TABLE 4.

Pairwise p-distances (below diagonal) and standard errors (above diagonal) among homologous domains of CRs from all types of mtDNA genomes

Genome (length in bp)	F-ed	M-ed	C-ga_I	C-ga_II	C-ga_III	C-ga_IV	M-tr	F-tr_M-like	F-tr_F-like	F-ca	M-ca
VD1 domain
F-ed (654)		0.021	0.007	0.027	0.026	0.026	0.022	0.023	0.018	0.021	0.029
M-ed (490)	0.480		0.021	0.013	0.014	0.013	0.022	0.023	0.022	0.024	0.033
C-ga_I (654)	0.032	0.472		0.027	0.027	0.026	0.022	0.023	0.018	0.021	0.029
C-ga_II (314)	0.451	0.067	0.435		0.003	0.000	0.027	0.029	0.027	0.031	0.048
C-ga_III (313)	0.453	0.071	0.436	0.003		0.003	0.027	0.029	0.028	0.031	0.048
C-ga_IV (316)	0.455	0.067	0.439	0.000	0.003		0.026	0.029	0.027	0.031	0.047
M-tr (472)	0.518	0.423	0.511	0.355	0.356	0.356		0.019	0.022	0.022	0.036
F-tr_M-like (478)	0.487	0.445	0.494	0.387	0.385	0.384	0.216		0.023	0.023	0.035
F-tr_F-like (622)	0.320	0.485	0.329	0.472	0.474	0.476	0.527	0.524		0.021	0.029
F-ca (550)	0.427	0.582	0.438	0.608	0.606	0.610	0.581	0.571	0.484		0.026
M-ca (263)	0.387	0.563	0.391	0.563	0.559	0.570	0.562	0.586	0.480	0.313
CD domain
F-ed (368)		0.007	0.010	0.010	0.010	0.010	0.022	0.021	0.025	0.025	0.026
M-ed (367)	0.016		0.008	0.008	0.008	0.008	0.022	0.021	0.025	0.025	0.026
C-ga_I (367)	0.041	0.030		0.003	0.003	0.003	0.022	0.021	0.025	0.025	0.025
C-ga_II (367)	0.038	0.027	0.003		0.000	0.000	0.022	0.021	0.025	0.025	0.025
C-ga_III (367)	0.038	0.027	0.003	0.000		0.000	0.022	0.021	0.025	0.025	0.025
C-ga_IV (367)	0.038	0.027	0.003	0.000	0.000		0.022	0.021	0.025	0.025	0.025
M-tr (358)	0.242	0.240	0.237	0.234	0.234	0.234		0.012	0.025	0.025	0.026
F-tr_M-like (365)	0.235	0.230	0.224	0.221	0.221	0.221	0.056		0.024	0.025	0.026
F-tr_F-like (313)	0.291	0.294	0.292	0.295	0.295	0.295	0.263	0.261		0.027	0.029
F-ca (373)	0.341	0.336	0.345	0.342	0.342	0.342	0.342	0.324	0.409		0.024
M-ca (335)	0.317	0.317	0.320	0.317	0.317	0.317	0.350	0.352	0.404	0.257
VD2 domain
F-ed (137)		0.048	0.044	0.044	0.044	0.017	0.040	0.040	0.041	0.041	0.053
M-ed (71)	0.194		0.028	0.028	0.028	0.048	0.052	0.052	0.060	0.059	0.083
C-ga_I (68)	0.162	0.060		0.000	0.000	0.042	0.051	0.051	0.059	0.059	0.081
C-ga_II (68)	0.162	0.060	0.000		0.000	0.042	0.051	0.051	0.059	0.059	0.081
C-ga_III (68)	0.162	0.060	0.000	0.000		0.042	0.051	0.051	0.059	0.059	0.081
C-ga_IV (133)	0.046	0.194	0.134	0.134	0.134		0.040	0.039	0.042	0.041	0.054
M-tr (243)	0.321	0.246	0.242	0.242	0.242	0.304		0.030	0.041	0.043	0.053
F-tr_M-like (134)	0.328	0.242	0.239	0.239	0.239	0.288	0.152		0.042	0.041	0.053
F-tr_F-like (137)	0.359	0.431	0.409	0.409	0.409	0.392	0.445	0.447		0.043	0.053
F-ca (184)	0.382	0.387	0.397	0.397	0.397	0.378	0.402	0.375	0.469		0.049
M-ca (97)	0.465	0.344	0.313	0.313	0.313	0.457	0.512	0.446	0.465	0.385