TABLE 3.

Primer sequences utilized for reporter constructs and qPCR

Construct	Gene(s)	Primer set sequence for:
		lux reporter (promoter)a	qPCRb
pJW1	cpxP	5′-CGGAATTCCGGCAGCGGTAACTATGCGC-3′	5′-GGCATCCGGGTGAAGAACTT-3′
		5′-CGGGATCCGGGAAGTCAGCTCTCGGTC-3′	5′-AACTTATGCCGTCGAACATATGG-3′
pJW2	cpxRA	5′-CGGAATTCCGGCAGCGGTAACTATGCGC-3′	NA
		5′-CGGGATCCGGGAAGTCAGCTCTCGGTC-3′
pNLP11	degP	5′-GGAATTCCCGCCATCGGCTGGCCTATGT-3′	5′-TGCACCGATGCTCGAAAA-3′
		5′-CGGATCCGAGAGCCAGTGCACTCAGTGCT-3′	5′-CGGTTGTGCTACCTTCTACGTTAAT-3′
pNLP12	rdoA-dsbA	5′-GGAATTCCACGTCTGAATGAAGTTATTGAACT-3′	NA
		5′-CGGATCCGAGTAAAAGCGCTGTTATTCATCC-3′
pNLP13	ppiA	5′-GGAATTCCTATGCCAGGCGGCGATTTTAG-3′	NA
		5′-CGGATCCGATCGCCGCCAGGGTCGATTT-3′
pNLP15	spy	5′-CGGGATCCCGCGGTAGTGGTGTCTGC-3′	NA
		5′-GGAATTCCTTGCTTTCTTATAAATTAATACAG-3′
pNLP16	motAB-cheAW	5′-GGAATTCCTGGACATTGGTGCGGTTTGTT-3′	NA
		5′-CGGATCCGAACTGTACCGAGAACAACCAG-3′
pNLP17	tsr	5′-GGAATTCCAGTTGGCCGAAGCCGTTCTA-3′	NA
		5′-CGGATCCGCCAGCAGTAAGCTGGTCACA-3′
pNLP19	rpoE-rseABC	5′-GGAATTCCCTCTTCAGGCAGTTAAATGGG-3′	NA
		5′-CGGATCCGAAGGCTTTCTGATCTCCCTTC-3′
pNLP20	ompC	5′-GGAATTCCGATTGCTGGAAATTATGCGGATG-3′	5′-CCTACATGCGTCTTGGCTTCA-3′
		5′-CGGATCCGAAACTTCAGCAGCGTTTGCTGC-3′	5′-ATATTCCCACTGGCCGTAACC-3′
pNLP21	secA	5′-GGAATTCCGCACGGTAATCCGTCATCTTT-3′	5′-GGATGCGCAAAGTGGTCAA-3′
		5′-CGGATCCGCGATCGTTACGACTACCGAAA-3′	5′-TCGTCGGAGAGTTTTTCCATCT-3′
pNLP22	aer	5′-GGAATTCCTGCACGGTTTTTGTCGGGTAT-3′	NA
		5′-CGGATCCGGGGTATTTTGCTGGGTGACAT-3′
pNLP23	ung	5′-GGAATTCCTGCCTCCCCGGCAAAATTATT-3′	5′-TCGGCCAGGATCCTTATCAC-3′
		5′-CGGATCCGTAGGGTTGCTGCTTCTCTTCA-3′	5′-CGGGACGAACGGAAAATG-3′
pNLP24	aroK	5′-GGAATTCCCTGGTTCGGGCAATTATTTCG-3′	5′-AGTTAGCTCAACAACTCAATATGGAA-3′
		5′-CGGATCCGGGCCCAACCAGAAAGATATTG-3′	5′-CATCAGCTCCGGTTCGTTTC-3′
pNLP25	mviM	5′-GGAATTCCAAGATGGTCCTTTTGTGGTGC-3′	5′-CCTACGCGCGCGAAAG-3′
		5′-CGGATCCGAATGCCACCTAATCCCACTAC-3′	5′-ACGAATCGGCATAAGGAATGC-3′
pNLP26	psd	5′-CCTCGAGGTTGCAAACACGATACCGATCC-3′	NA
		5′-GGAATTCCTTCGGCAGAATGTACTGTAGC-3′
pNLP35	ppiD	5′-GGAATTCCGGATGATGTAGCACTGGTAGG-3′	5′-GCAATTCGAGAACGCCTTCA-3′
		5′-CGGATCCGACTGTTTGCAGCCGTGCGTAA-3′	5′-GAGTATTGATCGCCCAGCTGTT-3′
pNLP43	ompF	5′-GGAATTCCTGATTCCGTTCCCACGTACT-3′	5′-GCGCAATATTCTGGCAGTGA-3′
		5′-CGGATCCGCACTGCCAGAATATTGCGCT-3′	5′-TATAGATTTCTGCAGCGTTTGC3A-3′
pNLP49	acrD	5′-GGAATTCCAATGCGATGAAGCACGCCAA-3′	NA
		5′-CGCGGATCCAATGGGGCGATCAATAAAGA-3′
pNLP50	mdtA	5′-GGAATTCCGCTTCATCATGACCCTTTCC-3′	NA
		5′-CGGATCCGCGATAACCACCACGATTACG-3′
pNLP54	ycfS	5′-GGAATTCTGGTGATCGAATTTGCCGAGA-3′	NA
		5′-CGGATCCACGTTAGCCAGCGAGAAAAAC-3′
pNLP55	csgBAC	5′-GGAATTCCATTAAACATGATGAAACCCCGC-3′	5′-CTTCATTTAATCAGGCAGCCATAA-3′
		5′-CGGATCCGAGGCGCACCCAGTATTGTTAA-3′	5′-CCCTGCCGTAACTGAGCACTAT-3′
pNLP56	csgDEFG	5′-GGAATTCCAGGCGCACCCAGTATTGTTA-3′	NA
		5′-TGGATCCCATTAAACATGATGAAACCCCGC-3′
pNLP57	ftnB	5′-GGAATTCCAACAAGATACAAAAAGCACTATC-3′	NA
		5′-CGGATCCTTGAGAAGCATTCCAGCGGTT-3′
pNLP58	yccA	5′-GGAATTCCCACGCTATCAATGCACTTTTG-3′	NA
		5′-GGGATCCTGATGTACGGTCATGTGAAGAAC-3′
pNLP59	ydeH	5′-GGAATTCTAGAAGATGGCTATCGCGGAA-3′	NA
		5′-AGGATCCCAGATGGCATCAATTTCCGTT-3′
pNLP60	yqjA	5′-GGAATTCCTACCGTCGATAACTGGTGTG-3′	NA
		5′-CGGATCCGGCTTGCAGCAATTGGGTCAA-3′
pNLP61	efeU	5′-GGAATTCTGATAATCGCGGATGGACGAA-3′	NA
		5′-CGGATCCGAAACATGCCACCCACCCTTA-3′
pNLP62	aroG	5′-GGAATTCCGATGCTCCTGTTATGGTCGT-3′	NA
		5′-CGGATCCGATGCGACAGGAGGAAGTAAC-3′
pNLP63	ybaJ	5′-GGAATTCCGAACCACCAACTCAGGATCT-3′	NA
		5′-CGGATCCGTAAGCTGTGCGATATCATGT-3′
pNLP64	yebE	5′-GGAATTCCATTCGATTGACTGTTGGCGG-3′	NA
		5′-TGGATCCAGTTGATTTAACCAGTTAGCC-3′

^aUnderlined sequences refer to BamHI, EcoRI, or XhoI sites.

^bNA, nonapplicable; these genes were omitted from the qPCR testing.