TABLE 2.

Primer sets used in PCR screening of lineage II conserved markers among E. coli O157:H7 strains

Class	Primer set	Forward primer	Reverse primer	Temp (°C)
B	A02	5′-GCTGGCAGACAATGGCGAGTTT-3′	5′-GATACGGCTTGCGGGCTGTG-3′	59.3
	A03	5′-GCCACGGCATTAATAACGCTTCTT-3′	5′-CCAGGCATCACTACCCGCAAAAA-3′	57.4
	A04	5′-GGAGACGGGCGCACTGATTG-3′	5′-CTCCACGATTTCGGGGCTTATGTA-3′	56.2
	A05	5′-TGCGGCATCTGGTCATTCTGGTT-3′	5′-ACGGTCTGCGCGAGTTTTGTTT-3′	57.3
	A09	5′-AGGGGGCATATTTCATTGTTGTGT-3′	5′-TAATCTCTTTCGCCTGCCCTTCTT-3′	56.4
	A10	5′-CGAGGCGTGCGGAGAGGA-3′	5′-TTCAGCGCCAGTTCGGTTTTC-3′	58.8
	A11	5′-AAAACCGTATGATCTATTATTCCT-3′	5′-TTTTTATTATGTTGGCTGAGTTAC-3′	50.3
	A13	5′-ATGCCAGCCACCACCAACTCCAC-3′	5′-CTTACCCGCGCCGAACTTATCCTT-3′	58.2
	B01	5′-AAGCCCCCACGTAATTCCCTGACA-3′	5′-CATTTCCCGCGCCTGACTGAGA-3′	60.7
	B02	5′-AAGCGGCATAAATGGCAGACAGAC-3′	5′-AACGCCACGCTTTACCTTTACCC-3′	57.8
	B03	5′-AATCCGCCCGTTTTTACTGA-3′	5′-TGTGCCTGATAGCTCCTTCTTTTT-3′	54.9
	B06	5′-CCCCCTGTTGCGTCTGCTGAAAA-3′	5′-CGGCCATCCATGCGGTGACTT-3′	60.8
	B07	5′-TAAAGCGCTGGTGGGGAAAGGTAG-3′	5′-CCAGAACGCGGGCACAAAAA-3′	54.5
	B08	5′-TGCCGACATCGCCAGTTG-3′	5′-GCCATGCTTCAGGGAGATAAAT-3′	55.7
	B10	5′-TGTGCGTCGTTTCAGTTCGTCA-3′	5′-TAGGTGTTCCGCGTCGTGTAAAAG-3′	57.8
	B16	5′-CATGCTTCTGCCCTGAGTT-3′	5′-GCGCCGTGCTTATGAAA-3′	54.8
C	A14	5′-TGCCGACAACCTCCCACAGATACT-3′	5′-TCACTTCCGCTACAACACGCACAT-3′	57.8
	A15	5′-CGCCAAAGCAGCACAGCAGGATA-3′	5′-AGAAAAACAGGCGAAGGCGATGAT-3′	53.4
D	A06c	5′-CCGCCTGCGATGGTGGTTGC-3′	5′-GGGCGCGGGTGATTTTGCTCTC-3′	60.2
	A07	5′-ATGCGATCGCCTTCTTCAA-3′	5′-TACCATACACGCCACAGTTTTTA-3′	52.3
	B15	5′-CCCGCTGGCAGGCATTGAAG-3′	5′-GGCGGCAGCGGACACGAG-3′	60.4
E	A01	5′-ACCAAGGCATCCCCCGTGTGAA-3′	5′-ATAATCCGCTGGGGCTGGCTGAC-3′	60.8
	B05	5′-GGTTTTCCGGCACTTTCCACTCCA-3′	5′-ATCCTGCCGGGCGAACATCCTTAT-3′	58.1
	B12	5′-TGAACACCCGCAGCAACA-3′	5′-CGCCGCATCTACTCCTATCG-3′	54.2
	B18	5′-AATAACTCGGCTTTTGCTTTTT-3′	5′-AATACTCCGGTTCTGTCTAATCC-3′	52.5
F	A12	5′-GGGCGGACTTTGTTTGGTTGAA-3′	5′-GCCTGGCGGAAATGGACTGTAT-3′	55.9
	B13	5′-CTGGATGCGGCAAAACCTGT-3′	5′-GCCCCTTCTCTACGCAAATCAT-3′	55.0