TABLE 4.
Subtype-specific BKV SNPs
| Positiona | BKV Dunlop strain sequenceb | Nucleotide homology with Dunlop strain sequencec
|
Specificityd | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ia | Ib1 | Ib2 | Ic | II | III | IVa | IVb | IVc | |||
| Agnogene | |||||||||||
| 427 (1) | GTT (V) | ... | ... | C.. (L) | ... | A.. (I) | ... | ..N (X) | ... | ... | II |
| VP2 | |||||||||||
| 734 (3) | GCT (A) | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ... | ... | ... | II, III |
| 781 (2) | AGT (S) | ... | ... | ... | ... | .C. (T) | .C. (T) | ... | ... | ... | II, III |
| 815 (3) | ACT (T) | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ... | ... | ... | II, III |
| 848 (3) | CCT (P) | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ..A | ..A | ..A | I |
| 986 (3) | GCT (A) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ..A | IV |
| 1064 (3) | TAC (Y) | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ... | ... | ... | II, III |
| 1067 (3) | CTT (L) | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ..A | ..A | ..A | I |
| 1133 (3) | AGG (R) | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ... | ... | ... | II, III |
| 1154 (3) | ACC (T) | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ..T | ..T | ..N (X) | I |
| 1172 (3) | AGA (R) | ... | ... | ... | ... | ..G | ..G | ... | ... | ... | II, III |
| 1187 (3) | TTT (F) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ..C | IV |
| 1193 (3) | AGA (R) | ... | ... | ... | ... | ..G | ..G | ... | ... | ... | II, III |
| 1199 (3) | TCC (S) | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ... | ... | ... | II, III |
| 1217 (3) | GAG (E) | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ..A | ..A | ..A | I |
| 1223 (3) | ACT (T) | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ... | ... | ... | II, III |
| 1247 (3) | CCT (P) | ... | ... | ... | ... | ... | ..C | ... | ... | ... | III |
| 1274 (3) | CAA (Q) | ... | G.. (E) | G.. (E) | G.. (E) | G.T (D) | G.T (D) | G.T (D) | G.T (D) | G.T (D) | I |
| 1284 (1) | GAT (D) | ... | ... | ... | ... | A.. (N) | A.. (N) | A.. (N) | A.. (N) | A.. (N) | I |
| 1304 (3) | CCC (P) | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ..T | ..T | ..T | I |
| 1316 (3) | AGA (R) | ... | ... | ... | ... | ..G | ..G | ..G | ..G | ..G | I |
| 1322 (3) | GTA (V) | ... | ..G | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ..T | IV |
| 1337 (3) | GGT (G) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ..A | IV |
| 1342 (2) | CGT (R) | ... | ... | ... | ... | .A. (H) | .A. (H) | .AG (Q) | .AA (Q) | .AG (Q) | I |
| 1347 (1) | CAT (H) | ... | ... | ... | ... | A.. (N) | A.. (N) | A.. (N) | A.. (N) | A.. (N) | I |
| 1361 (3) | ACT (T) | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ..C | ..C | ..C | I |
| 1364 (3) | TAT (Y) | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ..C | ..C | ..C | I |
| 1367 (3) | AGT (S) | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ..A (R) | ..A (R) | ..A (R) | I, II, III, IV |
| 1389 (1) | GAA (E) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | C.. (Q) | C.. (Q) | C.. (Q) | IV |
| 1400 (3) | ACA (T) | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ..C | ..C | ..C | I |
| 1409 (3) | ATG (M) | ... | ... | ... | ... | ..A (I) | ... | ... | ... | ... | II |
| 1422 (1) | CAA (Q) | ... | ... | ... | ... | A.G (K) | A.G (K) | A.G (K) | A.G (K) | A.. (K) | I |
| 1425 (1) | CAA (Q) | ... | ... | ... | ... | G.. (E) | G.. (E) | G.G (E) | G.G (E) | G.G (E) | I |
| 1427 (3) | CAA (Q) | ... | ... | ... | ... | G.. (E) | G.. (E) | G.G (E) | G.G (E) | G.G (E) | IV |
| 1429 (2) | AGT (S) | ... | .C. (T) | .C. (T) | ... | ... | ... | .A. (N) | .A. (N) | .A. (N) | IV |
| 1514 (3) | TTA (L) | ... | ... | ... | ... | ..G | ..G | ..G | ..G | ..G | I |
| VP1 | |||||||||||
| 1704 (3) | GAG (E) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ..A | IV |
| 1760 (2) | TTT (F) | ... | ... | ... | ... | .A. (Y) | .A. (Y) | .A. (Y) | .AN (X) | .A. (Y) | I |
| 1766 (2) | CTA (L) | ... | ... | ... | ... | ... | .AG (Q) | ... | ... | ... | III |
| 1767 (3) | CTA (L) | ... | ... | ... | ... | ... | .AG (Q) | ... | ... | ... | III |
| 1768 (1) | AAG (K) | ... | ... | ... | ... | ... | C.C (H) | .GA (R) | .GA (R) | .GA (R) | III |
| 1769 (2) | AAG (K) | ... | ... | ... | ... | ... | C.C (H) | .GA (R) | .GA (R) | .GA (R) | IV |
| 1770 (3) | AAG (K) | ... | ... | ... | ... | ... | C.C (H) | .GA (R) | .GA (R) | .GA (R) | III, IV |
| 1784 (2) | AAT (N) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | .C. (T) | .C. (T) | .C. (T) | IV |
| 1787 (2) | GAC (D) | ... | ... | ... | ... | .C. (A) | .C. (A) | .C. (A) | .C. (A) | .C. (A) | I |
| 1793 (2) | AGC (S) | ... | ... | ... | ... | GA. (D) | GAN (X) | GAN (X) | GA. (D) | GAN (X) | I |
| 1824 (3) | CCC (P) | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ... | ... | ... | II, III |
| 1848 (3) | CCC (P) | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ..A | ..A | ..A | I |
| 1854 (3) | CCC (P) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ..T | IV |
| 1857 (3) | AAT (N) | ... | ... | ... | ... | ... | ..C | ... | ... | ... | III |
| 1858 (1) | TTA (L) | ... | ... | ... | ..G | C.. | C.. | ... | ..G | ..G | II, III |
| 1869 (3) | GAC (D) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ..T | IV |
| 1912 (1) | CAA (Q) | ... | ... | ... | ... | A.. (K) | A.. (K) | A.. (K) | A.. (K) | A.. (K) | I |
| 1938 (3) | AGC (S) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ..T | IV |
| 1965 (3) | CAA (Q) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..G | ..G | ..G | IV |
| 1971 (3) | GTG (V) | ... | ... | ... | ..A | ..T | ..T | ..A | ..A | ..A | II, III |
| 1978 (1) | CAT (H) | ... | ... | ... | ... | A.. (N) | A.. (N) | A.. (N) | A.. (N) | A.. (N) | I |
| 2007 (3) | AGT (S) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ..C | IV |
| 2013 (3) | TTC (F) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ..T | IV |
| 2034 (3) | GGA (G) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..G | ..G | ..G | IV |
| 2067 (3) | AAT (N) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ..C | IV |
| 2073 (3) | AGG (R) | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ..A | ..A | ..A | I |
| 2086 (1) | GAT (D) | ... | ..N (X) | ..A (E) | ..A (E) | C.A (Q) | C.A (Q) | ..A (E) | ..A (E) | ..A (E) | II, III |
| 2109 (3) | AAC (N) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ..T | IV |
| 2112 (3) | CCA (P) | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ..C | ..C | ..C | I, II, III, IV |
| 2142 (3) | GAC (D) | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ... | ... | ... | II, III |
| 2184 (3) | GAG (E) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ..A | IV |
| 2199 (3) | GAT (D) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ..C | IV |
| 2235 (3) | ACT (T) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ..A | IV |
| 2237 (2) | TTC (F) | ... | ... | ... | ..G (L) | .A. (Y) | .A. (Y) | .A. (Y) | .A. (Y) | .A. (Y) | I |
| 2259 (3) | CCC (P) | ... | ... | ... | ... | ... | ..T | ... | ... | ... | III |
| 2274 (3) | GTG (V) | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ..A | ..A | ..A | II, III, IV |
| 2325 (3) | CTT (L) | ... | ... | ... | ... | ..N (X) | ..G | ..G | ..G | ..G | I |
| 2370 (3) | GGC (G) | ... | ... | ... | ... | ..G | ..G | ..A | ..A | ..A | I, II, III, IV |
| 2391 (3) | GGA (G) | ... | ... | ... | ... | ..G | ..G | ... | ... | ... | II, III |
| 2406 (3) | AGA (R) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..G | ..G | ..G | IV |
| 2413 (1) | GCA (A) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | C.. (P) | C.. (P) | C.. (P) | IV |
| 2457 (3) | AAT (N) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ..C | IV |
| 2510 (2) | AGA (R) | ... | ... | ... | ... | .A. (K) | .A. (K) | ... | ... | ... | II, III |
| 2541 (3) | GAA (E) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..G | ..G | ..G | IV |
| 2544 (3) | TCC (S) | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ..T | ..T | ..T | I |
| 2550 (3) | GTA (V) | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ..G | ..G | ..G | I, II, III, IV |
| 2559 (3) | GTT (V) | ... | ..N (X) | ..N (X) | ..C | ..G | ..A | ..C | ..C | ..C | III |
| 2583 (3) | AGA (R) | ... | ... | .N. (X) | .A. (K) | CAG (Q) | CAG (Q) | CAG (Q) | NAG (X) | CAG (Q) | I |
| LTA gene | |||||||||||
| 5142 (3) | GTT (V) | ..N (X) | ..G | ..G | ..G | ..C | ..C | ..G | ..G | ..G | II, III |
| 5141 (1) | CTT (L) | ... | ... | ... | ... | T.A | T.A | ..A | ..A | ..A | II, III |
| 5139 (3) | CTT (L) | ... | ... | ... | ... | T.A | T.A | ..A | ..A | ..A | I |
| 5061 (3) | AGA (R) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..G | ..G | ..G | IV |
| 4944 (3) | CAT (H) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ..C | IV |
| 4483 (3) | GAA (E) | ... | ... | ... | ... | ..G | ..G | ... | ... | ... | II, III |
| 4462 (3) | GAA (E) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..G | ..G | ..G | IV |
| 4459 (3) | GAA (E) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..G | ..G | ..G | IV |
| 4444 (3) | TCT (S) | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ..C | ..C | ..C | I |
| 4339 (3) | ACC (T) | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ..T | ..T | ..T | I, II, III, IV |
| 4330 (3) | TGC (C) | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ... | ... | ... | II, III |
| 4315 (3) | ACT (T) | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ..N (X) | ... | ... | II, III, IVa1 |
| 4299 (1) | CAA (Q) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | TT. (L) | TT. (L) | TT. (L) | IV |
| 4298 (2) | CAA (Q) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | TT. (L) | TT. (L) | TT. (L) | IV |
| 4270 (3) | AAA (K) | ... | ... | ... | ... | ..G | ... | ... | ... | ... | II |
| 4153 (3) | ACC (T) | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ..T | ..T | ..T | I |
| 4105 (3) | TAT (Y) | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ..C | ..C | ..C | I |
| 4090 (3) | AGA (R) | ... | ... | ... | ... | ..G | ..G | ... | ... | ... | II, III |
| 4081 (3) | TAC (Y) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ..T | IV |
| 4080 (1) | CAT (H) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | T.. (Y) | T.. (Y) | T.. (Y) | IV |
| 4076 (2) | ACT (T) | ... | ..A | ..A | ..A | .TA (I) | .TA (I) | .TA (I) | .TA (I) | .TA (I) | I |
| 4069 (3) | GAA (E) | ... | ... | ... | ... | ..G | ..G | ..G | ..G | ..G | I |
| 4024 (3) | GAA (E) | ... | ... | ... | ... | ..G | ..G | ..G | ..G | ..G | I |
| 4021 (3) | GAG (E) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ..A | IV |
| 3985 (3) | ATT (I) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ..A | IV |
| 3979 (3) | GAG (E) | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ..A | ..A | ..A | I |
| 3955 (3) | GAG (E) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ..A | IV |
| 3942 (1) | TTA (L) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | C.. | C.. | C.. | IV |
| 3934 (3) | GGT (G) | ... | ... | ... | ... | ..A | ... | ... | ... | ... | II |
| 3916 (3) | CAA (Q) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..G | ..G | ..G | IV |
| 3877 (3) | GAC (D) | ... | ... | ... | ... | ... | ..T | ... | ... | ... | III |
| 3871 (3) | CCT (P) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ..C | IV |
| 3868 (3) | TAT (Y) | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ..C | ..C | ..C | I |
| 3859 (3) | AAG (K) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ..A | IV |
| 3829 (3) | ATT (I) | ... | .C. (T) | .C. (T) | .C. (T) | ... | ... | .CC (T) | .CC (T) | .CC (T) | IV |
| 3781 (3) | GTA (V) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..G | ..G | ..G | IV |
| 3772 (3) | GTT (V) | ... | ... | ... | ... | ... | ..A | ..G | ..G | ..G | III, IV |
| 3757 (3) | AGA (R) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..G | ..G | ..G | IV |
| 3634 (3) | GGT (G) | ... | ... | ... | ... | ..G | ..G | ..A | ..A | ..A | I, II, III, IV |
| 3589 (3) | ATA (I) | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ... | ... | ... | II, III |
| 3580 (3) | TTT (F) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ..C | IV |
| 3579 (1) | TTG (L) | ... | ... | ... | ... | C.T | C.T | C.. | C.. | C.. | I |
| 3577 (3) | TTG (L) | ... | ... | ... | ... | C.T | C.T | C.. | C.. | C.. | II, III |
| 3570 (1) | ATT (I) | ... | ... | ... | ... | G.. (V) | G.. (V) | ... | ... | ... | II, III |
| 3511 (3) | GGA (G) | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ... | ... | ... | II, III |
| 3501 (1) | CTA (L) | ... | ... | ... | ... | T.. | T.. | ... | ... | ... | II, III |
| 3481 (3) | GAT (D) | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ... | ... | ... | II, III |
| 3478 (3) | TTG (L) | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ..A | ..A | ..A | I |
| 3469 (3) | GGT (G) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ..C | IV |
| 3454 (3) | GTA (V) | ... | ... | ... | ... | ..N (X) | ... | ..T | ..N (X) | ..G | IVa |
| 3451 (3) | AAC (N) | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ..T | ..T | ..T | I |
| 3450 (1) | CTA (L) | ... | ... | ... | ... | T.. | T.. | T.. | T.. | T.. | I |
| 3430 (3) | ACC (T) | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ..T | ..T | ..T | I |
| 3421 (3) | CTA (L) | ... | ... | ... | ... | ..G | ..G | ..G | ..G | ..G | I |
| 3409 (3) | ATA (I) | ... | ... | ... | ... | ... | ..T | ... | ... | ... | III |
| 3400 (3) | TAC (Y) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ..T | IV |
| 3376 (3) | AAA (K) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..G | ..G | ..G | IV |
| 3303 (1) | TTA (L) | ... | ... | ... | ... | C.. | C.. | ... | ... | ... | II, III |
| 3265 (3) | CAT (H) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ..C | IV |
| 3250 (3) | ACC (T) | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ... | ... | ... | II, III |
| 3232 (3) | GGC (G) | ... | ... | ... | ... | ..N (X) | ..G | ..T | ..T | ..T | I, IV |
| 3229 (3) | TTG (L) | ... | C.. | C.. | ... | ..A | ..A | ..A | ..A | ..A | I |
| 3202 (3) | CCT (P) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ..C | IV |
| 3195 (1) | CTG (L) | ... | ... | ... | ... | ... | ..T | T.. | T.. | T.. | IV |
| 3193 (3) | CTG (L) | ... | ... | ... | ... | ... | ..T | T.. | T.. | T.. | III |
| 3157 (3) | CCC (P) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ..T | IV |
| 3139 (3) | AAA (K) | ... | ... | ... | ... | ..G | ..G | ... | ... | ... | II, III |
| 3135 (1) | TTA (L) | ... | ... | ... | ... | ..G | C.G | C.G | C.G | C.G | I, II/III, IV |
| 3133 (3) | TTA (L) | ... | ... | ... | ... | ..G | C.G | C.G | C.G | C.G | I |
| 3124 (3) | TCA (S) | ... | ... | ... | ... | ... | ..T | ... | ... | ... | III |
| 3121 (3) | GAG (E) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ..A | IV |
| 3081 (1) | TTG (L) | ... | ... | ... | ..A | C.T | C.T | ... | ... | ... | II, III |
| 3079 (3) | TTG (L) | ... | ... | ... | ..A | C.T | C.T | ... | ... | ... | Ic, II, III |
| 3070 (3) | CTG (L) | ... | ... | ... | ... | ... | ..A | ... | ... | ... | III |
| 3058 (3) | TTT (F) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ..C | IV |
| 3039 (1) | GCA (A) | ... | ... | ... | ... | T.. (S) | T.. (S) | ... | ... | ... | II, III |
| 3036 (1) | ACT (T) | ..N (X) | ..A | ..A | ..A | .AA (K) | .AA (K) | CAA (Q) | CAA (Q) | CAA (Q) | IV |
| 3035 (2) | ACT (T) | ..N (X) | ..A | ..A | ..A | .AA (K) | .AA (K) | CAA (Q) | CAA (Q) | CAA (Q) | I |
| 3025 (3) | CAA (Q) | ... | ... | ... | ... | ..G | ..G | ..G | ..G | ..G | I |
| 2920 (3) | ATT (I) | ..N (X) | ..C | ..N (X) | ..C | ... | ... | ..A | ..A | ..A | IV |
| 2809 (3) | TCC (S) | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ... | ... | ... | II, III |
| 2808 (1) | CAA (Q) | ... | ... | ... | ... | ... | G.. (E) | ... | ... | ... | III |
| 2802 (1) | TCA (S) | ... | .N. (X) | ... | ... | — (-)f | — (-)f | GT. (V) | CT. (L) | CT. (L) | I,II, III |
| 2791 (3) | CAT (H) | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ... | ... | ... | II, III |
| 2788 (3) | AGT (S) | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ... | ... | ... | II, III |
| Small t antigen genee | |||||||||||
| 4878 (3) | ACC (T) | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ... | ... | ... | II, III |
| 4877 (1) | CTG (L) | ... | ... | ... | ... | T.. | T.. | ... | ... | ... | II, III |
| 4836 (3) | TCT (S) | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ..A | ..A | ..A | I |
| 4830 (3) | CAC (H) | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ... | ... | ... | II, III |
| 4806 (3) | CTT (L) | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ..A | ..A | ..A | I |
| 4797 (3) | AGG (R) | ... | ... | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ..A | IV |
| 4764 (3) | CCC (P) | ... | ... | ... | ... | ..A | ..A | ... | ... | ... | II, III |
| 4734 (3) | GAC (D) | ... | ... | ... | ... | ..T | ..T | ... | ... | ... | II, III |
| 4726 (2) | ACA (T) | ... | ... | ... | ... | .G. (R) | ... | ... | ... | ... | II |
| 4704 (3) | CTA (L) | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ... | ... | ... | II, III |
| 4692 (3) | ACT (T) | ... | ... | ... | ... | ..C | ..C | ... | ... | ... | II, III |
a
Nucleotide position using the Seif convention as applied to the BKV Dunlop strain (accession no. V01108). The number in parentheses indicates the position of this nucleotide in the corresponding codon.
b
Nucleotides corresponding to the BKV Dunlop strain at the specified position. The coded amino acid is indicated in parentheses.
c
Alphanumeric designations indicate BKV subtypes. Dots indicate nucleotide homology with Dunlop strain sequence. Any change in coded amino acid is indicated in parentheses.
d
Genotype assignment corresponding to the SNP in question.
e
Nucleotides (Dunlop numbering) 4911 to 4635, which are unique to the small t antigen gene.
f
The solid dash indicates a nucleotide deletion.