TABLE 2.

Primer and probe sequences used for RT-PCR and macroarray hybridization

Name	Sequence	Position in CCHF virus strain 10200 (U88410)
Primers
CC1a_for	5′-GTGCCACTGATGATGCACAAAAGGATTCCATCT	210-242
CC1b_for	5′-GTGCCACTGATGATGCACAAAAGGATTCTATCT	210-242
CC1c_for	5′-GTGCCACTGATGATGCACAAAAGGACTCCATCT	210-242
CC1a_rev	5′-GTGTTTGCATTGACACGGAAACCTATGTC	489-461
CC1b_rev	5′-GTGTTTGCATTGACACGGAAGCCTATGTC	489-461
CC1c_rev	5′-GTGTTTGCATTGACACGGAAACCTATATC	489-461
Probes
CCHF-01	5′-CAACAGGCTGCTCTCAAGTGGAG	434-456
CCHF-02	5′-CCAGCAGGCTGCTCTCAAGTGG	434-456
CCHF-03	5′-CCAACAAGCTGCCTTGAAATGG	434-456
CCHF-04	5′-CCAACAGGCTGCCTTGAAATGG	434-456
CCHF-05	5′-CCAACAGGCTGCTCTAAAGTGGAG	434-456
CCHF-06	5′-CCAACAAGCTGCCTTGAAGTGG	434-456
CCHF-07	5′-CAGCAGGCTGCTCTCAAGTGG	434-456
CCHF-08	5′-CAGCAGGCCGCTCTCAAGTG	434-456
CCHF-09	5′-CAACAGGCTGCTCTCAAATGGAG	434-456
CCHF-10	5′-CCAACATGCTGCTCTCAAGTGGA	434-456
CCHF-11	5′-AGCAAGCTGCCCTCAAGTGGA	434-456
CCHF-12	5′-TCAACAGGCTGCTCTAAAGTGGAGA	434-456
CCHF-13	5′-AGCAGGCAGCCCTCAAGTGG	434-456
CCHF-14	5′-CAACAAGCCGCCTTAAAGTGGAG	434-456
CCHF-15	5′-CAACAAGCCGCCTTGAAGTGG	434-456
CCHF-16	5′-CAACAGGCTGCCTTGAAGTGGA	434-456
CCHF-17	5′-CAACAGGCTGCTTTGAAATGGAG	434-456
CCHF-18	5′-CCAGCAGGCTGCTCTGAAGTG	434-456
CCHF-19	5′-CCAGCAGGCTGCTCTAAAGTGG	434-456
CCHF-20	5′-GCAGGCCGCCCTCAAGTG	434-456