Table 2.

Sequence variation in 16S1 and 16S2 haplotypes in G. m. morsitans. Positions where there was variation between individuals of the same haplotype are designated Y (C or T) and R (A or G). Two individuals of each haplotype were sequenced.

	Nucleotide positions
16S1	0 0 0 0 0 0 0 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 3 3 3 3 3 4 5
	3 3 3 4 6 6 6 3 6 1 4 4 5 6 7 9 9 2 2 4 5 6 4 0
Allele	1 2 3 8 2 3 4 9 6 3 8 9 6 0 6 7 9 8 9 3 2 2 5 3
A	GTAGTATYAGTAAGTTATTAGAGT
B	A · · · · · · C · A · · · · · · · · · · · · A ·
C	· · · · · · · C · · · · · · · · · · · G · · · ·
D	AATAATATAAATTAAATGAGATAA
16S2	0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2
	5 5 9 9 0 2 4 6 6 6 7 8 8 1 1 2 3 4 8
	4 5 6 7 7 2 4 3 4 9 6 7 9 0 6 8 4 9 9
A	GGAATTCTTATAAAAGAGG
B	· · · · · · · · · · · · R · · R · · ·
C	ATGGAATAAGCTGGTAGAA
D	AT · GAATAAGCTGGTAGAA
E	AT· · · · · · · · · TG · · A · A ·