initiation codon in the VH leader exon. The sequenced region ends 199 bases 3′ of the VDJ. Various subregions of the hybrid loci are labeled at the beginning of each subregion. The mutations observed in each of the seven hybrid loci are shown below the hybridoma names. In each case the germline nucleotide triplet (or doublet in the case of the insertion mutations) is shown, as is the mutant nucleotide triplet, with the mutant base underlined. The beginning and end of the large continuous deletions present in two of the hybrid loci are indicated by “start Δ” and “end Δ” with all intervening nucleotide positions listed also indicated by “Δ”.