Skip to main content
. 2008 Jan 28;9:63. doi: 10.1186/1471-2105-9-63

Table 6.

Top Scoring 6-mer and 7-mer miRNA seeds identified in normalized 3'UTRs. Top 1% and 5% Gene Sets.

Rank Seed Fisher's exact p-value Hochberg adj p-value ER+ Randomiz. test p-val ER- Randomiz. test p-val Seed Fisher's exact p-value Hochberg adj p-value ER+ Randomiz. test p-val ER- Randomiz. test p-val
Top 1% 6-mer Top 1% 7-mer

1 ATCTGG 0.0002 0.0547 0.000 0.018 CACTGCC 0.0011 0.4099 0.008 0.003
2 GGTACT 0.0005 0.1811 0.018 0.001 ACTATTA 0.0012 0.4328 0.000 0.019
3 AGCACA 0.0015 0.5048 0.005 0.004 TCTAGAG 0.0079 1.0000 0.021 0.006
4 CACTTT 0.0017 0.5921 0.001 0.029 ATTACAT 0.0113 1.0000 0.012 0.042
5 ACTGCC 0.0019 0.6339 0.004 0.028 GTCAACC 0.0146 1.0000 0.028 0.007
6 CTATTA 0.0025 0.8495 0.007 0.025 TGTATTA 0.0175 1.0000 0.052 0.022
7 AGTTTT 0.0035 1.0000 0.086 0.006 TGGTACT 0.0214 1.0000 0.007 0.117
8 GACACA 0.0059 1.0000 0.076 0.006 AAAGGGA 0.0228 1.0000 0.294 0.000
9 AGTCCA 0.0070 1.0000 0.027 0.006 AAGCACA 0.0273 1.0000 0.012 0.049
10 AGAGTT 0.0076 1.0000 0.218 0.001 GTGTTGA 0.0279 1.0000 0.462 0.000

Top 5% 6-mer Top 5% 7-mer

1 ATTATA 0.0000 0.0004 0.000 0.004 TGCCTTA 0.0000 0.0056 0.000 0.000
2 GCCTTA 0.0000 0.0031 0.000 0.002 ATATGCA 0.0000 0.0126 0.000 0.001
3 TGTTAA 0.0000 0.0038 0.000 0.000 TAATAAT 0.0003 0.1053 0.002 0.000
4 TTATAT 0.0000 0.0040 0.000 0.039 GATTTTT 0.0004 0.1569 0.000 0.008
5 TGAAGG 0.0000 0.0052 0.000 0.021 GTTATAT 0.0006 0.2226 0.000 0.004
6 TAAGCT 0.0000 0.0064 0.000 0.000 CCAACTC 0.0010 0.3524 0.015 0.000
7 ACTTCA 0.0000 0.0095 0.000 0.000 AATGCAT 0.0013 0.4888 0.000 0.008
8 ATTTCA 0.0000 0.0141 0.000 0.008 TCTGATA 0.0014 0.5104 0.140 0.000
9 CATTTG 0.0000 0.0150 0.000 0.014 ATTACAT 0.0014 0.5142 0.001 0.002
10 AGTATT 0.0001 0.0197 0.000 0.062 TCTGATC 0.0014 0.5186 0.000 0.107