Table 1.

Pairwise distances among vertebrate taxa

	Sea lamprey	Chicken	Ostrich	Alligator	Cow	Wallaroo	Lungfish	Bichir	Coelacanth	Loach	Carp	Atlantic cod	Rainbow trout	Starry skate	Spiny dogfish	Star spotted dogfish	Common dogfish
Sea lamprey	–	0.3809	0.3826	0.4585	0.3795	0.3739	0.3450	0.3329	0.3279	0.3312	0.3240	0.3371	0.3276	0.3305	0.3249	0.3582	0.3359
Chicken	760	–	0.0894	0.3400	0.3100	0.2993	0.3001	0.2878	0.2817	0.2625	0.2627	0.2773	0.2690	0.2898	0.2661	0.2849	0.2820
Ostrich	755	219	–	0.3540	0.3046	0.2961	0.3045	0.2947	0.2820	0.2682	0.2712	0.2828	0.2690	0.2861	0.2637	0.2868	0.2827
Alligator	858	681	699	–	0.3819	0.3832	0.3857	0.3808	0.3680	0.3615	0.3602	0.3712	0.3621	0.2861	0.3639	0.3774	0.3698
Cow	763	649	638	751	–	0.1764	0.3071	0.2951	0.2768	0.2784	0.2760	0.2798	0.2787	0.2802	0.2682	0.2845	0.2768
Wallaroo	752	632	624	760	415	–	0.3011	0.2920	0.2850	0.2764	0.2722	0.2794	0.2801	0.2814	0.2637	0.2893	0.2776
Lungfish	696	632	634	757	643	633	–	0.2450	0.2273	0.2217	0.2175	0.2282	0.2140	0.2332	0.2205	0.2437	0.2205
Bichir	682	615	620	748	625	619	536	–	0.2117	0.1923	0.1890	0.2041	0.1869	0.2185	0.1985	0.2195	0.2106
Coelacanth	686	606	600	736	599	611	502	478	–	0.1704	0.1622	0.1921	0.1616	0.1970	0.1666	0.1856	0.1805
Loach	682	567	574	715	595	594	487	434	395	–	0.0738	0.1266	0.1036	0.1743	0.1435	0.1682	0.1637
Carp	673	569	580	718	593	587	479	432	380	184	–	0.1245	0.0982	0.1649	0.1377	0.1634	0.1616
Atlantic cod	699	595	596	730	595	597	503	457	439	303	299	–	0.1053	0.1879	0.1690	0.1921	0.1914
Rainbow trout	677	576	576	721	594	600	472	425	379	253	241	255	–	0.1658	0.1444	0.1634	0.1583
Starry skate	685	613	600	714	597	604	510	486	447	402	383	426	383	–	0.1034	O.1210	0.1143
Spiny dogfish	675	573	567	723	578	594	488	449	388	339	326	390	340	252	–	0.0827	0.0774
Star spotted dogfish	726	604	603	742	603	595	529	487	424	388	378	434	377	287	203	–	0.0692
Common dogfish	693	602	599	734	595	572	513	472	418	382	377	435	369	276	194	171	–

The top diagonal shows diagonal distance values as inferred from the puzzle (44) program by using the mtREV-24 model (45) and assuming rate homogeneity. The bottom diagonal shows total protein distances as computed from protst (35).