Table 1.

Overall performance of ElliPro in comparison with other methods^#.

	ElliPro (radius 6Å)				PPI-PRED		PatchDock		ClusPro (DOT)
	Best prediction (score 0.5)	Average (score 0.5)	1st prediction (score 0.7)	ProMate (patch)	1st patch	best patch	1st model	best model of top 10	1st model	best model of top 10	CEP (average)	DiscoTope (-7.7)
Overall statistics
sensitivity	0.601	0.165	0.093	0.091	0.153	0.331	0.300	0.425	0.258	0.453	0.310	0.416
1-specificity	0.138	0.109	0.047	0.083	0.161	0.135	0.135	0.114	0.079	0.067	0.223	0.214
precision	0.291	0.119	0.158	0.101	0.083	0.188	0.175	0.262	0.235	0.390	0.110	0.155
accuracy	0.840	0.832	0.879	0.841	0.780	0.819	0.816	0.846	0.863	0.892	0.739	0.754
AUC	0.732	0.528	0.523	0.504	0.496	0.598	0.583	0.656	0.589	0.693	0.544	0.601
P-value	0.00E+00	1.37E-04	9.52E-06	2.74E-01	1.0E+00	7.8E-30	9.0E-23	0.0E+00	7.9E-34	0.0E+00	4.3E-06	4.1E-25
Statistics averaged over epitopes
sensitivity	0.58 ± 0.25	0.17 ± 0.10	0.10 ± 0.20	0.09 ± 0.17	0.15 ± 0.24	0.34 ± 0.32	0.29 ± 0.26	0.42 ± 0.29	0.25 ± 0.31	0.46 ± 0.28	0.34 ± 0.28	0.43 ± 0.31
1-specificity	0.12 ± 0.10	0.11 ± 0.04	0.05 ± 0.03	0.08 ± 0.03	0.16 ± 0.07	0.14 ± 0.07	0.15 ± 0.06	0.13 ± 0.07	0.10 ± 0.07	0.08 ± 0.05	0.28 ± 0.20	0.22 ± 0.15
precision	0.44 ± 0.22	0.13 ± 0.06	0.16 ± 0.28	0.11 ± 0.20	0.10 ± 0.17	0.21 ± 0.24	0.19 ± 0.20	0.30 ± 0.25	0.25 ± 0.33	0.41 ± 0.29	0.11 ± 0.08	0.18 ± 0.12
accuracy	0.85 ± 0.08	0.82 ± 0.05	0.87 ± 0.05	0.83 ± 0.05	0.77 ± 0.07	0.81 ± 0.08	0.80 ± 0.08	0.83 ± 0.09	0.84 ± 0.09	0.88 ± 0.07	0.69 ± 0.17	0.74 ± 0.12
AUC	0.73 ± 0.11	0.53 ± 0.03	0.53 ± 0.10	0.51 ± 0.09	0.50 ± 0.13	0.60 ± 0.17	0.57 ± 0.14	0.64 ± 0.17	0.58 ± 0.17	0.69 ± 0.15	0.53 ± 0.08	0.60 ± 0.13

# – best prediction, patch, or model corresponds to the most significant (minimal P-value) of the predicted epitopes