TABLE 2.

Comparison of the results from the strict branch-site and empirical tests

				dN/dS		Relaxed branch-site test P	Strict branch-site test P
Gene	Length (codons)	Na	Sa	Background	Foreground (human)					Empirical P
ASPM	3477	17	7	0.109	5.455	0.553	0.473	0.027
BLZF1	400	3	0	0.146	999b	0.084	0.260	0.105
CDX1	265	2	0	0.104	999	0.292	0.307	0.125
CDX4	284	4	0	0.358	999	0.027	0.120	0.031
CITED2	270	2	0	0.038	999	0.028	0.426	0.124
DMRT3	472	11	3	0.084	0.859	0.005	0.489	0.037
EHF	300	1	0	0.048	313	0.139	0.471	0.102
ELK4	431	2	0	0.270	999	0.092	0.212	0.042
FOXI1	378	5	3	0.083	0.332	0.481	0.811	0.277
FOXJ2	574	2	0	0.099	75.8	0.025	0.239	0.085
GBX2	348	1	0	0.014	999	0.050	0.531	0.255
HESX1	185	1	0	0.269	999	0.186	0.429	0.180
HOXA5	270	2	1	0.029	0.445	0.095	1.000	0.833
HOXD4	255	2	0	0.082	999	0.021	0.288	0.076
KLF10	390	2	0	0.164	999	0.039	0.229	0.090
MCPH1	740	9	4	0.112	1.000	0.315	1.000	0.748
MEOX1	254	2	0	0.127	999	0.075	0.298	0.185
NR2C1	603	4	0	0.089	999	0.008	0.192	0.309
NR3C2	984	5	1	0.102	0.770	0.026	0.318	0.069
PEG3	1590	8	3	0.232	0.944	0.067	0.803	0.177
PGR	933	9	4	0.197	0.893	0.072	0.469	0.029
RBM9	367	2	0	0.400	999	0.410	0.184	0.041
SCML1	208	2	0	1.279	999	0.446	0.231	0.075
SOHLH2	425	10	0	0.484	999	0.011	0.023	<0.001
T	435	2	0	0.052	999	0.068	0.318	0.124
TAF11	211	2	0	0.138	999	0.031	0.234	0.034
ZFP37	630	9	0	0.237	999	0.011	0.032	<0.001
ZNF192	578	4	1	0.210	1.605	0.270	0.411	0.101

^aSubstitutions between the inferred human–chimpanzee ancestor and the human sequence. N, nonsynonymous; S, synonymous.

^bValues of 999 for d_N/d_S indicate d_S = 0, so d_N/d_S is undefined. Values in italics reflect P < 0.05.