Table 5.

Significant ‘sliding windows’ AKT1 SNP haplotypes (in bold) by PDTPHASE.

DIAG	HAPLO	*	Alleles	p val	Trio T	Trio NT	Aff Sib	Unaff Sib	Freq	Global P
D2	1-2	↑	G-G	0.217	650	626	863	849	0.60	0.188
		↓	T-G	0.240	76	85	90	111	0.31
D5	1-2	↑	G-G	0.098	788	759	930	900		0.264
		↓	T-G	0.125	371	393	473	490
D8	1-2	↑	G-G	0.116	841	816	905	897		0.304
		↓	T-G	0.400	405	423	483	484
D9	1-2	↑	G-G	0.028	1043	1014	752	716		0.078
		↓	T-G	0.072	517	540	388	406
D2	1-2-3	↑	G-G-C	0.133	638	607	857	833	0.58	0.107
		↓	T-G-C	0.140	179	201	302	301	0.18
D5	1-2-3	↑	G-G-C	0.037	769	735	913	870		0.078
		↓	T-G-C	0.049	215	243	301	314
D8	1-2-3	↑	G-G-C	0.054	818	789	888	866		0.133
		↓	T-G-C	0.075	239	262	306	310
D9	1-2-3	↑	G-G-C	0.022	1010	977	734	693		0.017
		↓	T-G-C	0.009	314	339	241	265
D2	1-2-3-4	↑	G-G-C-G	0.154	580	550	806	771	0.52	0.176
		↓	T-G-C-G	0.136	163	183	282	283	0.16
D5	1-2-3-4	↑	G-G-C-G	0.045	697	664	857	812		0.078
		↓	T-G-C-G	0.043	197	223	283	301
D8	1-2-3-4	↑	G-G-C-G	0.057	742	712	841	808		0.216
		↓	T-G-C-G	0.075	219	240	290	298
D9	1-2-3-4	↑	G-G-C-G	0.035	912	881	691	641		0.046
		↓	T-G-C-G	0.008	287	312	228	253

^*up and down arrows indicate over- or under-transmission to affected individuals.