Table 3.

Analyzed introns and observed branch points

Gene	Intron	Intron size (bp)	Predicted BPa	BPS Scorea	Observed BP	Number of clones	Misincorporated nucleotide	Intronic sequence from BPS position −5 to the 3′ end of an intronb
ACTB	3	441	−24A	3.10	−30A	10	–	TCCCCAGTGTGACATGGTGTATCTCTGCCTTACAG
ALOD	8	984	−24A	3.05	−26T	2	–	TGTCTTAATGTTGTTACCCTGACCCCAACAG
					−25A	2	T	GTCTTAATGTTGTTACCCTGACCCCAACAG
					−5A	1	–	ACCCCAACAG
CCT3	4	1069	−21A	3.30	−32A	3	–	TGAATAGTGTGAATTCACTAGTGATCTACC TTTTTAG
					−30T	1	–	AATAGTGTGAATTCACTAGTGATCTACCTTTTTAG
					−21A	2	T	AATTCACTAGTGATCTACCTTTTTAG
CCT3	11	845	−44A	2.95	−24A	6	T	GCTTCATACTGTCTGTTTGCTTCTCCAAG
					−10C	1	–	GTTTGCTTCTCCAAG
EEF1A1	2	366	−24A	2.80	−28A	2	T	TAGTAACCAAGTAACGACTCTTAATCCTTACAG
					−19C	1	–	AGTAACGACTCTTAATCCTTACAG
EEF1A1	1	943	−33A	3.25	−23A	10	T	GGTTCAAAGTTTTTTTCTTCCATTTCAG
ENO1	2	2837	−33A	3.25	−27T	6	–	ATTGCTACTACATCTTTTTTCCTCTCATCCAG
					−25C	2	T	TGCTACTACATCTTTTTTCCTCTCATCCAG
ENO1	4	2394	−21A	3.45	−21A	10	T	CCCTCATTCTCCCCTCTCCCTCGTAG
ENO1	5	737	−32A	3.20	−27A	6	T	ACTTCATTCCACTCGGTTCTCTTCTGTTCTAG
					−24C	1	–	TCATTCCACTCGGTTCTCTTCTGTTCTAG
ENO1	6	615	−36A	2.85	−30T	2	G	CCCAGTGCCATGCTTCTCTGCTCTGCTCTCCCCAG
					−27C	3	A	AGTGCCATGCTTCTCTGCTCTGCTCTCCCCAG
					−26A	3	–	GTGCCATGCTTCTCTGCTCTGCTCTCCCCAG
ENO1	7	796	−25A	3.05	−38A	3	T	TACCTACCTGTTTTCCAAACCTGTTGTCACCATC TCTTCCCAG
					−28C	1	–	TTTTCCAAACCTGTTGTCACCATCTCTTCCCAG
					−27A	2	T	TTTCCAAACCTGTTGTCACCATCTCTTCCCAG
					−26A	2	T	TTCCAAACCTGTTGTCACCATCTCTTCCCAG
ENO1	9	547	−30A	2.70	−5T	2	A	TGGCTTCCAG
ENO1	11	1457	−26A	2.95	−48T	4	–	AGGTCTGACTTTTCTTTTTTCCTCCCCATCTCTTTACC TTTCTCCTTCCCAAG
					−47G	2	–	GGTCTGACTTTTCTTTTTTCCTCCCCATCTCTTT ACCTTTCTCCTTCCCAAG
					−46A	3	T	GTCTGACTTTTCTTTTTTCCTCCCCATCTCTTTACC TTTCTCCTTCCCAAG
G22P1	1	6031	−28A	2.90	−30A	2	–	AGGACAAACATTTTCTTCCATTTTTTTCCCCATAG
					−28A	4	T	GACAAACATTTTCTTCCATTTTTTTCCCCATAG
G22P1	8	3212	−26A	2.50	−31A	2	–	AAGTCAAATCAAAGAAAATTTATCTCCTTTCTTCAG
					−26A	1	T	AAATCAAAGAAAATTTATCTCCTTTCTTCAG
					−25A	1	T	AATCAAAGAAAATTTATCTCCTTTCTTCAG
G22P1	10	2978	−33A	3.60	−33A	10	–	GACTCACCAGGCCACTCTTCTGTGTTTTGATTT TCTAG
GAPDH	2	1633	−26A	3.35	−6T	10	–	TTGTCTCTTAG
HSPA8	1	734	−39A	3.15	−23A	1	T	TTTTAAACCAGATTTTTCTTTTTTTCAG
					−19A	1	–	AAACCAGATTTTTCTTTTTTTCAG
					−17A	1	C	ACCAGATTTTTCTTTTTTTCAG
HSPCB	6	448	−18A	3.15	−22A	6	T	GTACCACTTATTTTTGGTTTCTTTCAG
					−23C	1	–	TGTACCACTTATTTTTGGTTTCTTTCAG
HSPCB	10	777	−22A	3.20	−24T	1	–	CAATCTAAGGCTTTTGTGATCGTCCACAG
					−22A	2	T	ATCTAAGGCTTTTGTGATCGTCCACAG
HSPCB	1	1434	−22A	2.75	−18A	1	T	AATTAATGAGATTTTTATTTTAG
LDHB	2	7526	−22A	3.35	−24T	4	–	GGTTCTAATGCCTGTTTTTGCGTTTACAG
					−23A	1	T	GTTCTAATGCCTGTTTTTGCGTTTACAG
					−22A	6	T	TTCTAATGCCTGTTTTTGCGTTTACAG
PGK1	1	5461	−28A	3.00	−29G	2	–	AAGTTGATCATGGTCTTGCATCTTTCTTTTTTAG
					−28A	4	T	AGTTGATCATGGTCTTGCATCTTTCTTTTTTAG
PGK1	2	3826	−35A	3.00	−26T	4	–	CATTCTGTTTGTTGTCTCTCTTTGGTTGCAG
PGK1	4	3151	−29A	3.35	−33C	1	–	GGAGCCATCACATTTTCTGTTTTTGTTTTTCTCTA TAG
					−29A	5	T	CCATCACATTTTCTGTTTTTGTTTTTCTCTATAG
PGK1	5	635	−32A	3.40	−29A	1	T	TGACTAGAATCTGAATGTCTTTGATCTTTTCTAG
					−22G	7	–	AATCTGAATGTCTTTGATCTTTTCTAG
					−21A	2	T	ATCTGAATGTCTTTGATCTTTTCTAG
PGK1	6	4664	−27A	3.15	−28A	1	T	TCTTTAAGTGATGATTCTTGCTTTCTCTTGTAG
					−23A	8	T	AAGTGATGATTCTTGCTTTCTCTTGTAG
PGK1	8	1499	−27A	3.20	−27A	10	T	AGCTCATCTTCTCTTTCACCTCTACCCCTCAG
PGK1	10	364	−35A	2.75	−36A	10	–	ATAGTAATGCTGTCTATGTATGTGTGCTCTCTC AAAAACAG
PKM2	2	1443	−39A	3.05	−31A	2	T	AATTAATACTTGTGGCTTTAAAACTTTTCCTAATAG
					−29A	1	T	TTAATACTTGTGGCTTTAAAACTTTTCCTAATAG
					−25G	1	C	TACTTGTGGCTTTAAAACTTTTCCTAATAG
					−23G	1	C	CTTGTGGCTTTAAAACTTTTCCTAATAG
PKM2	3	6930	−21A	2.75	−25T	3	–	ACGCTTGTCATCTTCCTTCTTTTCCCCCAG
					−21A	4	T	TTGTCATCTTCCTTCTTTTCCCCCAG
PKM2	4	487	−26A	2.85	−38T	1	–	TGGTGTCTCCAGTTTGGACTCTTGCTTACTCTCTTGT CCCTAG
					−33A	1	T	TCTCCAGTTTGGACTCTTGCTTACTCTCTTGTCC CTAG
					−23C	1	–	GGACTCTTGCTTACTCTCTTGTCCCTAG
					−16A	1	T	TGCTTACTCTCTTGTCCCTAG
					−8G	1	–	CTCTTGTCCCTAG
					−5C	1	–	TTGTCCCTAG
PKM2	5	781	na	na	−32T	1	–	CGTGCTCTGCCTCCCCTACTTACCCTTTTTCATACAG
					−31C	1	–	GTGCTCTGCCTCCCCTACTTACCCTTTTTCATACAG
					−28C	3	–	CTCTGCCTCCCCTACTTACCCTTTTTCATACAG
					−20A	1	T	CCCCTACTTACCCTTTTTCATACAG
					−18T	1	A	CCTACTTACCCTTTTTCATACAG
					−16A	2	T	TACTTACCCTTTTTCATACAG
PKM2	6	1343	−29A	3.10	−39G	1	C	CCTCTGTTCTATATAACCTCTCTCCCCCCAACTTTG TCCATCAG
					−34A	6	T	GTTCTATATAACCTCTCTCCCCCCAACTTTG TCCATCAG
					−32A	2	T	TCTATATAACCTCTCTCCCCCCAACTTTGTCCATCAG
PKM2	8	4107	na	na	−65T	2	–	CCTTTTGTGACAAAGCTCTGACAAAGCTCTGTCCC CCTCTCGTCCCTCTGGACGGATGTTGCTCCCCTAG
					−52T	1	–	AGCTCTGACAAAGCTCTGTCCCCCTCTCGTCCCTC TGGACGGATGTTGCTCCCCTAG
					−50A	5	T	CTCTGACAAAGCTCTGTCCCCCTCTCGTCCCTCTGGA CGGATGTTGCTCCCCTAG
PKM2	10	717	−25A	3.75	−27T	1	–	TTTACTCACCAACCTCCCTTCTCTTCCTCCAG
					−26C	2	–	TTACTCACCAACCTCCCTTCTCTTCCTCCAG
					−25A	6	T	TACTCACCAACCTCCCTTCTCTTCCTCCAG
PSMB4	4	393	−40A	3.05	−44A	4	T	CTGTTATTCAGCCCAATATCCCCCCATGGTTTTCC CCCAATCTCCCTAG
					−40A	5	T	TATTCAGCCCAATATCCCCCCATGGTTTTCCCCCA ATCTCCCTAG
RPL13	4	583	−21A	3.30	−26A	1	C	ACCCCACTTAACTCTTCTCATTCACCAACAG
					−23T	1	–	CCACTTAACTCTTCTCATTCACCAACAG
					−22A	4	T	CACTTAACTCTTCTCATTCACCAACAG
RPL13	5	492	−22A	3.30	−22A	9	–	GTTTAACAACCTGTCTTTCTCTTCTAG
					−20A	1	T	TTAACAACCTGTCTTTCTCTTCTAG
RPL13A	1	2205	−26A	3.55	−22C	7	–	GAGTCCTTTTGCCCTTGTCTCCCACAG
					−8T	1	–	TTGTCTCCCACAG
RPL3	2	770	−21A	3.70	−21A	4	T	GTCTGACTACTGCTTTTTTTTTGCAG
					−19T	3	–	CTGACTACTGCTTTTTTTTTGCAG
RPL3	4	1150	−22A	3.30	−24T	10	–	GGAGCTGAGCTGTGTCTACCTTCTCCTAG
RPL3	5	522	−22A	2.50	−29T	1	–	GGCGCTGAGGTGAAGTAATGTGTATCCATTCCAG
RPL3	6	477	−34A	3.45	−22T	3	–	AGCCTTACACCCTTCTTGTTCATTCAG
					−21A	3	T	GCCTTACACCCTTCTTGTTCATTCAG
RPL8	4	806	na	na	−23C	5	–	GTTCCCTGAGGTATCTGATCCCCTACAG
SLC25A3	2	1591	−30A	2.85	−31A	1	–	ATATTAAAATGCATGGTGTGTCTTCTCTTACTACAG
SNRPB	1	2929	−24A	3.20	−24A	1	T	GTCTCATCCCTGTCCATTTCTCCTTGCAG
SNRPB	2	1787	−34A	3.85	−36T	2	–	ACCTCTAACACTTTTTTTGTTCCTTCTAAAC CTCTCTTTAG
					−35A	5	–	CCTCTAACACTTTTTTTGTTCCTTCTAAACC TCTCTTTAG
					−34A	2	T	CTCTAACACTTTTTTTGTTCCTTCTAAAC CTCTCTTTAG
SNRPB	3	1808	−34A	3.10	−30G	2	–	CACTGGGCATCAGAGCATATTTGTTTATTT TTCAG
					−29G	3	–	ACTGGGCATCAGAGCATATTTGTTTATTTT TCAG
					−28C	1	G	CTGGGCATCAGAGCATATTTGTTTATTTTTCAG
					−27A	2	–	TGGGCATCAGAGCATATTTGTTTATTTTTCAG
SNRPB	4	519	−25A	3.75	−27T	7	–	TCTTCTAACTCTTTCTTCTTATGTCCTCTTAG
					−26A	1	T	CTTCTAACTCTTTCTTCTTATGTCCTCTTAG
					−25A	5	T	TTCTAACTCTTTCTTCTTATGTCCTCTTAG
SNRPB	6	696	−25A	3.95	−27T	8	–	GGCACTGACTAAACTTCTTACTCTTACTTCAG
UBB	1	717	−33A	3.45	−30T	6	–	TGAGGTGACACGCTTATGTTTTACTTTTAAA CTAG
					−29G	1	–	GAGGTGACACGCTTATGTTTTACTTTTAA ACTAG
					−28A	2	T	AGGTGACACGCTTATGTTTTACTTTTAAACTAG

^aPredicted BPs and BPS scores are according to the Branch-Site Analyzer at http://ast.bioinfo.tau.ac.il/BranchSite.htm (14).

^bObserved branch sites are underlined.