Skip to main content
. 2009 Mar 10;10(3):1013–1030. doi: 10.3390/ijms10031013

Table S2.

Parameters for bi-exponential curves A exp(t/τ1) + B exp(t/τ2) + C fitted to the average solvent-accessible surface area of backbone C=0 atoms over time for each forcefield model and starting conformation.

model conf A (nm2) B (nm2) C (nm2) τ1(ns) τ2 (ns)
ff94 0 0.314 ±0.06 0.263 ±0.101 19.46 ± 0.147 13.20 ±1.22 191.22 ±57.71
1 0.127 0.06 0.422 0.054 19.50 0.008 1.85 1.44 36.41 2.56
2 0.135 1.64 0.242 1.525 19.56 0.135 36.17 25.43 92.36 105.64
3 0.127 0.09 0.281 0.084 19.22 0.015 9.12 1.18 55.98 5.99
4 0.220 0.12 0.382 0.051 19.90 0.105 18.18 2.49 135.26 42.12
5 −0.133 0.10 −0.093 0.073 19.78 0.033 12.73 1.72 84.80 12.77
6 0.496 2.15 0.078 1.999 19.75 0.162 42.56 34.48 101.07 140.83
7 0.149 9.51 −0.145 9.481 19.33 0.047 35.93 72.40 55.47 125.59
8 0.078 0.09 0.253 0.076 19.42 0.012 6.75 0.90 47.88 4.59
9 0.135 0.08 0.218 0.064 19.52 0.011 4.96 0.81 45.57 3.79

ff96 0 0.112 0.10 0.638 0.084 20.46 0.025 10.10 1.41 67.55 9.27
1 0.270 0.10 0.541 0.054 20.28 0.069 13.07 1.82 110.48 25.30
2 0.265 0.14 0.442 0.075 20.16 0.179 18.05 3.11 155.05 71.44
3 0.268 0.15 −0.314 0.082 20.56 0.201 19.13 3.39 160.73 82.07
4 0.032 0.03 0.756 0.078 20.81 0.095 0.62 - 168.33 30.95
5 −0.408 0.16 0.139 0.108 20.54 0.066 16.06 2.90 98.79 26.95
6 −0.203 0.06 0.301 0.048 20.71 0.010 0.04 - 43.51 3.10
7 −0.199 0.14 −0.451 0.103 20.29 0.047 12.97 2.28 84.86 18.38
8 0.412 0.12 0.215 0.286 19.91 0.399 19.35 3.04 233.22 178.51
9 0.043 0.05 0.523 0.221 19.91 0.242 0.70 - 258.40 98.31

ff99 0 0.153 0.07 0.423 0.057 19.90 0.014 5.79 0.74 53.42 4.59
1 0.311 0.08 0.404 0.059 19.72 0.032 9.57 1.26 79.88 11.15
2 0.272 0.09 0.340 0.067 19.79 0.027 8.08 1.18 70.72 9.35
3 0.187 0.06 0.577 0.098 19.64 0.144 12.41 1.21 185.05 55.65
4 0.355 0.08 0.482 0.111 19.97 0.172 14.40 1.62 183.55 67.44
5 −0.301 1.18 0.330 1.162 19.83 0.028 22.91 12.15 52.47 29.19
6 0.306 15.03 0.421 14.842 20.03 0.204 53.59 174.55 87.42 398.29
7 0.084 0.29 0.065 0.205 19.58 0.102 23.27 5.61 109.14 47.79
8 0.262 0.11 0.173 0.068 19.89 0.061 14.83 2.11 105.48 23.74
9 0.309 0.13 0.445 0.062 19.82 0.093 16.30 2.56 121.68 36.46

ff99ϕ 0 0.691 0.39 0.444 0.008 19.92 0.010 3.35 0.72 95.62 3.01
1 1.018 0.21 0.758 0.022 19.80 0.005 4.52 0.78 51.41 1.65
2 1.599 0.99 −0.574 0.997 20.00 0.012 25.66 9.87 50.49 18.24
3 0.601 1.39 0.681 0.009 19.85 0.007 2.18 1.14 76.76 1.99
4 0.985 0.13 0.461 0.011 20.23 0.016 5.78 0.67 108.88 5.16
5 0.522 - 0.188 0.009 19.80 0.008 0.14 - 80.45 2.28
6 0.520 - 0.919 0.011 19.99 0.014 0.32 - 123.03 4.24
7 0.511 - 0.196 0.008 19.65 0.009 0.32 - 90.98 2.56
8 0.567 0.19 0.339 0.068 19.91 0.076 4.86 0.67 255.40 31.96
9 0.587 0.06 0.520 0.025 19.91 0.040 9.23 0.80 160.88 14.86

ffO3 0 0.402 0.11 0.372 0.056 19.74 0.134 18.01 2.42 147.19 52.60
1 0.413 0.06 0.435 0.112 19.53 0.153 10.09 1.04 181.95 55.88
2 0.279 0.14 0.579 0.345 19.35 0.474 20.10 3.35 237.59 212.92
3 0.134 0.09 0.294 0.044 19.50 0.080 13.43 1.60 120.90 28.45
4 0.159 0.07 0.653 0.047 19.97 0.042 10.26 1.19 92.81 14.30
5 −0.121 0.06 −0.047 0.047 19.77 0.079 8.39 1.04 131.58 26.29
6 0.169 0.45 0.626 0.346 19.70 0.775 35.17 11.06 230.31 399.18
7 −0.127 0.20 −0.154 0.114 19.54 0.108 19.30 3.82 114.75 44.76
8 0.163 0.12 0.313 0.091 19.55 0.039 12.76 1.95 81.74 15.11
9 0.141 0.08 −0.012 0.048 19.48 0.057 10.94 1.45 103.82 19.78

Blank error estimates represent cases where the fitted τ1 was very close to zero, which our error model treats poorly (see Methods).