TABLE 3.
Allelic diversity at each locus among the 100 SB0120 panel
| Locus | No. of isolates with MIRU-VNTR allele:
|
Allelic diversity (h) | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | >18 | ||
| MIRU 4/ETR-D | 100 | 0.00 | ||||||||||||||||||
| MIRU 10 | 100 | 0.00 | ||||||||||||||||||
| MIRU 39 | 100 | 0.00 | ||||||||||||||||||
| ETR-C | 100 | 0.00 | ||||||||||||||||||
| MIRU 2 | 99 | 1 | 0.01 | |||||||||||||||||
| MIRU 40 | 1 | 98 | 1 | 0.03 | ||||||||||||||||
| MIRU 20 | 3 | 97 | 0.05 | |||||||||||||||||
| MIRU 23 | 1 | 1 | 95 | 3 | 0.09 | |||||||||||||||
| QUB18/VNTR 1982 | 3 | 95 | 2 | 0.09 | ||||||||||||||||
| QUB23 | 1 | 2 | 95 | 1 | 1 | 0.09 | ||||||||||||||
| QUB5/MIRU 27 | 1 | 95 | 4 | 0.09 | ||||||||||||||||
| MIRU 24 | 1 | 94 | 3 | 1 | 1 | 0.11 | ||||||||||||||
| MIRU 16 | 5 | 92 | 3 | 0.14 | ||||||||||||||||
| MIRU 31/ETR-E | 85 | 15 | 0.25 | |||||||||||||||||
| QUB1895/VNTR 1895 | 6 | 9 | 84 | 1 | 0.28 | |||||||||||||||
| QUB15 | 7 | 5 | 82 | 6 | 0.31 | |||||||||||||||
| QUB11b | 9 | 10 | 81 | 0.32 | ||||||||||||||||
| QUB26 | 6 | 3 | 80 | 11 | 0.34 | |||||||||||||||
| MIRU 26 | 1 | 1 | 14 | 79 | 5 | 0.35 | ||||||||||||||
| QUB11a | 2 | 4 | 2 | 4 | 8 | 78 | 1 | 1 | 0.37 | |||||||||||
| ETR-A | 39 | 61 | 0.47 | |||||||||||||||||
| VNTR 3232 | 5 | 3 | 67 | 14 | 10 | 1 | 0.51 | |||||||||||||
| VNTR 3336 | 1 | 1 | 1 | 1 | 8 | 1 | 5 | 16 | 57 | 3 | 1 | 1 | 2 | 2 | 0.63 | |||||
| ETR-B | 21 | 36 | 43 | 0.64 | ||||||||||||||||