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. 2009 Aug 28;10:271. doi: 10.1186/1471-2105-10-271

Table 2.

Selecting rows with END = 32 (*) ensures non-redundant observations with regard to hexamers and HMM_SCORE.

SEQ32_ID PRO-MOTER START END HMM_
SCORE
SEQ32:bold italics locates optimal HMM instance
CT046_117 0 4 * 32 -5.9 TAATTGTGTGTGGTTAGTTTTTAATAAAAAGT

CT046_116 0 3 31 -5.9 AATTGTGTGTGGTTAGTTTTTAATAAAAAGTT

CT046_115 0 2 30 -5.9 ATTGTGTGTGGTTAGTTTTTAATAAAAAGTTA

CT046_114 0 1 29 -5.9 TTGTGTGTGGTTAGTTTTTAATAAAAAGTTAA

CT046_113 0 2 29 -13.7 TGTGTGTGGTTAGTTTTTAATAAAAAGTTAAA

CT046_112 0 1 * 32 -11.4 GTGTGTGGTTAGTTTTTAATAAAAAGTTAAAA

CT046_111 1 5 * 32 -2.1 TGTGTGGTTAGTTTTTAATAAAAAGTTAAAAA

CT046_110 1 4 31 -2.1 GTGTGGTTAGTTTTTAATAAAAAGTTAAAAAC

CT046_109 1 3 30 -2.1 TGTGGTTAGTTTTTAATAAAAAGTTAAAAACT

CT046_108 1 2 29 -2.1 GTGGTTAGTTTTTAATAAAAAGTTAAAAACTA

CT046_107 1 1 28 -2.1 TGGTTAGTTTTTAATAAAAAGTTAAAAACTAA

CT046_106 0 3 31 -11.9 GGTTAGTTTTTAATAAAAAGTTAAAAACTAAC

CT046_105 0 2 30 -11.9 GTTAGTTTTTAATAAAAAGTTAAAAACTAACC

CT046_104 0 1 * 32 -7.6 TTAGTTTTTAATAAAAAGTTAAAAACTAACCA

CT046_103 0 4 * 32 -7.8 TAGTTTTTAATAAAAAGTTAAAAACTAACCAT

CT046_102 0 3 31 -7.8 AGTTTTTAATAAAAAGTTAAAAACTAACCATT

CT046_101 0 2 30 -7.8 GTTTTTAATAAAAAGTTAAAAACTAACCATTT