TABLE 2.
Results of the molecular analysis of food-borne STEC isolatesi
| Strain | Serotype | Origin |
stx type(s) as determined by:
|
eae | ehxA | nleA | subAB | cdt-V | cif | espP | iha | efa1 | Sourceh | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PCRa | Sequencingb | |||||||||||||
| TS07/08 | O2:NM | Mettwurst | 2e | 2e | − | − | − | − | − | − | − | − | − | A |
| CB11637 | O2:H37 | Raw milk | 2d | ND | − | − | − | − | − | − | − | − | − | B |
| RF1a | O8:H6 | Beef | 2e | ND | − | − | − | − | − | − | − | − | − | C |
| TS04/08 | O8:H8 | Mettwurst | 2e | 2e | − | − | − | − | − | − | − | − | − | A |
| LM14822/08 | O8:H19 | Wild boar | 2e | ND | − | − | − | − | − | − | − | − | − | D |
| CB11571 | O8:H19 | Minced meat (mixed) | 2e | ND | − | − | − | − | − | − | − | − | − | B |
| TS13/08 | O8:H19 | Minced meat (pork) | 2e | 2e | − | − | − | − | − | − | − | − | − | A |
| TS16/08 | O8:NM | Minced meat (beef) | 2e | 2e | − | − | − | − | − | − | − | − | − | A |
| TS10/07 | O8:NM | Mettwurst | 2e | 2e | − | − | − | − | − | − | − | − | − | A |
| E918 | O8:HNT | Minced meat (mixed) | 2e | ND | − | − | − | − | − | − | − | − | − | C |
| E921 | O8:HNT | Minced meat (mixed) | 2e | ND | − | − | − | − | − | − | − | − | − | C |
| E922 | O54:NM | Minced meat (mixed) | 2e | ND | − | − | − | − | − | − | − | − | − | C |
| TS01/07 | O100:NM | Minced meat (mixed) | 2e | 2e | − | − | − | − | − | − | − | − | − | A |
| TS14/08 | O153:NM | Minced meat (pork) | 2 (NT) | ND | − | − | − | − | − | − | − | − | − | A |
| TS15/08 | ONT:H4 | Minced meat (pork) | 2 (NT) | ND | − | − | − | − | − | − | − | − | − | A |
| TS09/07 | OR:H19 | Mettwurst | 2e | 2e | − | − | − | − | − | − | − | − | − | A |
| LM22343 | ONT:NM | Wild boar | 2e | ND | − | − | − | − | − | − | − | − | − | D |
| LM22344 | ONT:NM | Wild boar | 2e | ND | − | − | − | − | − | − | − | − | − | D |
| TS03/08 | ONT:NM | Minced meat (pork) | 2e | 2e | − | − | − | − | − | − | − | − | − | A |
| WA (WT) 5555/08 | ONT:NM | Drinking water | 2g, 2EC-1586e | ND | − | − | − | − | − | − | − | − | − | D |
| LM5604/08 | ONT:NM | Lime blossom tea | 2e | ND | − | − | − | − | − | − | − | − | − | D |
| TS29/08 | ONT:NM | Minced meat (mixed) | 2e | 2e | − | − | − | − | − | − | − | − | − | A |
| 03353/1 | O22:H8 | Beef | 2d | ND | − | − | − | − | − | − | − | + | − | E |
| TS04/07 | O113:H4 | Minced meat (beef) | 2NV-206c | 2dact | − | − | − | − | − | − | − | + | − | A |
| TS21/08 | O113:H21 | Minced meat (mixed) | 2EC-1586c | 2dact | − | − | − | − | − | − | − | + | − | A |
| TS23/08 | O113:H21 | Minced meat (beef) | 2EC-1586c | 2dact | − | − | − | − | − | − | − | + | − | A |
| CB11597 | O113:H21 | Minced meat (beef) | 2v-hac | ND | − | − | − | − | − | − | − | + | − | B |
| TS06/07 | O116:NM | Minced meat (mixed) | 2gc | 2g | − | − | − | − | − | − | − | + | − | A |
| 18692/1 | O148:H8 | Minced meat (beef) | 2v-hac | ND | − | − | − | − | − | − | − | + | − | E |
| TS05/07 | OR:H29 | Minced meat (mixed) | 2-O118, 2c | 2g | − | − | − | − | − | − | − | + | − | A |
| TS06/08 | OR:H29 | Minced meat (mixed) | 2-O118, 2v-hbc | 2dact | − | − | − | − | − | − | − | + | − | A |
| TS09/08 | ONT:H4 | Minced meat (mixed) | 2v-hbc | 2dact | − | − | − | − | − | − | − | + | − | A |
| E 917 | O91:NM | Sausage meat | 1 | ND | − | − | − | − | − | − | − | − | − | C |
| 13477/1 | O136:H16 | Raw milk | 1 | ND | − | − | − | − | − | − | − | − | − | E |
| 28504/1 | O136:HNT | Feta cheese | 1c | ND | − | − | − | − | − | − | − | − | − | E |
| TS25/08 | ONT:HNT | Minced meat (mixed) | 1 | ND | − | − | − | − | − | − | − | − | − | A |
| 29087/1 | O8:H19 | Raw milk | 1, 2v-hbd | ND | − | + | − | − | − | − | + | + | − | E |
| TS07/07 | O130:H11 | Minced meat (beef) | 1, 2c | 2g | − | + | − | − | − | − | + | + | − | A |
| E927 | O178:H19 | Minced meat (mixed) | 1, 2NV-206, 2EC-1586e | ND | − | + | − | − | − | − | + | + | − | C |
| TS22/08 | O178:H19 | Minced meat (beef) | 1, 2d | 2g | − | + | − | − | − | − | + | + | − | A |
| TS02/07 | O178:H19 | Minced meat (beef) | 1, 2d | 2g | − | + | − | − | − | − | + | + | − | A |
| K17f | O22:H8 | Raw milk | 2, 2EC-1586, 2NV-206e | ND | − | + | − | + | − | − | + | + | − | D |
| LM5602/08 | O22:H8 | Lime blossom tea | 2v-hac | ND | − | + | − | + | − | − | + | + | − | D |
| CB11588 | O102:NM | Pork | 2v-hbc | ND | − | + | − | + | − | − | + | + | − | B |
| CB11633 | O179:H8 | Mettwurst | 2d | ND | − | + | − | + | − | − | + | + | − | B |
| LM14603/08 | O21:H21 | Deer | 2-O118 | ND | − | − | − | + | − | − | − | + | − | D |
| LM16092/08 | O21:H21 | Deer | 2-O118 | ND | − | − | − | + | − | − | − | + | − | D |
| LM27553 Stx1 | O75:H8 | Deer | 1c, 2-O118 | ND | . | − | − | + | − | − | − | + | − | D |
| TS20/08 | O153:HNT | Minced meat (mixed) | 1, 2e | 2g | − | + | − | + | − | − | + | + | − | A |
| TS26/08 | O179:H8 | Minced meat (mixed) | 1, 2d | 2g | − | + | − | + | − | − | + | + | − | A |
| SF16b | ONT:H11 | Minced meat (mixed) | 1, 2d | ND | − | + | − | + | − | − | + | + | − | C |
| LM27553 Stx2 | O110:H31 | Deer | 2-O118 | ND | − | + | − | + | − | − | − | + | − | D |
| LM 27564 | O113:NM | Deer | 2-O118 | ND | − | + | − | + | − | − | − | + | − | D |
| LM27558 Stx2 | OR:H43 | Deer | 2-O118 | ND | − | + | − | + | − | − | − | + | − | D |
| LM 27555 | OR:NM | Deer | 2-O118 | ND | − | + | − | + | − | − | − | + | − | D |
| 13762/1 | O22:H8 | Mettwurst | 2c | ND | − | + | − | − | − | − | + | + | − | E |
| TS27/08 | OR:NM | Minced meat (beef) | 2v-hbc | 2g | − | − | − | − | − | − | + | + | − | A |
| 17584/1f | O91:H21 | Mettwurst | 1, 2, 2NV-206, 2EC-1586e | ND | − | + | − | − | − | − | − | + | − | E |
| TS28/08 | O113:NM | Minced meat (beef) | 1, 2EC-1586c | 2dact | − | − | − | − | − | − | − | + | − | A |
| TS03/07 | O113:H21 | Minced meat (beef) | 1, 2v-hac | 2dact | − | − | − | − | − | − | + | − | − | A |
| K30 | O55:HNT | Raw milk | 1 | ND | − | − | − | − | − | − | + | + | − | D |
| TS01/08 | O128:NM | Raw milk | 1 | ND | − | − | − | − | − | − | + | + | − | A |
| LM14960/08 | O23:NM | Deer | 2-O118 | ND | − | − | − | + | − | − | − | − | − | D |
| LM14957/08 | O26:H11 | Wild boar | 2d | ND | + | + | + | − | − | + | − | + | + | D |
| LM15814/08 | O103:H2 | Deer | 1 | ND | + | + | − | − | − | + | − | − | + | D |
| TS17/08 | O113:H21 | Minced meat (pork) | 2c | 2g | − | + | − | − | + | − | + | + | − | A |
| TS18/08 | O113:H21 | Minced meat (mixed) | 2c | 2g | − | + | − | + | + | − | − | + | − | A |
| TS19/08 | O113:H21 | Minced meat (mixed) | 2c | 2g | − | + | − | − | + | − | − | + | − | A |
| LM27558 Stx1 | O128:HNT | Deer | 1, 2-O118 | ND | − | + | − | + | − | − | − | + | − | D |
| LM 3034/08 | O146:H21 | Meat | 1c, 2-O118 | ND | − | + | − | + | − | − | − | − | − | D |
| WA (WT) 4913/08 | O156:NM | Drinking water | 2d | ND | + | + | + | − | − | − | + | − | − | D |
| TS10/08 | O157:H7 | Minced meat mixed | 2 (lost) | ND | + | + | + | − | − | − | + | + | + | A |
| TS24/08 | O178:H19 | Minced meat (beef) | 1, 2d | 2g | − | + | − | − | − | − | − | + | − | A |
| LM22346 | ONT:H28 | Deer | 2-O118 | ND | − | + | − | − | − | − | − | − | − | D |
| TS30/08 | O113:H21 | Minced meat (mixed) | 2c | ND | − | + | − | + | + | − | + | + | − | A |
a
Results obtained by PCR and RFLP analysis. NT, stx2 could not be subtyped; lost, the stx gene was lost upon subcultivation.
b
Results obtained by sequencing and database analysis. ND, not determined.
c
No PstI restriction site is present; mucus activatable according to RFLP analysis.
d
PstI restriction site is present; not activatable.
e
PstI RFLP analysis revealed genes both with and without the PstI site in one sample.
f
RFLP analysis cannot clearly differentiate whether two or three stx2 genes are present. stx2 variants are not completely differentiated by RFLP.
g
stx2 variant that is highly similar to classical stx2.
h
A, this study; B, BfR; C, MRI; D, LGL; E, CVUA.
i
+, present; −, absent.