TABLE 1.

Nucleotide distance between proposed subgenotypes C6 Philippines and C6 Papua-Indonesia of HBV and other reference genotype strains from the database

Genotype/subgenotype strain	Nucleotide distance between strains^a
Genotype/subgenotype strain	A1	A2	A3	A4	B1	B2	B4	B5	C2	C3	C4	C5	C6 Papua-Indonesia	C6 Philippines	D1	E	F1	F2	F3	F4	G	H	C1	B3
A1
A2	0.049
A3	0.051	0.054
A4	0.046	0.046	0.040
B1	0.100	0.096	0.102	0.098
B2	0.098	0.096	0.099	0.095	0.046
B4	0.100	0.096	0.100	0.097	0.055	0.039
B5	0.102	0.098	0.103	0.097	0.065	0.048	0.046
C2	0.092	0.089	0.092	0.084	0.105	0.095	0.093	0.091
C3	0.095	0.091	0.093	0.086	0.104	0.094	0.091	0.093	0.044
C4	0.106	0.102	0.103	0.095	0.118	0.107	0.105	0.107	0.069	0.065
C5	0.092	0.092	0.096	0.089	0.112	0.100	0.097	0.098	0.055	0.060	0.084
C6 Papua-Indonesia	0.098	0.097	0.098	0.091	0.111	0.101	0.100	0.099	0.048	0.045	0.071	0.066
C6 Philippines	0.092	0.091	0.093	0.084	0.106	0.096	0.094	0.090	0.041	0.047	0.072	0.059	0.051
D1	0.106	0.103	0.106	0.102	0.119	0.112	0.111	0.112	0.107	0.106	0.113	0.108	0.118	0.103
E	0.101	0.100	0.102	0.095	0.118	0.112	0.111	0.113	0.106	0.097	0.113	0.107	0.111	0.104	0.078
F1	0.148	0.149	0.154	0.144	0.156	0.151	0.151	0.155	0.146	0.147	0.151	0.149	0.147	0.149	0.153	0.140
F2	0.148	0.145	0.153	0.150	0.155	0.150	0.147	0.150	0.145	0.142	0.153	0.143	0.144	0.142	0.149	0.142	0.060
F3	0.157	0.159	0.158	0.154	0.159	0.153	0.152	0.155	0.146	0.142	0.151	0.148	0.145	0.143	0.150	0.141	0.059	0.049
F4	0.152	0.151	0.155	0.154	0.158	0.150	0.150	0.150	0.153	0.145	0.157	0.149	0.152	0.151	0.145	0.143	0.067	0.041	0.051
G	0.118	0.118	0.121	0.115	0.138	0.133	0.128	0.129	0.129	0.131	0.146	0.129	0.134	0.132	0.120	0.115	0.158	0.155	0.154	0.157
H	0.156	0.154	0.161	0.156	0.162	0.155	0.155	0.158	0.152	0.154	0.157	0.160	0.153	0.150	0.149	0.153	0.089	0.090	0.091	0.098	0.158
C1	0.095	0.095	0.095	0.088	0.110	0.098	0.095	0.094	0.047	0.055	0.079	0.063	0.061	0.051	0.110	0.110	0.150	0.145	0.149	0.153	0.130	0.154
B3	0.103	0.096	0.104	0.100	0.066	0.047	0.043	0.031	0.092	0.091	0.109	0.100	0.100	0.092	0.108	0.114	0.157	0.152	0.155	0.148	0.132	0.159	0.093

The comparisons were performed over the complete genome with the Kimura two-parameter model using MEGA version 4.0 (12). Between groups, the average was calculated.