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. 2008 Sep 15;3(9):e3215. doi: 10.1371/journal.pone.0003215

Table 1. Highly reported genes with bounded fold changes in each stage of comparison.

Pre TvN Meta
gene fq chr fold gene fq chr fold gene fq chr fold
NR2F2 3 15q26 0.14 KRT4 18 12q12 −0.73 TNC 6 9q33 0.03
EMP1 3 12p12.3 0.14 KRT5 16 12q12 −0.72 PI3 5 20q12 −1
TAP1 3 6p21.3 0.16 PLAU 15 10q24 0.48 SFRP4 4 7p14.1 0.19
COL6A3 3 2q37 0.14 FN1 14 2q34 0.45 PLEC1 4 8q24 0.51
GPRC5A 3 12p13 −0.46 MAL 14 2cen-q13 −0.96 MMP1 4 11q22.3 0.6
KRT1 2 12q12 −0.35 MMP1 13 11q22.3 1 TRIM22 4 11p15 −0.46
DPYSL3 2 5q32 −0.42 COL1A2 13 7q22.1 0.4 SERPINB2 4 18q21.3 −0.32
CRIP1 2 14q32.3 −0.41 SPARC 13 5q31.3 0.43 FN1 4 2q34 0.44
CXCL10 2 4q21 0.67 POSTN 12 13q13.3 0.61 POSTN 4 13q13.3 0.71
IGJ 2 4q21 0.82 IFI6 12 1p35 0.33 DSG3 4 18q12.1 −0.44
RBP1 2 3q23 0.59 TGM3 12 20q11.2 −0.86 FGFBP1 4 4p16 −0.19
IFI44 2 1p31.1 0.58 SPP1 11 4q21-q25 0.79 EGFR 4 7p12 −0.29
CA2 2 8q22 0.56 ITGA6 11 2q31.1 0.26 TGM3 4 20q11.2 −0.89
ADH7 2 4q23 −0.16 KRT13 11 17q12-q21 −0.53 PLAU 4 10q24 1
COL4A1 2 13q34 0.33 EMP1 11 12p12.3 −0.48 ITGB4 4 17q25 −0.32
COL6A1 2 21q22.3 0.22 ECM1 11 1q21 −0.57 CHPT1 3 12q −0.11
LOX 2 5q23.2 0.18 TNC 10 9q33 0.43 CDH3 3 16q22.1 0.32
FKBP1A 2 20p13 0.18 MMP10 9 11q22.3 0.75 KRT16 3 17q12 −1
SEC23A 2 14q21.1 −0.44 MMP3 9 11q22.3 0.59 PHC2 3 1p34.3 0.23
CTNND1 2 11q11 −0.03 MMP12 9 11q22.3 0.55 RAC2 3 22q13.1 0
CLINT1 2 5q23.1 −0.03 LAMC2 9 1q25-q31 0.55 GREM1 3 15q13 1
THY1 2 11q22.3 0.26 IL8 9 4q13-q21 0.73 GPC5 3 13q32 −1
COL4A2 2 13q34 0.33 KRT17 9 17q12 0.39 KRT14 3 17q12 1
AK2 2 1p34 0.01 COL5A2 9 2q14-q32 0.43 MMP2 3 16q13 1
KRT10 2 17q21 0.13 COL4A1 9 13q34 0.37 LGALS1 3 22q13.1 1

Abbreviations: fq, the number of papers reporting a gene; chr, the chromosomal coordinate; fold, the consensus of the bounded fold changes.