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. 2009 Mar 13;4(3):e4813. doi: 10.1371/journal.pone.0004813

Table 2. Strains used in this study (Genotyping data)1.

Sample ID2 canSNP group3 A.Br.WNA4 wna237471 wna1141774 wna2994131 wna3368524 wna3631093 wna3682247 wna3732539 wna3774186 wna4461234 wna4718500
A1055 C.Br.A1055 A T C C A G G T T G G
A1065 C.Br.A1055 A T C C A G G T T G G
A2051 B.Br.001/002 A T C C A G G T T G G
A2052 B.Br.001/002 A T C C A G G T T G G
A0394 A.Br.001/002 A T C C A G G T T G G
A1115 A.Br.001/002 A T C C A G G T T G G
A1117 A.Br.001/002 A T C C A G G T T G G
A2012 A.Br.Ames A T C C A G G T T G G
A0169 A.Br.001/002 A T C C A G G T T G G
A0517 A.Br.001/002 A T C C A G G T T G G
A0248 A.Br.Aust94 A T C C A G G T T G G
A1057 A.Br.Aust94 A T C C A G G T T G G
A1056 A.Br.003/004 A T C C A G G T T G G
A0078 A.Br.Vollum A T C C A G G T T G G
A0156 A.Br.Vollum A T C C A G G T T G G
A1058 A.Br.Vollum A T C C A G G T T G G
A1062 A.Br.Vollum A T C C A G G T T G G
A1063 A.Br.Vollum A T C C A G G T T G G
A0032 A.Br.008/009 A T C C A G G T T G G
A0033 A.Br.008/009 A T C C A G G T T G G
A0149 A.Br.008/009 A T C C A G G T T G G
A0241 A.Br.008/009 A T C C A G G T T G G
A0245 A.Br.008/009 A T C C A G G T T G G
A0264 A.Br.008/009 A T C C A G G T T G G
A0280 A.Br.008/009 A T C C A G G T T G G
A0324 A.Br.008/009 A T C C A G G T T G G
A0343 A.Br.008/009 A T C C A G G T T G G
A0362 A.Br.008/009 A T C C A G G T T G G
A0417 A.Br.008/009 A T C C A G G T T G G
A0463 A.Br.008/009 A T C C A G G T T G G
A0480 A.Br.008/009 A T C C A G G T T G G
A0596 A.Br.008/009 A T C C A G G T T G G
A0604 A.Br.008/009 A T C C A G G T T G G
A0610 A.Br.008/009 A T C C A G G T T G G
A0669 A.Br.008/009 A T C C A G G T T G G
2000031001 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
2000031006 A.Br.WNA G G T C C A G T C G A
2000031036 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2000031764 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2000031765 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2000031766 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2000031767 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2000031770 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2000031774 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2000032818 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2000032819 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2000032820 A.Br.WNA G G T G C A G T C G ?
2000032821 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2000032822 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2000032826 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2000032828 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2000032829 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2000032831 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2000032832 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2000032833 A.Br.WNA G G T C C A G T C G A
2000032834 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2000032888 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2000032989 A.Br.WNA G T C C A G G T T G G
2000032990 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2000032993 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2000032994 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2000032995 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2000032996 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2000032997 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013003 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013004 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013007 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013008 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013009 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013010 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013011 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013012 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013013 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013014 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013015 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013016 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013017 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013019 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013020 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013021 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013022 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013023 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013024 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013025 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013026 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013027 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013028 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013029 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013030 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013031 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013032 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013033 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013034 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013035 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013053 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013054 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013055 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013056 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013057 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013058 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013059 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013063 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013064 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013065 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013068 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013070 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
2002013083 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013086 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002013098 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
2002721542 A.Br.WNA G G T C C A G T C G A
2002734033 A.Br.WNA G G T C C A G T C G A
A0055 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0056 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0057 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0071 A.Br.WNA G G T G C A A C C A A
A0072 A.Br.WNA G G T G C A A T C A A
A0073 A.Br.WNA G G T G C A A C C A A
A0074 A.Br.WNA G G T G C A A C C A A
A0075 A.Br.WNA G G T G C A A C C A A
A0076 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0117 A.Br.WNA G G T C C A G T C G A
A0130 A.Br.WNA G G T G C A A C C A A
A0142 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0143 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0144 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0157 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0162 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0163 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0165 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0166 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0167 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0168 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0170 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0171 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0172 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0173 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0174 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0175 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0176 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0177 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0178 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0179 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0180 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0181 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0182 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0192 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0193 A.Br.WNA G G T C C A G T C G A
A0194 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0195 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0197 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0198 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0246 A.Br.WNA G G T C C A G T C G A
A0268 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0295 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0296 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0297 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0300 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0301 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0302 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0303 A.Br.WNA A5 G T C C G G T T G G
A0304 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0305 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0306 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0307 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0308 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0309 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0310 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0311 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0312 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0313 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0369 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0374 A.Br.WNA G G T C C A G T C G A
A0377 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0383 A.Br.WNA G G T C C A G T C G A
A0392 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0393 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0395 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0396 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0397 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0398 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0407 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0408 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0409 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0410 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0418 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0444 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0445 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0486 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0520 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0526 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0767 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0768 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0770 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0771 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0772 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0773 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0774 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0775 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0776 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0777 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0778 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0779 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0780 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0782 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0783 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0784 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0785 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0786 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0788 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0791 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0792 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0793 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0794 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0795 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0796 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0797 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0798 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0799 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0800 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0801 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0802 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0803 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0804 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0805 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0806 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0807 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0808 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0809 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0810 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0812 A.Br.WNA G G T C C A G T T G A
A0913 A.Br.WNA G G T C C A G T C G A
A0917 A.Br.WNA G G T C C A G T C G A
A0948 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0949 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0950 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0951 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0952 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0953 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0954 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0955 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0956 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0957 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0958 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0959 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0960 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0961 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0962 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0963 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0964 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0965 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0966 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0967 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0968 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0969 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0970 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0971 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0972 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0973 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0974 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0975 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0976 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0977 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0978 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0979 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0980 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0981 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0982 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0983 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0984 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0985 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0988 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0989 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0990 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0991 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0993 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0994 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0995 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0996 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0997 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A0998 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A0999 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1000 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1001 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1002 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1003 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1004 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1005 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1006 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1007 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1008 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1009 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1010 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1011 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1012 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1013 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1014 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1015 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1016 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1017 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1018 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1019 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1020 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1021 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1022 A.Br.WNA G G T C C G G T T G G
A1023 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1024 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1025 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1026 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1027 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1028 A.Br.WNA G G T C C A G T C G A
A1029 A.Br.WNA G G T C C A G T C G A
A1030 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1031 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1040 A.Br.WNA G G T C C A G T C G A
A1041 A.Br.WNA G G T C C A G T C G A
A1042 A.Br.WNA G G T C C A G T C G A
A1047 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1118 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1119 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1120 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1121 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1122 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1123 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1124 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1125 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1126 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1127 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1128 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1129 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1130 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1131 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1132 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1133 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1134 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1135 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A1137 A.Br.WNA G G T C C A G T C G A
A1138 A.Br.WNA G G T C C A G T C G A
A1139 A.Br.WNA G G T C C A G T C G A
A2014 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A2015 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3455 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3456 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3457 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3458 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3459 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3460 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3461 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3462 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3463 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3464 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3465 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3466 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3467 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3468 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3469 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3470 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3471 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3472 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3473 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3474 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3475 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3476 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3477 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3478 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3479 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3480 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3481 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3482 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3483 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3484 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3485 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3486 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3487 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3488 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3489 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3490 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3491 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3492 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3493 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3494 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3495 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3496 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3497 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3498 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3499 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3500 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
A3501 A.Br.WNA G G T G C A G T C G A
1

Genotyping data are presented as the SNP state at the particular locus. Each locus is presented with reference to the genome position in the Ancestral Ames strain (GenBank ID: AE017334).

2

Sample IDs with “A” numbers indicate isolates for which we have live culture. Sample IDs bearing a 10-digit number are from an historical strain collection maintained by the Center for Disease Control and Prevention.

3

Canonical SNP groups as defined in Van Ert et al. (2007).

4

The A.Br.WNA canonical SNP was also definied in Van Ert et al. (2007).

5

Rules of parsimony place this isolate (A0303) in the A.Br.WNA group. This single data point is homoplastic.