Table 2.

SP scores for ClustalW, T-Coffee, MSAM and MSAM-H on substitution rates of 0.2

subrate	l = 200		l = 400		l = 800		l = 1000
indel	0.001	0.005	0.001	0.005	0.001	0.005	0.001	0.005
Clustal	0.441	0.286	0.332	0.272	0.350	0.205	0.372	0.173
T-Coffee	0.305	0.247	0.186	0.220	0.262	0.181	0.289	0.153
POY	0.448	0.277	0.458	0.264	0.388	0.245	0.445	0.212
MSAM-H	0.456	0.264	0.269	0.222	0.178	0.168	0.274	0.133
MSAM	0.522	0.290	0.289	0.248	0.192	0.183	0.291	0.146