Table 2.
Comparison of Trinidad consensus V3 loop sequence to prototypic B
| B-subtype | CTRPNNNTRK | SIHIGPGRAF | YTTGEIIGDI | RQAHC |
|---|---|---|---|---|
| RH0011 | .......... | .......Q.. | .−........ | ..... |
| QZ2226 | .........R | ..P.....V. | .−........ | ..... |
| QZ2269 | .......... | .V.....K.. | .−........ | ..... |
| QZ2291 | .......... | ...L...A.. | F−........ | ..... |
| QZ2313 | .......... | G.P....SV. | .−........ | ..... |
| QZ2432 | .......... | G......G.. | .T..D..... | .K... |
| QZ2551 | .I........ | ........T. | .−........ | ..... |
| QZ2704 | .......... | .......SV. | .−........ | ..... |
| QZ4734 | .......... | ..N....... | .−........ | ..... |
| QZ6698 | ....S....R | ...F...A.. | .−........ | ..... |
| QH0016 | .......... | .....A.K.L | .−........ | ..... |
| QH0020 | .......... | ..P....SV. | .−........ | ..... |
| QH0060 | .........R | ...M...KV. | .−........ | ..... |
| QH0065 | .......... | G.T....SV. | .−........ | ..... |
| QH0132 | .........R | G..M...K.Y | F−........ | ..... |
| QH0136 | .........R | D.T.....V. | .−........ | ..... |
| QH0515 | .......... | ....EA.K.L | .−........ | ..... |
| QH0550 | .........R | D.A....KV. | .−......N. | ..... |
| QH0605 | .......... | G......KV. | C−....V... | ..... |
| QH0679 | .......... | .......... | .A......N. | ..... |
| QH0692 | ....G..... | .......... | .A..D..... | ..... |
| QH0705 | .......... | ...L.A...L | .−........ | ..... |
| QH0788 | .........E | ..N....... | .Y........ | ..... |
| QH0791 | .......... | G.T.....VS | .−....V... | ..V.. |
| QH0850 | .......... | ...L.A.K.L | .−........ | ..... |
| QH0864 | .........R | ...M...K.L | F−........ | ..... |
| QH0865 | .......... | ..P....... | .A......N. | ..... |
| QH0908 | .........R | GVT.....V. | .−...VT... | ..... |
| QH0944 | .I........ | .......... | .−..D..... | ..... |
| QH1116 | .......... | ...M.....L | .−........ | ..... |
| QH1420 | .......... | ...L.A...L | .−........ | ..... |
| Trinidad consensus | .......... | .......... | .−........ | ..... |
Trinidad samples are order chronologically from top to bottom. Deletions are represented by −.