. 2008 Nov 21;191(3):1018–1025. doi: 10.1128/JB.01340-08

TABLE 3.

Distribution of LSPs across M. avium^a

Species	Strain	Southern blot	Non map specific									M. avium subsp. paratuberculosis specific								M. avium subsp. paratuberculosis lineage specific
Species	Strain	Southern blot	LSP^P 1	LSP^P 3	LSP^P 5	LSP^P 6	LSP^P 7^e	LSP^P 8^f	LSP^P 10	LSP^P 13	LSP^P 17	LSP^P 2^b	LSP^P 4	LSP^P 11	LSP^P 12	LSP^P 14	LSP^P 15	LSP^P 16^c	LSP^A 8	GPL^d	LSP^A 4-II	MAV 14	LSP^A 18	LSP^A 20	Deletion 2	VA 15	LSP^A 11
M. avium subsp.
hominissuis	104	Yes	-	−	−	i	−	−	−	−	−	−	−	−	i	−	−	−	+	104	+	+	+	+	+	+	+
	MB063764	Yes	+	−	−	+	−	−	+	−	−	−	−	−	i	−	−	−	+	+	+	+	+	+	+	+	+
	ATCC 49601	Yes	−	−	+	i	+	−	+	+	+	−	i	−	i	−	−	−	+	104	+	+	+	+	+	+	+
	76102	Yes	−	−	+	i	+	+	+	i	+	−	−	−	i	−	−	−	+	104	+	+	+	+	+	+	+
	108	No	−	−	+	i	+	+	+	i	+	−	−	−	i	−	−	−	+	104	+	+	+	+	+	+	+
	DV	Yes	+	−	−	i	−	−	+	−	−	−	−	−	i	−	−	−	+	104	+	+	+	+	+	+	+
	28132	Yes	+	−	−	i	−	−	+	−	−	−	−	−	i	−	−	−	+	104	+	+	+	+	+	+	+
	MB064490	Yes	+	−	−	i	−	−	+	−	−	−	−	−	i	−	−	−	+	104	+	+	+	+	+	+	+
	2000-325	No	−	+	+	+	+	−	+	i	−	−	−	ND	i	−	−	−	+	+	+	ND	+	+	+	+	+
	HMC36A	No	−	−	+	+	+	−	+	−	−	−	−	−	i	−	−	−	+	+	+	+	+	+	+	+	+
avium	ATCC 25291^T	Yes	−	−	+	+	−	+	+	i	−	−	i	−	i	−	−	−	+	+	+	i	+	+	+	+	+
	ATCC 35713	Yes	−	−	+	+	−	+	+	i	−	−	i	−	i	−	−	−	+	+	+	i	+	+	+	+	+
	ATCC 15796	Yes	−	−	+	+	−	+	+	i	−	−	i	−	i	−	−	−	+	+	+	i	+	+	+	i	+
silvaticum	ATCC 49884^T	Yes	−	−	+	+	−	+	+	i	−	−	i	−	i	−	−	−	+	+	+	i	+	+	+	i	+
	9800851	No	−	−	+	+	−	+	+	i	−	−	i	−	i	−	−	−	+	+	+	i	+	+	+	i	+
paratuberculosis, cattle genotype	MAP K-10	Yes	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	−	K-10	−	−	−	+	+	+	+
	316F	Yes	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	−	K-10	−	−	−	+	+	+	+
	MAP 119	Yes	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	−	K-10	−	−	−	+	+	+	+
	7296	Yes	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	−	K-10	−	−	−	+	+	+	+
paratuberculosis, sheep genotype	6756	Yes	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	−	+	+	+	+	−	−	+	+
	85/14	Yes	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+/-	+	+	−	+	+	+	+	−	−	i	+
	LN20	Yes	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	−	+	+	+	+	−	−	+	−
	P465	Yes	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	+	−	+	+	+	+	−	−	+	+
M. intracellulare^g	ATCC 13950^T	No	−	−	+	−	−	−	+	MI^h	−	−	−	−	−	−	−	MI	+	+	−	+	+	+	+	+	+

+, Positive by multiplex PCR, LSP present; −, negative by multiplex PCR, LSP absent; i, internal target not detected, LSP absent; +/−, see the text (strain-specific deletion after acquisition of LSP^P14). For the non-M. avium subsp. paratuberculosis-specific LSPs, the location previously described was absent in strain 104 (17). For the M. avium subsp. paratuberculosis-specific and M. avium subsp. paratuberculosis-lineage-specific LSPs, the locations can be found in Table S2 in the supplemental material. ND, not determined.

In negative strains, LSP^P2 is replaced by the LSP^A21 polymorphism.

In negative strains, LSP^P16 is replaced by the LSP^A24 polymorphism.

In negative strains, GPL conformation can match that found in M. avium subsp. paratuberculosis strain K-10 or M. avium subsp. hominissuis strain 104.

In negative strains, LSP^P7 is replaced by the MAV15 polymorphism.

In negative strains, LSP^P8 is replaced by the LSP^A15 polymorphism, except for strain HMC36A, which exhibits a unique polymorphism.

In negative strains, some LSPs are replaced by M. intracellulare-specific polymorphisms.

MI, M. intracellulare.