Skip to main content
. 2008 Feb 4;9:13. doi: 10.1186/1471-2156-9-13

Table 2.

Allele frequencies of the polymorphisms associated with the metabolic disorders of diabetes, hypertension, and atherosclerosis.

Diabetes Hypertension Atherosclerosis
Gene Name: PTPN22 CAPN10 TCF7L2 CYP3A5 AGT GNB3 ALOX5 ALOX5 ALOX5 ALOX5
Nucleotide Change: g.36677C>T g.4834T>C g.98386G>T g.6980G>A g.802C>T g.4423C>T MS (5'-GGGCGG-3' starting at -145) g.20C>T g.8322G>A g.50778G>A
n °N T C T A T T 3 4 5 6 7 8 T A A
Mother Tongue
Assamese 26 26.00 0.000 0.220 0.280 0.220 0.400 0.280 0.000 0.160 0.800 0.040 0.000 0.000 0.140 0.000 0.020
Bengali 27 23.00 0.017 0.224 0.138 0.207 0.414 0.293 0.000 0.276 0.655 0.069 0.000 0.000 0.276 0.017 0.000
Gujarati 181 23.00 0.000 0.167 0.167 0.313 0.229 0.396 0.000 0.167 0.792 0.042 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000
Hindi 29 30.30 0.012 0.209 0.244 0.221 0.395 0.279 0.000 0.186 0.767 0.047 0.000 0.000 0.186 0.012 0.000
Kannada 24 15.00 0.000 0.268 0.214 0.339 0.339 0.411 0.000 0.179 0.732 0.089 0.000 0.000 0.179 0.036 0.000
Kashmiri 24 32.44 0.000 0.320 0.480 0.080 0.480 0.420 0.000 0.180 0.800 0.020 0.000 0.000 0.160 0.020 0.000
Konkani 43 15.00 0.000 0.115 0.192 0.346 0.308 0.288 0.000 0.080 0.860 0.060 0.000 0.000 0.096 0.058 0.000
Malayalam 25 10.00 0.000 0.130 0.222 0.333 0.426 0.315 0.000 0.148 0.759 0.093 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000
Marathi 26 20.00 0.000 0.278 0.315 0.481 0.333 0.259 0.000 0.111 0.778 0.111 0.000 0.000 0.111 0.000 0.000
Marwari 25 27.00 0.006 0.265 0.243 0.265 0.423 0.296 0.008 0.186 0.758 0.044 0.000 0.003 0.193 0.019 0.003
Oriya 27 20.00 0.019 0.192 0.231 0.250 0.308 0.346 0.000 0.231 0.692 0.077 0.000 0.000 0.231 0.000 0.000
Parsi 25 19.00 0.020 0.280 0.180 0.240 0.320 0.440 0.000 0.240 0.660 0.100 0.000 0.000 0.240 0.020 0.000
Punjabi 28 30.40 0.017 0.155 0.241 0.259 0.379 0.345 0.034 0.259 0.690 0.017 0.000 0.000 0.241 0.000 0.017
Tamil 29 11.00 0.018 0.161 0.321 0.143 0.429 0.393 0.018 0.232 0.714 0.036 0.000 0.000 0.232 0.054 0.018
Telugu 28 16.00 0.000 0.229 0.271 0.167 0.354 0.229 0.000 0.229 0.688 0.063 0.021 0.000 0.229 0.000 0.000
FST 0.016 0.008 0.002 0 0.011 0.010 0.006 0.013 0.009 0.013
p-value 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Gender
Female 237 0.002 0.241 0.241 0.295 0.390 0.316 0.008 0.191 0.733 0.066 0.002 0 0.192 0.017 0.006
Male 339 0.013 0.224 0.254 0.236 0.385 0.320 0.004 0.192 0.753 0.049 0 0.001 0.193 0.016 0.003
FST 0 0.041 0.046 0 0.052 0.052 0 0.052 0.052 0.037
p-value 1 0.839 0.830 1 0.820 0.820 1 0.819 0.820 0.847
Population
Cohort 576 0.009 0.231 0.248 0.260 0.387 0.319 0.006 0.192 0.745 0.056 0.001 0.001 0.193 0.016 0.004
Standard Error 0.002 0.016 0.021 0.025 0.017 0.017 0.003 0.014 0.015 0.007 0.001 1.85 × 10-4 0.013 0.005 0.002
HWE Constant 4.98 × 10-5 0.003 0.001 0.013 0.004 0.001 0.009 0.016 2.50 × 10-4 1.94 × 10-5
p-value 1 0.720 1 0.100 0.658 1 0.213 0.014 1 1
Welch modified t-test:
Africa 5.57 × 10-9 8.44 × 10-3 4.55 × 10-10 0.151 0.172
Europe 7.16 × 10-6 0.003 0.790 3.19 × 10-4 1.57 × 10-4 0.036 0.724 0.067
Middle East 1.94 × 10-9 0.007
Central/South Asia 0.006 4.65 × 10-5 1.16 × 10-6 4.89 × 10-14 0.432 1.37 × 10-7 0.007
East Asia 4.64 × 10-10 1.19 × 10-9
Americas 0.029 1.18 × 10-5 1.56 × 10-5 0.136
Oceania 1.17 × 10-8 0.002

P-values significant at <0.05 are shown in bold.

°N = degrees of latitude north of the equator.