Table 2.

PCR primers, complementary oligonucleotides and qRT-PCR primers and probes used in this study.

PCR primers
OriCm-F1	5′-GATGCTAGATCTTCGAATTTCTGCCATTCATCCGC-3′
OriCm-R1	5′-GATGCTCTGCAGACTAGTCGACCCGGGATCCTCTAGAAATATTTTATCTGATTAATAAGATG-3′
LacZ-F2	5′-GATGCTCTGCAGCTCGAGTTCACACAGGAAACAGCTATGATAGATCCCGTCGTTTTACAACG-3′
LacZ-R2	5′-GATGCTAGATCTTACTCAGGAGAGCGTTCACCG-3′
Km-FNh	5′-CCCAACGGTCTCACTAGAGCGAACCGGAATTGCCAGCTG-3′
Km-RNc	5′-CCCAACGGTCTCACATGCTCAGAAGAACTCGTCAAGAAG-3′
TdtroR-F2	5′-CCCAACCGTCTCACATGAAAATCTCGCAAATTACAACCG-3′
TdtroR-R3	5′-CCCAACCGTCTCAAGCTTATTATATTCCGCATTTTACTTTATCTAAACTTG-3′
TdtroR-RA	5′-CCCAACCGTCTCAAGCTTACTAAATAATAATTTTTTCGACAAATATATTTTTTAAAATCATCG-3′
TdtroR-RB	5′-CCCAACCGTCTCAAGCTTATTAATCTGTACATGTATATTCCTTTTG-3′
TdtroR-RC	5′-CCCAACCGTCTCAAGCTTATTATCTGGGTATCATTGCTCCATGGG-3′
TdtroR-RD	5′-CCCAACCGTCTCAAGCTTATTATTTAGGATGTCCTAAATATTTGTC-3′
TdtroR-RH2	5′-CCCAACCGTCTCAAGCTTATTAATGATGATGATGATGATGAATAATAATTTTTTCGACAAATATATTTTTTAAAATCATCG
Complementary oligonucleotides
Tdtrop-A	5′-GATCGGGATTCAGCTTGACATTTTCTTTATTTTTTTATATATTATAATCATAATTTTGATATATCAAAATAGGAGATTTGAA-3′
Tdtrop-B	5′-TCGATTCAAATCTCCTATTTTGATATATCAAAATTATGATTATAATATATAAAAAAATAAAGAAAATGTCAAGCTGAATCCC-3′
Tptrop-A	5′-GATCTACTGAAAAATTGACGTTTCCTGCGTGATCCGCTACTTTGATGCATCAAAATTCACCCAAGGAGTGTCAC-3′
Tptrop-B	5′-TCGAGTGACACTCCTTGGGTGAATTTTGATGCATCAAAGTAGCGGATCACGCAGGAAACGTCAATTTTTCAGTA-3′
Tdtrop-mutF3	5′-GATCGGGATTCAGCTTGACATTTTCTTTATTTTTTTATATATTATAATCATAAGCTTCATATTTCAAAATAGGAGATTTGAA-3′
Tdtrop-mutR3	5′-TCGATTCAAATCTCCTATTTTGAAATATGAAGCTTATGATTATAATATATAAAAAAATAAAGAAAATGTCAAGCTGAATCCC-3′
qRT-PCR primers and probes
troA-F1	5′-GCATGGTTGCCGACATAGC-3′
troA-R1	5′-CCCGCACCCATAAGAGCTT-3′
troA-P1	FAM-CACATTAACTTCATCTCCGCCGACAACTTT-TAMRA
flaA-F1	5′-TGACGGCTGGAGAGAATTGG-3′
flaA-R1	5′-GGATAAAGCCTCAATTCCCTAGACT-3′
flaA-P1	FAM-ATGGAACAATCCTTCATACATTGCGAACGT-TAMRA

FAM, 6-carboxyflourescein; TAMRA, 5-carboxytetramethylrhodamin.