Table 5.

Different α values in a Γ distribution after excluding certain genes. Estimates based on the select-genes tree and the common-genes tree are shown.

Group	Original				Genes removed				Differencea
			Random		Informational		Conserved		(Ratio)
	Select	Common	Select	Common	Select	Common	Select	Common	Select	Common
Bacillus	0.39	0.39	0.38	0.39	0.39	0.39	0.47	0.47	0.11	0.00
Brucella	0.053	0.035	0.052	0.035	0.057	0.037	0.072	0.044	0.25	0.22
Burkholderia	0.35	0.18	0.35	0.16	0.37	0.19	0.50	0.21	0.13	0.60
Candidatus	∞	∞	∞	∞	∞	∞	∞	∞	-	-
Chlamydophila	0.41	0.39	0.40	0.41	0.54	0.52	0.56	0.52	0.87	1.00
Clostridium	0.50	0.52	0.49	0.52	0.59	0.63	1.06	1.12	0.18	0.18
Corynebacterium	0.79	1.19	0.80	1.19	1.01	1.70	1.75	3.06	0.22	0.27
Ehrlichia	∞	∞	∞	∞	∞	∞	∞	∞	-	-
Escherichia	0.23	0.31	0.25	0.31	0.26	0.33	0.31	0.39	0.17	0.25
Helicobacter	0.47	0.52	0.47	0.52	0.59	0.70	0.66	0.79	0.63	0.67
Lactobacillus	∞	∞	∞	∞	∞	∞	∞	∞	-	-
Mycobacterium	0.41	0.23	0.40	0.24	0.49	0.26	0.65	0.35	0.36	0.18
Mycoplasma	∞	∞	∞	∞	∞	∞	∞	∞	-	-
Prochlorococcus	2.42	2.56	2.46	2.56	3.05	3.44	5.50	6.95	0.19	0.20
Pseudomonas	1.66	1.91	1.64	1.91	2.16	2.28	3.80	3.86	0.24	0.19
Rhodopseudomonas	0.59	0.52	0.59	0.56	0.70	0.59	0.84	0.66	0.44	0.30
Rickettsia	0.33	0.35	0.33	0.37	0.44	0.41	0.53	0.50	0.55	0.31
Salmonella	0.37	0.080	0.39	0.080	0.44	0.095	0.49	0.102	0.50	0.68
Shigella	0.37	0.17	0.35	0.17	0.39	0.18	0.50	0.21	0.27	0.25
Staphylococcus	0.090	0.085	0.093	0.085	0.097	0.090	0.116	0.114	0.17	0.17
Streptococcus	0.34	0.29	0.34	0.29	0.37	0.33	0.47	0.41	0.23	0.33
Synechococcus	∞	∞	∞	∞	∞	∞	∞	∞	-	-
Vibrio	0.21	0.17	0.22	0.18	0.23	0.19	0.27	0.23	0.20	0.20
Xanthomonas	0.33	0.59	0.33	0.59	0.37	0.70	0.39	0.74	0.67	0.73
Yersinia	0.064	0.060	0.064	0.063	0.070	0.067	0.075	0.071	0.55	0.50

^a The difference was calculated from $\frac{{\alpha }_{\text{informational}}-{\alpha }_{\text{random}}}{{\alpha }_{\text{conserved}}-{\alpha }_{\text{random}}}$