Table 1.
Bisulfite sequencing of the DBC1 locus
| F primer |
GTA GGG TGT GTT TAT GT | |||
| R primer |
AAA AAA CTC TTA CTT CAT TCT | |||
| dbc | CCTGAGTGTT | TCTGGGGCGG | CAGGTGTTTC | CACGGCCG [CG] |
| 7f | TTTGAGTGTT | TTTGGGGTGG | TAGGTGTTTT | TATGGTTGTG |
| 7r | TTTGAGTGTT | TTTGGGGTGG | TAGGTGTTTT | TATGGTTGTG |
| 18f | TTTGAGTGTT | TTTGGGGTGG | TAGGTGTTTT | TATGGTTGTG |
| 18r | TTTGAGTGTT | TTTGGGGTGG | TAGGTGTTTT | TATGGTTGTG |
| 4f | TTTGAGTGTT | TTTGGGGTGG | TAGGTGTTTT | TATGGTTGTG |
| 4r | TTTGAGTGTT | TTTGGGGTGG | TAGGTGTTTT | TATGGTTGTG |
| 12f | TTTGAGTGTT | TTTGGGGTGG | TAGGTGTTTT | TATGGTTGTG |
| 12r | TTTGAGTGTT | TTTGGGGTGG | TAGGTGTTTT | TATGGTTGTG |
| 3f | TTTGAGTGTT | TTTGGGGTGG | TAGGTGTTTT | TATGGTTGTG |
| 3r | TTTGAGTGTT | TTTGGGGTGG | TAGGTGTTTT | TATGGTTGTG |
| 2f | TTTGAGTGTT | TTTGGGGTGG | TAGGTGTTTT | TATGGTTGTG |
| 2r | TTTGAGTGTT | TTTGGGGTGG | TAGGTGTTTT | TATGGTTGTG |
| 16f | TTTGAGTGTT | TTTGGGGTGG | TAGGTGTTTT | TATGGTTGTG |
| 16r | TTTGAGTGTT | TTTGGGGTGG | TAGGTGTTTT | TATGGTTGTG |
| 13f | TTTGAGTGTT | TTTGGGGTGG | TAGGTGTTTT | TATGGTTGTG |
| 13r | TTTGAGTGTT | TTTGGGGTGG | TAGGTGTTTT | TATGGTTGTG |
| 6f | TTTGAGTGTT | TTTGGGGTGG | TAGGTGTTTT | TATGGTTGTG |
| 6r | TTTGAGTGTT | TTTGGGGTGG | TAGGTGTTTT | TATGGTTGTG |
| 8f | TTTGAGTGTT | TTTGGGGTGG | TAGGTGTTTT | TATGGTTGTG |
| 8r | TTTGAGTGTT | TTTGGGGTGG | TAGGTGTTTT | TATGGTTGTG |
| 10f | TTTGAGTGTT | TTTGGGGTGG | TAGGTGTTTT | TATGGTTGTG |
| 10r | TTTGAGTGTT | TTTGGGGTGG | TAGGTGTTTT | TATGGTTGTG |
| ......... | ......... | ......... | ......... | |
| diff | TTTGAGTGTT | TTTGGGGTGG | TAGGTGTTTT | TATGGTTGTG |
Sequences (forward and complement of reverse directions) of 11 bisulfite PCR product clones, aligned to the reference (top sequence). The EagI site in the DBC1 promoter is in red, data point from Illumina is bracketed. Both are shown to be unmethylated in our sample.