Table 3.
Mutations/variants identified in 24 cancer genes in the NCI-60
| Cell line | Variants identified |
|---|---|
| 786-0 |
CDKN2A Hom c.1_150 del 150, p.? LOM; PTEN Hom c.445C>T, p.Q149X LOM; TP53 Het c.832C>G, P278A c.A560-2A>G, p.? LOM; VHL Hom c.311delG p.G105fsX55 LOM |
| A498 | CDKN2A Hom c.1_471 del 471, p.? LOM; VHL Hom c.426_429delTGAC p.G144fsX14 LOM |
| A549 |
CDKN2A Hom c.1_471 del 471, p.? LOM; KRAS Hom c.34G>A, p.G12S LOM; STK11 Hom c.109C>T, p.Q37X LOM |
| ACHN | CDKN2A Hom c.1_471 del 471, p.? LOM |
| BT-549 | RB1 Hom c.265_607 del 343, p.? LOM; TP53 Hom c.747G>C, p.R249S LOM |
| CAKI-1 | CDKN2A Hom c.1_471 del 471, p.? LOM |
| CCRF-CEM |
CDKN2A Hom c.1_471 del 471, p.? LOM; KRAS Het c.35G>A, p.G12D LOM; PTEN Hom c. del 80-492, p.? LOM; TP53 Het c.743G>A, p.R248Q c.524G>A, p.R175H LOM; FLT3 Het c.1879G>A p.A627T TOV |
| COLO-205 |
APC Hom c.4666_4667insA p.T1556fsX3 LOM; BRAF Het c.1799T>A, p.V600E LOM; SMAD4 Hom del exon1-6 LOM; TP53 Hom c.308_333>TA, p.Y103fsX37 LOM |
| DU145 |
CDKN2A Hom c.250G>T p.D84Y LOM; RB1 Hom c.2143A>T, p.K715X LOM; STK11 Hom c.532_536delAAGCC p.K178fsX86 LOM; TP53 Het c.820G>T, p.V274F LOM |
| EKVX | TP53 Hom c.609_610GG>TT, p.E204X LOM |
| HCC2998 |
APC Het c.1994T>A, p.L665X c.4348C>T, R1450X LOM; RB1 Het c.409G>T, p.E137X TOV; TP53 Het c.637C>T, p.R213X TOV |
| HCT-116 |
CDKN2A Het c.68_69insG p.R24fsX20 c.220delG p.E74fsX15 (p14) LOM; CTNNB1 c.133_135 del TCT, p.S45 del LOM; KRAS Het c.38G>A, p.G13D LOM; PIK3CA Het c.3140A>G, p.H1047R LOM; BRCA2 Het c.8021_8022insA p.I2675fsX6 TOV |
| HCT-15 |
APC Het c.6496C>T,p.R2166X Hom c.4248delC p.I1417fsX2 LOM; KRAS Het c.38G>A, p.G13D LOM; PIK3CA Het c. 1633G>A p. E545K LOM; TP53 Het c.C1101-2A>C, p.? C722T, S241F LOM; BRCA2 Het c.3599_3600delGT p.C1200fsX1 c.5351delA p.N1784fsX7 TOV |
| HL-60 | CDKN2A Hom c.238C>T p.R80X LOM; NRAS Het c.182A>T, p.Q61L LOM; TP53 Hom deletion LOM |
| HOP62 |
CDKN2A Hom c.1_471 del 471, p.? LOM; KRAS Het c.34G>T, p.G12C LOM; TP53 Hom c.G673-2A>G, p.? LOM |
| HOP-92 | CDKN2A Hom c.1_471 del 471, p.? LOM; TP53 Hom c.524G>T, p.R175L LOM |
| Hs-578-T |
CDKN2A Hom c.1_471 del 471, p.? LOM; HRAS Het c.35G>A p.G12D LOM; TP53 Hom c.469G>T, p.V157F LOM |
| HT-29 |
APC Het c.2557G>T p.E853X c.4666_4667insA p.T1556fsX3 LOM; BRAF Het c.1799T>A, p.V600E LOM; SMAD4 Hom c.931C>T, p.Q311X LOM; PIK3CA Het c.1345C>A p.P449T LOM; TP53 Hom c.818G>A, p.R273H LOM |
| IGROV-1 |
TP53 Het c.377A>G, p.Y126C LOM; BRCA1 Het c.1961delA p.K654fsX47 TOV; SMAD4 Het c.692delG p.G231fsX10 TOV; PTEN Het c.955_958delACTT p.T319fsX1 TOV |
| K-562 |
CDKN2A Hom c.1_471 del 471, p.? LOM; TP53 Hom c.406_407insC p.Q136fsX13 LOM; PDGFRA Het Exon 10 +1 G>A p.? TOV |
| KM12 |
PTEN Het c.385G>T, p.G129X c.800 del A, p.K267fsX9 LOM; APC Het c.5454_5455 ins A, p.N1819fsX7 TOV; TP53 Het c.215delG, p.R72fsX51 TOV; BRCA2 Het c.5351delA p.N1784fsX7 TOV |
| LOXIMVI | BRAF Het c.1799T>A, p.V600E LOM; CDKN2A Hom c.1_471 del 471, p.? LOM |
| M14/MDA-MB-435 |
BRAF Het c.1799T>A, p.V600E LOM; CDKN2A Het c.150+2 T>C p.? c. 456-+24 AGgtgaggactgatgatctgagaattt >C p.? LOM; TP53 Het c.797G>A, p.G266E LOM |
| MALME-3M | BRAF Het c.1799T>A, p.V600E LOM; CDKN2A Hom c.1_471 del 471, p.? LOM |
| MCF7 | CDKN2A Hom c.1_471 del 471, p.? LOM; PIK3CA Het c.1633G>A p.E545K LOM |
| MDA-MB-231 |
BRAF Het c.1391G>T, p.G464V LOM; CDKN2A Hom c.1_471 del 471, p.? LOM; KRAS Het c.38G>A p.G13D LOM; TP53 Hom c.839G>A, p.R280K LOM |
| MOLT-4 |
CDKN2A Hom c.1_471 del 471, p.? LOM; NRAS Het c.34G>T p.G12C LOM; PTEN Hom c.800delA p.K267fsX9 LOM; STK11 Het c.640C>T p.Q214X TOV; TP53 Het c.916C>T, p.R306X TOV |
| NCI-H226 | CDKN2A Hom c.1_150 del 150, p.? LOM |
| NCI-H23 |
KRAS Het c.34G>T, p.G12C LOM; STK11 Hom c.996G>A, p.W332X LOM; TP53 Hom c.738G>C, p.M246I LOM |
| NCI-H322M | TP53 Hom c.743G>T, p.R248L LOM |
| NCI-H460 |
CDKN2A Hom del 1_457 del 457, p.? LOM; KRAS Hom c.183A>T, p.Q61H LOM; PIK3CA Het c.1633G>A p.E545K LOM; STK11 Hom c.109C>T p. Q37X LOM |
| NCI-H522 | TP53 Hom 572delC, p.P191fsX56 LOM |
| OVCAR-3 | TP53 Hom c.743G>A, p.R248Q LOM |
| OVCAR-4 | TP53 Hom c.388C>G, p.L130V LOM |
| OVCAR-5 | CDKN2A Hom c.1_471 del 471, p.? LOM; KRAS Hom c.35G>T, p.G12V LOM |
| OVCAR-8/NCI/ADR-RES | TP53 Hom c.376-1G>A, p.? LOM; ERBB2 Het c.2327G>T p.G776V TOV |
| PC-3 | PTEN Hom c.165-1026 del 862, p.? LOM; TP53 Hom c.414delC p.K139fsX31 LOM |
| RPMI-8226 |
KRAS Het c.35G>C, p.G12A LOM; TP53 Hom c.853G>A, p.E285K LOM; EGFR Het c.2252C>T p.T751I TOV |
| RXF393 |
CDKN2A Hom c.1_471 del 471, p.? LOM; PTEN Hom c.1_164 del 164, p.? LOM; TP53 Hom c.524G>A, p.R175H LOM |
| SF-268 | CDKN2A Hom c.1_471 del 471, p.? LOM; TP53 Hom c.818G>A, p.R273H LOM |
| SF-295 |
CDKN2A Hom c.1_471 del 471, p.? LOM; PTEN Hom c.697C>T, p.R233X LOM; TP53 Hom c.743G>A, p.R248Q LOM |
| SF539 |
RB1 Hom c.346_349delACTT p.T116fsX8 LOM; TP53 Hom c.1024delC p.R342fsX3 LOM; PTEN Hom c.1-1026 del 1026, p.? LOM |
| SK-MEL-2 | NRAS Hom c.182A>G, p.Q61R LOM; TP53 Het c.733G>A, p.G245S LOM |
| SK-MEL-28 |
BRAF Hom c.1799T>A, p.V600E LOM; TP53 Hom c.435_436G>GT, p.L145R LOM; EGFR Hom c.2257C>T p.P753S TOV |
| SK-MEL-5 | BRAF Het c.1799T>A, p.V600E LOM; CDKN2A Hom c.1_471 del 471, p.? LOM |
| SK-OV-3 |
CDKN2A Hom del 1_457 del 457, p.? LOM; PIK3CA Het c.3140A>G, p.H1047R LOM; TP53 Hom c. del267C p.S90fsX33 LOM; APC Het c.4666delA p.T1556fsX9 TOV |
| SN12C | TP53 Hom c.1006G>T, p.E336X LOM |
| SNB-75 | TP53 Hom c.772G>A, p.E258K LOM |
| SR | CDKN2A Hom c.1_471 del 471, p.? LOM |
| SW620 |
KRAS Hom c.35G>T, p.G12V LOM; TP53 Hom c.818G>A, p.R273H C925T, p.P309S LOM; APC Hom c.4012C>T, p.Q1338X LOM |
| T47D | PIK3CA Het c.3140A>G, p.H1047R LOM; TP53 Hom c.580C>T, p.L194F LOM |
| TK10 | TP53 Het c.791T>G, p.L264R LOM |
| U251/SNB-19 |
CDKN2A Hom c.1_471 del 471, p.? LOM; PTEN Hom c.723_724insTT p.E242fsX15 LOM; TP53 Hom c.818G>A, p.R273H LOM |
| UACC-257 | BRAF Het c.1799T>A, p.V600E LOM |
| UACC-62 |
BRAF Hom c.1799T>A, p.V600E LOM; CDKN2A Hom c.1_471 del 471, p.? LOM; PTEN Hom c.741_742insA p.P248fsX5 LOM |
| UO-31 | CDKN2A Hom c.1_471 del 471, p.? LOM |
Abbreviations: Hom, homozygous; Het, heterozygous; del, deletion; ins, insertion; LOM, likely oncogenic mutation; TOV, tentative oncogenic variant.