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. 2008 Feb 25;28(11):3713–3728. doi: 10.1128/MCB.02263-07

TABLE 3.

Primers used for scanning the silencing domain in Kcnq10t1

Fragment Primer pair Sequences Length of fragment (bp) Position relative to transcription start site
Kcnq1ot1FR1 Kcnq1ot1F1 ATATACCGGTGTTCAAGCCTAAAGGGGTCA 2,688 1690-4357
Kcnq1ot1R1 ATATACCGGTTGCTGCTCCCTGGTTTTAGT
Kcnq1ot1FR2 Kcnq1ot1F2 ATATACCGGTATGGCCAGTGCCACTAGTTC 2,999 4237-7235
Kcnq1ot1R2 ATATACCGGTAGGAGCTGGGATTCTTCCAT
Kcnq1ot1FR3 Kcnq1ot1F3 ATATACCGGTAACTCTCCTAGCCTCTCCCA 3,698 7121-10818
Kcnq1ot1R3 ATATACCGGTCCTCCAACTGCTCCAAACCT
Kcnq1ot1FR4 Kcnq1ot1F4 ATATACCGGTGGGCAACAGCCCTGTGTGGA 3,108 9586-12693
Kcnq1ot1R4 ATATACCGGTTAGGATAGCCTGGGCTGTGCT
Kcnq1ot1FR5 Kcnq1ot1F5 ATATACCGGTCCAGTGTTTGATTTGCAGCC 3,310 12380-15689
Kcnq1ot1R5 ATATACCGGTCACCCCCATCCCTCATTTTT
Kcnq1ot1FR6 Kcnq1ot1F6 ATATACCGGTAGAACAGCAGGCAGAAAGGG 3,967 15145-19111
Kcnq1ot1R6 ATATACCGGTAAAACCCAGGTGGCATGAAG
Kcnq1ot1FR7 Kcnq1ot1F7 ATATACCGGTACCTCTAACCCTTTGCCTTG 3,719 18783-22501
Kcnq1ot1R7 ATATACCGGTTCACAGCTTCTTCTTCCCCA
Kcnq1ot1FR8 Kcnq1ot1F8 ATATACCGGTAAGAGAATGAGTACGGCGTG 3,946 22124-26069
Kcnq1ot1R8 ATATACCGGTTTATGGTGCCCTACTGGAGA
Kcnq1ot1FR9 Kcnq1ot1F9 ATATACCGGTCCTTCGCCCTACCATCTTCA 3,654 25759-29412
Kcnq1ot1R9 ATATACCGGTTCACCCCAACTTTTACCCCT
Kcnq1ot1FR10 Kcnq1ot1F10 ATATACCGGTAAAGACACCAAGAGGGGGCA 3,192 29061-32252
Kcnq1ot1R10 ATATACCGGTTCAACAGGCACGTACCAGCA
Kcnq1ot1FR11 Kcnq1ot1F11 ATATACCGGTCCTTGCCAGTTAATCCCAGT 3,617 31951-35567
Kcnq1ot1R11 ATATACCGGTACCTGGGGACCAATCAATAA
Kcnq1ot1FR12 Kcnq1ot1F12 ATATACCGGTCTCAAATGTCCACCCCAACC 4,895 35374-40268
Kcnq1ot1R12 ATATACCGGTCCCAGTTCAGTGTTTTCCCC
Kcnq1ot1FR13 Kcnq1ot1F13 ATATACCGGTTGAATGAGCGTGATGGTAGA 5,766 39556-45321
Kcnq1ot1R13 ATATACCGGTAGGGAGCCAGTTTGAGTTGA
Kcnq1ot1FR14 Kcnq1ot1F14 ATATACCGGTTGGAGGGTGTGTGCTTGAGAA 4,996 45120-50116
Kcnq1ot1R14 TATACCGGTGTTCCCAGCCCTTTTTGTGT
Kcnq1ot1FR15 Kcnq1ot1F15 ATATACCGGTGGGAGAGGTGATGGGAGATT 4,488 49284-53772
Kcnq1ot1R15 ATATACCGGTTTTTCCCCTTGGGTCTTGTG