Table 5.
Comparison of microarray mRNA expression levels to relative expression levels determined by quantitative real time PCR (qRT-PCR).
| Accession number (GeneDB) | Ratio Ama/Pro | |
| DNA Microarrays a | qRT-PCR b | |
| L. infantum | ||
| LinJ30_V 3.2870 | 0,2 | 0,5 ± 0,0 |
| LinJ34_V 3.0070 | 0,3 | 0,5 ± 0,0 |
| LinJ36_V 3.5620 | 0,4 | 0,3 ± 0,0 |
| LinJ21_V 3.1490 | 0,4 | 0,5 ± 0,1 |
| LinJ14_V 3.1240 | 0,4 | 0,5 ± 0,1 |
| LinJ23_V 3.0860 | 0,5 | 0,3 ± 0,0 |
| LinJ25_V 3.0500 | 0,5 | 0,2 ± 0,2 |
| LinJ16_V 3.0950 | 0,5 | 0,5 ± 0,0 |
| LinJ18_V 3.1090 | 0,5 | 0,6 ± 0,0 |
| LinJ24_V 3.0870 | 0,6 | 0,5 ± 0,0 |
| LinJ30_V 3.1520 | 1,7 | 2,2 ± 0,3 |
| LinJ33_V 3.2470 | 1,8 | 1,3 ± 0,1 |
| LinJ34_V 3.1730 | 2,0 | 2,3 ± 0,3 |
| LinJ30_V 3.2050 | 2,0 | 1,8 ± 0,1 |
| LinJ34_V 3.1160 | 2,3 | 1,9 ± 0,6 |
| LinJ31_V 3.0370 | 2,4 | 2,2 ± 0,3 |
| LinJ14_V 3.1450 | 2,4 | 3,7 ± 0,3 |
| LinJ34_V 3.1020 c | 2,8 | 10,1 ± 0,5 |
| LinJ30_V 3.0560 | 4,1 | 3,3 ± 0,3 |
| LinJ27_V 3.0100 | 4,6 | 3,7 ± 0,4 |
| LinJ19_V 3.0420 | 5,0 | 3,0 ± 0,3 |
| LinJ36_V 3.6530 | 5,0 | 1,9 ± 0,2 |
| LinJ23_V 3.1790 | 7,0 | 2,4 ± 0,5 |
| LinJ36_V 3.0130 | 7,3 | 4,2 ± 0,3 |
| LinJ31_V 3.2790 | 7,6 | 2,0 ± 0,1 |
| LinJ26_V 3.0040 | 8,1 | 2,4 ± 0,2 |
| LinJ36_V 3.4180 | 8,7 | 6,1 ± 0,6 |
| LinJ34_V 3.4270 | 20,2 | 2,4 ± 0,2 |
| LinJ14_V 3.1500 | 22,0 | 1,2 ± 0,1 |
| LinJ14_V 3.0560 | 24,6 | 2,0 ± 0,0 |
| LinJ36_V 3.2480 | 0,7 | 0,6 ± 0,3 |
| LinJ14_V 3.0760 | 0,9 | 1,5 ± 0,1 |
| LinJ25_V 3.1160 | 0,9 | 1,0 ± 0,1 |
| LinJ07_V 3.0550 | 1,0 | 1,6 ± 0,2 |
| LinJ28_V 3.0470 | 1,0 | 1,2 ± 0,1 |
| LinJ34_V 3.1910 | 1,0 | 1,0 ± 0,5 |
| LinJ19_V 3.0010 | 1,2 | 1,6 ± 0,1 |
| LinJ34_V 3.2420 | 1,2 | 1,3 ± 0,1 |
| LinJ30_V 3.2200 | 1,3 | 1,3 ± 0,1 |
| LinJ36_V 3.4000 | 1,4 | 1,8 ± 0,3 |
| LinJ17_V 3.0440 | 1,5 | 3,0 ± 0,2 |
| LinJ08_V 3.1220 | 1,6 | 1,7 ± 0,1 |
| L. major | ||
| Lm jF33.2340 | 0,5 | 0,3 ± 0,0 |
| Lm jF36.1360 | 0,5 | 0,8 ± 0,0 |
| Lm jF29.2510 | 0,4 | 0,02 ± 0,00 |
| Lm jF36.2360 | 0,4 | 0,4 ± 0,0 |
| Lm jF06.0310 | 0,3 | 0,4 ± 0,0 |
| Lm jF35.0970 | 0,3 | 0,6 ± 0,0 |
| Lm jF23.0690 | 0,3 | 0,2 ± 0,0 |
| Lm jF23.1300 | 0,3 | 0,1 ± 0,0 |
| Lm jF02.0160 | 0,3 | 0,1 ± 0,0 |
| Lm jF23.0710 | 0,2 | 0,1 ± 0,0 |
| Lm jF35.2160 | 0,2 | 0,1 ± 0,0 |
| Lm jF36.2590 | 0,2 | 0,1 ± 0,0 |
| Lm jF21.0240 | 0,2 | 0,2 ± 0,0 |
| Lm jF31.0350 | 0,2 | 0,1 ± 0,0 |
| Lm jF04.0310 | 0,2 | 0,3 ± 0,0 |
| Lm jF07.1160 | 0,1 | 0,1 ± 0,0 |
| Lm jF31.2460 | 2,6 | 2,3 ± 0,2 |
| Lm jF28.2910 | 2,8 | 1,9 ± 0,2 |
| Lm jF36.5960 | 3,1 | 2,0 ± 2,1 |
| Lm jF23.0730 | 3,6 | 1,1 ± 0,1 |
| Lm jF36.2350 | 3,6 | 4,5 ± 0,4 |
| Lm jF25.1120 | 3,7 | 2,3 ± 0,3 |
| Lm jF08.0820 | 4,3 | 6,6 ± 0,9 |
| Lm jF14.1360 | 4,7 | 4,4 ± 0,4 |
| Lm jF30.2190 | 5,8 | 3,0 ± 0,1 |
| Lm jF11.1220 | 6,7 | 5,2 ± 0,3 |
| Lm jF34.1840 | 7,3 | 3,1 ± 0,2 |
| Lm jF35.4230 | 10,3 | 1,9 ± 0,1 |
| Lm jF31.3190 | 10,9 | 3,7 ± 0,4 |
| Lm jF36.3810 | 1,0 | 1,1 ± 0,1 |
| Lm jF28.0330 | 1,1 | 1,3 ± 0,2 |
| Lm jF30.2050 | 1,2 | 1,5 ± 0,2 |
| Lm jF03.0570 | 1,0 | 1,2 ± 0,2 |
| Lm jF34.4510 | 1,0 | 2,0 ± 0,2 |
| Lm jF34.0070 | 1,6 | 1,0 ± 0,1 |
a The microarray results have all a p-value lower than 0.05.
b The same RNA preparations were used for the microarray and qRT-PCR experiments. Levels of mRNA determined by qRT-PCR were normalized as described in Methods. The values reported here are the average of two biological replicates and three technical replicates. The set of primers for qRT-PCR amplification are presented in Additional file 6.
c LinJ34_V3.1020 encodes an amastin homologue that shares homology to other members of the amastin gene family. For the microarray experiment, the 70-mer probe used recognizes more than one amastin members whereas the set of primers used for qRT-PCR was specific to the LinJ34_V3.1020 gene only.
d LinJ14_V3.1500 is a member of the glycosylation phosphoglycan beta 1,3 galactosyltransferase gene family. For the microarray experiment the 70-mer probe used recognizes more than one gene family members whereas the set of primers used for qRT-PCR was specific to the LinJ14_V3.1500 gene only, whose expression was not modulated.