Table 2.
Comparison of the results obtained with LRE based log2 ratios to the ΔCq analysis.
| LRE based analysis | ΔCq based analysis | |||||
| Mismatch Primer Pair | Log2 Ratio | SD | P Value1 | ΔCq | SD | P Value1 |
| Clone GQ00612 _A24 (G-T) | ||||||
| T1-PM | -5,4 | 0,6 | 3,4E-141 | 5,9 | 1,0 | 4,9E-109 |
| T2-PM | -2,3 | 0,7 | 1,3E-66 | 2,9 | 1,0 | 1,3E-54 |
| T3-PM | 0,3 | 0,5 | 1,4E-02 | 0,0 | 0,9 | 2,7E+01 |
| PM-C1 | -0,2 | 0,4 | 2,1E-03 | 0,1 | 0,3 | 1,4E+01 |
| PM-C2 | -7,3 | 0,6 | 7,1E-195 | 6,9 | 0,4 | 1,4E-155 |
| T1-C1 | -5,8 | 0,6 | 7,8E-113 | 6,0 | 0,7 | 4,0E-84 |
| T1-C2 | -13,1 | 0,9 | 2,4E-156 | 13,2 | 0,7 | 7,1E-130 |
| T2-C1 | -2,7 | 0,6 | 2,0E-59 | 3,0 | 0,5 | 1,3E-43 |
| T2-C2 | -9,4 | 0,6 | 2,1E-136 | 9,6 | 0,9 | 4,9E-108 |
| T3-C1 | -0,1 | 0,5 | 5,5E-01 | 0,2 | 0,4 | 1,0E+01 |
| T3-C2 | -7,1 | 0,5 | 2,3E-99 | 7,0 | 0,6 | 1,4E-79 |
| Clone GQ0068 _E07 (G-G) | ||||||
| T1-PM | -5,6 | 0,8 | 6,7E-154 | 6,0 | 0,7 | 1,0E-164 |
| T2-PM | -2,3 | 0,4 | 3,9E-97 | 2,8 | 0,4 | 4,2E-123 |
| T3-PM | 0,2 | 0,3 | 2,2E-04 | 0,0 | 0,4 | 2,9E+01 |
| PM-A1 | 0,0 | 0,3 | 1,8E-02 | 0,2 | 0,3 | 2,3E-03 |
| PM-A2 | -5,8 | 0,8 | 2,3E-173 | 6,7 | 0,6 | 1,1E-211 |
| T1-A1 | -5,5 | 0,6 | 1,6E-126 | 6,2 | 0,7 | 3,9E-141 |
| T1-A2 | -11,1 | 0,8 | 1,2E-171 | 12,5 | 0,7 | 8,3E-186 |
| T2-A1 | -2,1 | 0,5 | 1,4E-59 | 2,8 | 0,6 | 3,6E-85 |
| T2-A2 | -7,8 | 0,6 | 1,7E-157 | 9,4 | 0,5 | 9,3E-178 |
| T3-A1 | 0,4 | 0,4 | 2,0E-04 | 0,0 | 0,3 | 3,2E+01 |
| T3-A2 | -5,3 | 0,9 | 1,1E-120 | 6,6 | 0,7 | 1,2E-144 |
| Clone GQ0065_F11 (T-G) | ||||||
| G1-PM | -3,5 | 0,7 | 1,8E-109 | 3,5 | 0,7 | 3,9E-113 |
| G2-PM | -0,6 | 0,5 | 6,3E-15 | 0,4 | 0,5 | 2,1E-08 |
| G3-PM | 0,1 | 0,4 | 8,6E-04 | -0,2 | 0,3 | 5,7E+00 |
| PM-A1 | 0,1 | 0,4 | 6,4E-04 | 0,0 | 0,4 | 2,9E+01 |
| PM-A2 | -5,4 | 0,7 | 1,6E-164 | 6,2 | 0,6 | 1,5E-191 |
| G1-A1 | -3,3 | 0,5 | 4,4E-75 | 3,5 | 0,5 | 1,5E-94 |
| G1-A2 | -8,7 | 0,7 | 2,7E-152 | 9,5 | 0,9 | 1,2E-157 |
| G2-A1 | -0,6 | 0,5 | 1,7E-09 | 0,6 | 0,5 | 2,5E-09 |
| G2-A2 | -6,3 | 0,7 | 2,3E-129 | 6,7 | 0,4 | 4,6E-147 |
| G3-A1 | 0,0 | 0,3 | 6,1E-01 | 0,1 | 0,3 | 1,7E+01 |
| G3-A2 | -5,5 | 0,6 | 1,6E-117 | 6,0 | 0,5 | 1,3E-138 |
1 P values are the result of a two tailed homoscedastic Student T-test comparing log2 ratios or ΔCq obtained with mismatch primers pairs to log2 ratios or ΔCq obtained with perfect match primer pairs (a Bonferroni correction for multiple testing was applied). The values in bold are very highly significant (P < 10-4).