Table 2.

Correlation matrix between the different evaluation methods

	Murzin	Dali Z	Dali sup	Mammoth	M-sup	O-Lesk	O-rmsd	Oreago ss	Vast sup	Vast rmsd	PrlSM sco	PrlSM sup	PrlSM psd	GDT-TS
Murzin	1	0.38	−0.19	0.84	0.78	0.6	0.53	0.01	0.53	0.53	0.07	0.34	0.08	0.49
Dali Z	0.38	1	0.6	−0.07	−0.06	0.06	0.19	0.14	0.52	0.52	0.53	−0.14	0.53	0.11
Dali sup	−0.19	0.6	1	−0.36	−0.41	−0.16	0.18	0.17	0.29	0.29	0.74	−0.16	0.52	0.26
MAMMOTH	0.84	−0.07	−0.36	1	0.91	0.54	0.56	−0.02	0.4	0.4	−0.13	0.23	−0.05	0.26
M-sup	0.78	−0.06	−0.41	0.91	1	0.72	0.41	0.06	0.41	0.41	−0.22	0.28	−0.12	0.17
O-Lesk	0.6	0.06	−0.16	0.54	0.72	1	0.23	0.46	0.24	0.24	−0.06	0.61	−0.09	0.42
O-rmsd	0.53	0.19	0.18	0.56	0.41	0.23	1	0.38	0.53	0.53	0.59	−0.04	0.72	0.07
O-ssap	0.01	0.14	0.17	−0.02	0.06	0.46	0.38	1	0.35	0.35	0.49	0.21	0.56	−0.16
V-sup	0.53	0.52	0.29	0.4	0.41	0.24	0.53	0.35	1	1	0.53	−0.23	0.52	0.05
V-rmsd	0.53	0.52	0.29	0.4	0.41	0.24	0.53	0.35	1	1	0.53	−0.23	0.52	0.05
P-score	0.07	0.53	0.74	−0.13	−0.22	−0.06	0.59	0.49	0.53	0.53	1	−0.009	0.88	−0.09
P-sup	0.34	0.14	0.16	0.23	0.28	0.61	−0.04	0.21	−0.23	−0.23	−0.009	1	−0.20	0.42
P-psd	0.08	0.53	0.52	−0.05	−0.12	−0.09	0.72	0.56	0.52	0.52	0.88	−0.20	1	0.07
GDT-TS	0.49	0.11	0.26	0.26	0.17	0.42	0.07	−0.16	0.05	0.05	−0.09	0.42	0.07	1

For each pair of evaluation scores, the Spearman correlation coefficient was computed using the data set of models shown in Table 3A of the Appendix.