TABLE 3.
Comparison of NCBI and RDP taxonomic designations for Firmicutes and Fusobacteria sequences obtained from subjects with BV (n = 249)
| NCBI designation | No. of sequences for RDP designation:
|
Total | ||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
Firmicutes
|
Fusoba
|
|||||||||||||||
| Aerococcus | Anaerococcus | Dialister | Gemella | Lactobacillus | Megasphaera | Micromonas | Mycoplasma | Peptoniphilus | Veillonella | Fusobacterium | Fusobacteriaceae | Streptobacillus | Sutterella | TM7 | ||
| Firmicutes | ||||||||||||||||
| Aerococcus | 4 | 4 | ||||||||||||||
| Anaerococcus | 2 | 2 | ||||||||||||||
| Dialister | 36 | 36 | ||||||||||||||
| Gemella | 3 | 3 | ||||||||||||||
| Lactobacillus | 43 | 43 | ||||||||||||||
| Megasphaera | 60 | 60 | ||||||||||||||
| Mycoplasma | 1 | 1 | ||||||||||||||
| Peptostreptococcus | 12 | 10 | 22 | |||||||||||||
| Veillonella | 2 | 2 | ||||||||||||||
| Fusobacteria | ||||||||||||||||
| Fusobacterium | 1 | 1 | ||||||||||||||
| Sneathia | 1 | 1 | ||||||||||||||
| Streptobacillus | 63 | 63 | ||||||||||||||
| Burkholderiales | 1 | 1 | ||||||||||||||
| Sutterella | 1 | 1 | ||||||||||||||
| TM7 | 9 | 9 | ||||||||||||||
| Total | 4 | 2 | 36 | 3 | 43 | 60 | 12 | 1 | 10 | 2 | 1 | 1 | 63 | 2 | 9 | 249 |