Table 3.

Details for PWM and SiteGA models of TFBS recognition

	General parameters		Specific parameters
TF type	No. of training sequences	Window length, nt	PWM Type of matrix1	SiteGA Number of LPDs
E2F	40	38	DI	60
HNF4	29	17	DI	140
IRF1	28	33	DI	38
ISGF3	27	34	DI	36
NF-κB	43	30	DI	150
PPAR	37	25	DI	90
SF-1	53	30	DI	90
SREBP	37	18	MONO	110
STAT1	32	20	DI	150

¹ – DI – dinucleotide PWM, MONO – mononucleotide PWM.