Table 2. Strains used in this study (Genotyping data)1.
Sample ID2 | canSNP group3 | A.Br.WNA4 | wna237471 | wna1141774 | wna2994131 | wna3368524 | wna3631093 | wna3682247 | wna3732539 | wna3774186 | wna4461234 | wna4718500 |
A1055 | C.Br.A1055 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A1065 | C.Br.A1055 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A2051 | B.Br.001/002 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A2052 | B.Br.001/002 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A0394 | A.Br.001/002 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A1115 | A.Br.001/002 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A1117 | A.Br.001/002 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A2012 | A.Br.Ames | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A0169 | A.Br.001/002 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A0517 | A.Br.001/002 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A0248 | A.Br.Aust94 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A1057 | A.Br.Aust94 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A1056 | A.Br.003/004 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A0078 | A.Br.Vollum | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A0156 | A.Br.Vollum | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A1058 | A.Br.Vollum | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A1062 | A.Br.Vollum | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A1063 | A.Br.Vollum | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A0032 | A.Br.008/009 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A0033 | A.Br.008/009 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A0149 | A.Br.008/009 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A0241 | A.Br.008/009 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A0245 | A.Br.008/009 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A0264 | A.Br.008/009 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A0280 | A.Br.008/009 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A0324 | A.Br.008/009 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A0343 | A.Br.008/009 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A0362 | A.Br.008/009 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A0417 | A.Br.008/009 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A0463 | A.Br.008/009 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A0480 | A.Br.008/009 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A0596 | A.Br.008/009 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A0604 | A.Br.008/009 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A0610 | A.Br.008/009 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
A0669 | A.Br.008/009 | A | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
2000031001 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
2000031006 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | A | G | T | C | G | A |
2000031036 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2000031764 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2000031765 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2000031766 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2000031767 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2000031770 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2000031774 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2000032818 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2000032819 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2000032820 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | ? |
2000032821 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2000032822 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2000032826 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2000032828 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2000032829 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2000032831 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2000032832 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2000032833 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | A | G | T | C | G | A |
2000032834 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2000032888 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2000032989 | A.Br.WNA | G | T | C | C | A | G | G | T | T | G | G |
2000032990 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2000032993 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2000032994 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2000032995 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2000032996 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2000032997 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013003 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013004 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013007 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013008 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013009 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013010 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013011 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013012 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013013 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013014 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013015 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013016 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013017 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013019 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013020 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013021 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013022 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013023 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013024 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013025 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013026 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013027 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013028 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013029 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013030 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013031 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013032 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013033 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013034 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013035 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013053 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013054 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013055 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013056 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013057 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013058 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013059 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013063 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013064 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013065 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013068 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013070 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
2002013083 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013086 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002013098 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
2002721542 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | A | G | T | C | G | A |
2002734033 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | A | G | T | C | G | A |
A0055 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0056 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0057 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0071 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | A | C | C | A | A |
A0072 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | A | T | C | A | A |
A0073 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | A | C | C | A | A |
A0074 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | A | C | C | A | A |
A0075 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | A | C | C | A | A |
A0076 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0117 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | A | G | T | C | G | A |
A0130 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | A | C | C | A | A |
A0142 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0143 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | A | G | T | T | G | A |
A0144 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0157 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0162 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0163 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0165 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0166 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0167 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0168 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0170 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0171 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0172 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0173 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | A | G | T | T | G | A |
A0174 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | A | G | T | T | G | A |
A0175 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0176 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0177 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0178 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0179 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0180 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | A | G | T | T | G | A |
A0181 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0182 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0192 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0193 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | A | G | T | C | G | A |
A0194 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | A | G | T | T | G | A |
A0195 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0197 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0198 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0246 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | A | G | T | C | G | A |
A0268 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0295 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0296 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0297 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0300 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0301 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | A | G | T | T | G | A |
A0302 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | A | G | T | T | G | A |
A0303 | A.Br.WNA | A5 | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0304 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0305 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0306 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0307 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0308 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0309 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0310 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0311 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0312 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0313 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0369 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0374 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | A | G | T | C | G | A |
A0377 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0383 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | A | G | T | C | G | A |
A0392 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0393 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0395 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0396 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0397 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0398 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0407 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0408 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0409 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0410 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0418 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0444 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0445 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0486 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0520 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0526 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A0767 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0768 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0770 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0771 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0772 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0773 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0774 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0775 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0776 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0777 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
A0778 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | G | G | T | T | G | G |
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A1139 | A.Br.WNA | G | G | T | C | C | A | G | T | C | G | A |
A2014 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A2015 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
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A3470 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
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A3476 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A3477 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
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A3480 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A3481 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A3482 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
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A3489 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A3490 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A3491 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A3492 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A3493 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A3494 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A3495 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A3496 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A3497 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A3498 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A3499 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A3500 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
A3501 | A.Br.WNA | G | G | T | G | C | A | G | T | C | G | A |
Genotyping data are presented as the SNP state at the particular locus. Each locus is presented with reference to the genome position in the Ancestral Ames strain (GenBank ID: AE017334).
Sample IDs with “A” numbers indicate isolates for which we have live culture. Sample IDs bearing a 10-digit number are from an historical strain collection maintained by the Center for Disease Control and Prevention.
Canonical SNP groups as defined in Van Ert et al. (2007).
The A.Br.WNA canonical SNP was also definied in Van Ert et al. (2007).
Rules of parsimony place this isolate (A0303) in the A.Br.WNA group. This single data point is homoplastic.