Table 1.
Hyperarcs of the logical model
| -> c-Met |
| -> HGF |
| -> H. pylori |
| -> PIP2 |
| -> PTEN |
| ATF2 -> |
| α-catenin/β-catenin/E-cadherin -> |
| Calpain -> |
| c-Myc -> |
| Elk1 -> |
| ETS1 -> |
| NF-κB -> |
| Talin -> |
| c-Jun -> |
| STAT3 -> |
| 01.) HGF·c-Met -> HGF/c-Met |
| 02.) HGF/c-Met -> Gab1 |
| 03.) Gab1 -> SHP2 |
| 04.) HGF/c-Met -> SHP2 |
| 05.) HGF/c-Met -> Grb2 |
| 06.) Gab1 -> PI3K |
| 07.) HGF/c-Met -> c-Cbl |
| 08.) c-Cbl -> PI3K |
| 09.) Gab1 -> Crk/CrkL |
| 10.) HGF/c-Met -> Shc1 |
| 11.) Shc1 -> Grb2 |
| 12.) c-Cbl -> Crk/CrkL |
| 13.) Crk/CrkL -> DOCK180 |
| 14.) DOCK180 -> Rac1 |
| 15.) RAC1 -> STAT3 |
| 16.) HGF/c-Met -> STAT3 |
| 17.) PI3K -> ILK |
| 18.) !PTEN·PI3K·PIP2 -> PIP3 |
| 19.) PIP3 -> PDK1 |
| 20.) PDK1·ILK -> AKT1 |
| 21.) AKT1 -> RAC1 |
| 22.) AKT1 -> PAK1 |
| 23.) Rac1 -> PAK1 |
| 24.) Rac1·Calmodulin -> IQGAP-1 |
| 25.) PAK1 -> MKK4 |
| 26.) MKK4 -> JNK |
| 27.) JNK -> c-JUN |
| 28.) JNK -> ELK1 |
| 29.) JNK -> ATF2 |
| 30.) PAK1 -> IKK |
| 31.) !IKK -> IκBα |
| 32.) !IκBα -> NF-κB |
| 33.) !SHP2·Gab1 -> RasGAP |
| 34.) Grb2 -> SOS1 |
| 35.) !RasGAP·SOS1 -> Ras |
| 36.) Ras -> Raf1 |
| 37.) Raf1 -> MEK |
| 38.) MEK -> ERK1/2 |
| 39.) ERK1/2 -> ELK1 |
| 40.) ERK1/2 -> c-Myc |
| 41.) ERK1/2 -> ETS |
| 42.) Gab1 -> PLCγ1 |
| 43.) PLCγ1·PIP2 -> IP3 |
| 44.) PLCγ1·PIP2 -> DAG |
| 45.) IP3 -> Ca2+ |
| 46.) DAG·Ca2+ -> PKCα |
| 47.) PKCα -> Raf1 |
| 48.) Ca2+ -> Calmodulin |
| 49.) !IQGAP-1 -> α-catenin/β-catenin/E-cadherin |
| 50.) c-SRC·FYN·H. pylori -> CagA |
| 51.) !H. pylori -> CSK |
| 52.) CagA -> CSK |
| 53.) !CSK -> c-SRC |
| 54.) !CSK -> FYN |
| 55.) CagA -> Crk/CrkL |
| 56.) CagA -> SHP2 |
| 57.) !SHP2 -> FAK |
| 58.) FAK -> PIPKIγ661 |
| 59.) PIPKIγ661 -> Talin |
| 60.) FAK·ERK1/2 -> Calpain 2 |
| 61.) CagA·c-Met -> CagA/c-Met |
| 62.) CagA/c-Met -> PLCγ1 |
Exclamation mark denotes a logical NOT and dots within the equation indicate AND operations.